More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0568 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0568  ABC-2 type transporter  100 
 
 
387 aa  777  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.094665 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0413  ABC-2 type transporter  62.53 
 
 
390 aa  501  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425702  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4088  hypothetical protein  64.99 
 
 
435 aa  498  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3462  ABC-2 type transporter  62.91 
 
 
429 aa  486  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3638  ABC-2 type transporter  63.48 
 
 
431 aa  487  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3744  ABC-2 type transporter  65.27 
 
 
387 aa  482  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0489  ABC-2 type transporter  64.46 
 
 
429 aa  481  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0528  ABC-2 type transporter  64.3 
 
 
405 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.089523  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3812  ABC-2 type transporter  64.3 
 
 
430 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188014  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0507  ABC-2 type transporter  64.04 
 
 
430 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0532  ABC-2 type transporter  64.64 
 
 
405 aa  460  1e-128  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0584  ABC-2 type transporter  63.2 
 
 
408 aa  447  1e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4392  ABC-2 type transporter  61.3 
 
 
384 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.140219  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3728  hypothetical protein  57.7 
 
 
390 aa  405  1e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0479  hypothetical protein  58.36 
 
 
375 aa  399  1e-110  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.168605 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1213  hypothetical protein  35.1 
 
 
387 aa  208  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0148967  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1841  hypothetical protein  31.7 
 
 
395 aa  201  2e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02436  hypothetical protein  33.6 
 
 
395 aa  199  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0395  hypothetical protein  35.1 
 
 
371 aa  197  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003316  ABC-type multidrug transport system permease component  35.48 
 
 
362 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0476  hypothetical protein  32.04 
 
 
372 aa  190  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0619  membrane protein  28.91 
 
 
378 aa  171  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1025  ABC-2 type transporter  29.13 
 
 
391 aa  136  5e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1038  hypothetical protein  25.67 
 
 
434 aa  124  4e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4807  putative permease component of ABC transporter  29.04 
 
 
402 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459012  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0597  hypothetical protein  24.63 
 
 
383 aa  119  1e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1172  ABC-2 type transporter  28.48 
 
 
395 aa  118  2e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0092  transporter, putative  26.49 
 
 
379 aa  112  8e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0602598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4570  ABC-2 type transporter  31.19 
 
 
417 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0652  hypothetical protein  27.36 
 
 
491 aa  102  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1927  ABC-2 type transporter  28.43 
 
 
390 aa  94  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.751197  normal  0.0397267 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003315  ABC-type multidrug transport system permease component  25.06 
 
 
383 aa  93.6  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0091  transporter, putative  23.11 
 
 
405 aa  90.5  5e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.060558 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0596  ABC-2 type transporter  23.7 
 
 
395 aa  89.4  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2702  ABC-2 type transporter  26.11 
 
 
780 aa  89.4  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1926  ABC-2 type transporter  25.86 
 
 
389 aa  86.3  8e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0215511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20100  hypothetical protein  27.39 
 
 
390 aa  84  5e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.944312 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  24.71 
 
 
382 aa  82.8  1e-14  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1729  hypothetical protein  26.2 
 
 
390 aa  81.3  2e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0992  ABC-2 type transporter  21.82 
 
 
391 aa  80.5  4e-14  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02437  hypothetical protein  26.25 
 
 
383 aa  80.5  4e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  23.22 
 
 
377 aa  79  1e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  23.85 
 
 
381 aa  78.2  2e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  21.22 
 
 
380 aa  77.8  3e-13  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1214  hypothetical protein  27.06 
 
 
382 aa  77.8  3e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0247305  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1730  hypothetical protein  27.33 
 
 
377 aa  78.2  3e-13  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.151004  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20110  hypothetical protein  27.03 
 
 
377 aa  77  5e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.918672 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  23.55 
 
 
371 aa  76.6  6e-13  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0475  ABC-2 type transporter  27.52 
 
 
392 aa  75.1  2e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0490  hypothetical protein  22.13 
 
 
383 aa  73.2  7e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  23.96 
 
 
375 aa  73.2  7e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0394  ABC-2 type transporter  25.29 
 
 
397 aa  73.2  7e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  20.95 
 
 
387 aa  72.8  9e-12  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3637  hypothetical protein  22.13 
 
 
383 aa  72.4  1e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3461  ABC-2 type transporter  22.13 
 
 
383 aa  72.8  1e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4087  hypothetical protein  24.22 
 
 
378 aa  72.8  1e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  21.61 
 
 
366 aa  72.4  1e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3062  ABC-2 type transporter  21.24 
 
 
376 aa  70.9  4e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.191967  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  22.25 
 
 
388 aa  70.9  4e-11  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  20.89 
 
 
378 aa  70.9  4e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1950  ABC transporter related  23.2 
 
 
921 aa  70.9  4e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  21.32 
 
 
382 aa  70.5  4e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  22.22 
 
 
381 aa  70.9  4e-11  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  26.39 
 
 
399 aa  70.5  5e-11  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  26.39 
 
 
399 aa  70.5  5e-11  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1135  hypothetical protein  24.28 
 
 
384 aa  69.7  9e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  21.11 
 
 
384 aa  68.9  1e-10  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  21.79 
 
 
379 aa  68.6  2e-10  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1082  ABC-2 type transport system permease protein  22.34 
 
 
378 aa  68.6  2e-10  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  21.01 
 
 
367 aa  68.6  2e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1037  hypothetical protein  22.92 
 
 
397 aa  68.6  2e-10  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  21.22 
 
 
371 aa  68.2  3e-10  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1024  hypothetical protein  24.74 
 
 
293 aa  67.8  3e-10  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  23.36 
 
 
378 aa  67.8  3e-10  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  21.53 
 
 
373 aa  67.4  4e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  21.53 
 
 
373 aa  67.4  4e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  21.53 
 
 
373 aa  67.4  4e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  21.11 
 
 
378 aa  67  5e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0500  ABC-2 type transporter  24.15 
 
 
384 aa  67  6e-10  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  21.53 
 
 
373 aa  66.6  6e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3063  ABC-2 type transporter  22.76 
 
 
397 aa  66.6  7e-10  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0378038  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  20.57 
 
 
384 aa  66.6  7e-10  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0181  ABC-type multidrug transport system permease component  22.37 
 
 
382 aa  66.6  7e-10  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0315878  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  23.03 
 
 
385 aa  66.6  8e-10  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  20.84 
 
 
384 aa  66.6  8e-10  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  20.92 
 
 
390 aa  65.5  1e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  25.59 
 
 
398 aa  65.9  1e-09  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0585  ABC-2 type transporter  21.55 
 
 
382 aa  65.5  2e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0555  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  21.68 
 
 
907 aa  65.1  2e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  21.33 
 
 
366 aa  65.1  2e-09  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1268  multidrug ABC transporter permease component  25.23 
 
 
372 aa  65.5  2e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0273495  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  22.31 
 
 
382 aa  64.3  3e-09  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0508  ABC-2 type transporter  21.52 
 
 
381 aa  64.3  3e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  20.69 
 
 
366 aa  63.9  4e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5207  ABC transporter permease/ATP-binding protein  22.99 
 
 
906 aa  63.5  5e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468455  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1171  hypothetical protein  30.05 
 
 
375 aa  63.9  5e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0081  ABC transporter related  24.93 
 
 
911 aa  63.9  5e-09  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111976  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  23.03 
 
 
376 aa  63.5  6e-09  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5442  ABC transporter-like  22.68 
 
 
906 aa  63.5  6e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0350358 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0620  ABC-2 type transporter  21.68 
 
 
378 aa  63.2  7e-09  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>