More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0164 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4338  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  85.21 
 
 
365 aa  674  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.70213e-08  hitchhiker  1.54992e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4710  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  86.58 
 
 
365 aa  679  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00221192  normal  0.103936 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0164  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  100 
 
 
365 aa  761  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.38982e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0138  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  76.99 
 
 
365 aa  620  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0022403  normal  0.0763736 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0173  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  77.53 
 
 
365 aa  612  1e-174  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00257971  normal  0.0325105 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0206  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  77.47 
 
 
366 aa  607  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0179  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  77.26 
 
 
365 aa  610  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000167636  normal  0.841341 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0178  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  76.99 
 
 
365 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246354  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4076  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  78.08 
 
 
365 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4178  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  78.08 
 
 
365 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0220139  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0180  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  78.08 
 
 
365 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  7.32482e-06  normal  0.0249488 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0231  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  77.26 
 
 
365 aa  604  1e-172  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  3.44298e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0176  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  77.53 
 
 
365 aa  602  1e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.148252  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3510  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  77.2 
 
 
366 aa  602  1e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.1665  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0125  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  75.89 
 
 
365 aa  595  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.24497e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0193  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  69.86 
 
 
365 aa  545  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.03942e-06  normal  0.0139057 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2887  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  65.76 
 
 
368 aa  522  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0121493  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002155  tRNA (Uracil54-C5-)-methyltransferase  67.22 
 
 
369 aa  518  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.10223e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00262  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  66.67 
 
 
369 aa  516  1e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2367  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  65.56 
 
 
369 aa  509  1e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.66683e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3784  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  62.3 
 
 
367 aa  490  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.262155  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0197  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  62.36 
 
 
367 aa  485  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0191  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  62.08 
 
 
367 aa  485  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.142566  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4771  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  62.08 
 
 
367 aa  481  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000359767  hitchhiker  0.00383479 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0131  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  62.08 
 
 
367 aa  478  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.13787  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0306  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  65.45 
 
 
399 aa  479  1e-134  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4074  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  61.34 
 
 
367 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.308645  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0628  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  62.19 
 
 
365 aa  474  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.37473  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0122  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  61.34 
 
 
367 aa  473  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00679398  normal  0.233317 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0141  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  61.34 
 
 
367 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000469849  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03850  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  60.39 
 
 
366 aa  469  1e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4412  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  60.39 
 
 
366 aa  469  1e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00710465  normal  0.0138898 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4051  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  60.39 
 
 
366 aa  469  1e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.378635  hitchhiker  0.00385339 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5428  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  60.11 
 
 
366 aa  468  1e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal  0.0893773 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03799  hypothetical protein  60.39 
 
 
366 aa  469  1e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000143968  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4021  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  60.39 
 
 
366 aa  469  1e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.989315  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4199  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  60.39 
 
 
366 aa  469  1e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.73955e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4506  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  60.39 
 
 
366 aa  469  1e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.76495e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4021  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  59.83 
 
 
366 aa  464  1e-130  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.024615  normal  0.0334897 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4451  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  60.11 
 
 
366 aa  466  1e-130  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.14135  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4339  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  58.71 
 
 
366 aa  458  1e-128  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4370  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  58.71 
 
 
366 aa  458  1e-128  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.50878  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4534  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  58.71 
 
 
366 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0714454  hitchhiker  3.75017e-07 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4457  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  58.43 
 
 
366 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  5.42492e-06 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4460  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  58.43 
 
 
366 aa  454  1e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.967927  hitchhiker  3.16798e-10 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0336  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  59.5 
 
 
364 aa  449  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03579  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  56.32 
 
 
369 aa  445  1e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0139639  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4030  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  55.62 
 
 
365 aa  445  1e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.718234  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1339  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  53.01 
 
 
391 aa  405  1e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0329294  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4311  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.83 
 
 
366 aa  400  1e-110  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.124688  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1823  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.82 
 
 
362 aa  381  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.12464 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1616  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.68 
 
 
365 aa  382  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.150904  normal  0.902349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4654  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.83 
 
 
361 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0784  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.31 
 
 
361 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.396694  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1960  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.12 
 
 
368 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0831  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.91 
 
 
362 aa  377  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07800  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.18 
 
 
361 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4654  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.04 
 
 
361 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4516  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.04 
 
 
361 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4287  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50 
 
 
361 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.632594  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4649  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.21 
 
 
361 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4898  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  47.22 
 
 
359 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.193839  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0173  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.39 
 
 
374 aa  353  3e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62450  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  47.55 
 
 
363 aa  352  7e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5436  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  46.47 
 
 
363 aa  335  6e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_86714  predicted protein  42.51 
 
 
418 aa  324  1e-87  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.305478  normal  0.0142919 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1018  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  44.94 
 
 
369 aa  320  2e-86  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  44.82 
 
 
367 aa  311  8e-84  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.420392  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1016  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  42.42 
 
 
367 aa  301  8e-81  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1420  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  41.69 
 
 
364 aa  286  5e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000705109  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1184  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  41.93 
 
 
357 aa  281  8e-75  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.715664  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0969  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  41.13 
 
 
346 aa  275  1e-72  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0848  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  41.08 
 
 
357 aa  275  1e-72  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0918  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  41.36 
 
 
357 aa  274  2e-72  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0582624  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0976  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  40.68 
 
 
367 aa  264  2e-69  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.552626  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1374  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  36.44 
 
 
357 aa  229  5e-59  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28783  predicted protein  31.61 
 
 
308 aa  158  1e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.281559  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0406  RNA methyltransferase  29.59 
 
 
387 aa  120  5e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.59395  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  26.09 
 
 
438 aa  106  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1252  RNA methyltransferase  28.77 
 
 
440 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0113803  normal  0.599775 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  28.27 
 
 
441 aa  104  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  24.64 
 
 
453 aa  99.8  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1628  RNA methyltransferase, TrmA family  27.45 
 
 
415 aa  99.4  9e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  1.58934e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  25.89 
 
 
446 aa  99  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  32.61 
 
 
439 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.05 
 
 
439 aa  98.6  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  27.48 
 
 
488 aa  97.1  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  24.29 
 
 
459 aa  97.1  5e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42959  predicted protein  29.37 
 
 
403 aa  96.7  5e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1493  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  26.23 
 
 
450 aa  95.5  1e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00115343  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.77 
 
 
440 aa  94.7  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.23089e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0094  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.12 
 
 
439 aa  95.1  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.146255  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1412  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.81 
 
 
444 aa  94  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.27 
 
 
444 aa  94  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  26.14 
 
 
489 aa  93.6  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.13212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1572  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.29 
 
 
444 aa  93.6  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0994  RNA methyltransferase, TrmA family  29.58 
 
 
457 aa  93.2  6e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  23.93 
 
 
457 aa  92.8  8e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  5.92232e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.31 
 
 
445 aa  92.4  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2360  (Uracil-5)-methyltransferase  25.41 
 
 
438 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>