More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1616 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1616  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  100 
 
 
365 aa  764    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.150904  normal  0.902349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0831  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  53.5 
 
 
362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0336  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  51.51 
 
 
364 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4654  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  52.38 
 
 
361 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4654  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  51.82 
 
 
361 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0164  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.68 
 
 
365 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000438982  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4516  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  51.82 
 
 
361 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4338  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.41 
 
 
365 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000970213  hitchhiker  0.00000154992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07800  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.97 
 
 
361 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4649  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.98 
 
 
361 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2887  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.82 
 
 
368 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0121493  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4030  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  52.75 
 
 
365 aa  385  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.718234  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4710  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.14 
 
 
365 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00221192  normal  0.103936 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0197  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.42 
 
 
367 aa  387  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0138  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.31 
 
 
365 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0022403  normal  0.0763736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0193  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  51.25 
 
 
365 aa  386  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000703942  normal  0.0139057 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0628  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.28 
 
 
365 aa  384  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.37473  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2367  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.14 
 
 
369 aa  382  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000266683  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0784  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.7 
 
 
361 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.396694  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002155  tRNA (Uracil54-C5-)-methyltransferase  50.14 
 
 
369 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000210223  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4898  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  52.41 
 
 
359 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.193839  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00262  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.14 
 
 
369 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0231  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.68 
 
 
365 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000344298  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1339  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  51.39 
 
 
391 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0329294  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4287  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  53.22 
 
 
361 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.632594  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0125  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.96 
 
 
365 aa  381  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000124497  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0191  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.88 
 
 
367 aa  376  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.142566  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03850  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50 
 
 
366 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4021  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50 
 
 
366 aa  377  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.989315  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0206  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.55 
 
 
366 aa  376  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4451  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50 
 
 
366 aa  376  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.14135  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5428  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.72 
 
 
366 aa  376  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal  0.0893773 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0180  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.86 
 
 
365 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000732482  normal  0.0249488 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4051  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50 
 
 
366 aa  377  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.378635  hitchhiker  0.00385339 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4076  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.86 
 
 
365 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4199  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50 
 
 
366 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000773955  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4412  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50 
 
 
366 aa  376  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00710465  normal  0.0138898 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4506  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50 
 
 
366 aa  377  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000576495  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03799  hypothetical protein  50 
 
 
366 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000143968  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4178  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.86 
 
 
365 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0220139  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3510  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.45 
 
 
366 aa  374  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.1665  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0176  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.32 
 
 
365 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.148252  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1960  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.59 
 
 
368 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03579  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.44 
 
 
369 aa  370  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0139639  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0122  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.47 
 
 
367 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00679398  normal  0.233317 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4074  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.47 
 
 
367 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.308645  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0178  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.77 
 
 
365 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246354  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0173  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.04 
 
 
365 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00257971  normal  0.0325105 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4311  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  47.92 
 
 
366 aa  368  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.124688  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0179  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.04 
 
 
365 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000167636  normal  0.841341 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0141  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.47 
 
 
367 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000469849  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4771  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.04 
 
 
367 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000359767  hitchhiker  0.00383479 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4534  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.32 
 
 
366 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0714454  hitchhiker  0.000000375017 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4370  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.6 
 
 
366 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.50878  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4457  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.32 
 
 
366 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000542492 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1823  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.7 
 
 
362 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.12464 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3784  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.32 
 
 
367 aa  365  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.262155  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4339  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.6 
 
 
366 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4021  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.6 
 
 
366 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.024615  normal  0.0334897 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4460  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.32 
 
 
366 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.967927  hitchhiker  0.000000000316798 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62450  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  49.31 
 
 
363 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_86714  predicted protein  45.72 
 
 
418 aa  354  1e-96  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.305478  normal  0.0142919 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0131  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  46.65 
 
 
367 aa  354  1e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.13787  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0306  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  46.65 
 
 
399 aa  345  6e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5436  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  50.97 
 
 
363 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1018  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.03 
 
 
369 aa  338  7e-92  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0173  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  46.81 
 
 
374 aa  330  3e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1016  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  47.03 
 
 
367 aa  323  2e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  46.89 
 
 
367 aa  323  3e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.420392  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1184  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  45.56 
 
 
357 aa  297  2e-79  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.715664  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0848  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  45.85 
 
 
357 aa  296  4e-79  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0976  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  45.04 
 
 
367 aa  292  5e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.552626  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0918  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  45.85 
 
 
357 aa  291  1e-77  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0582624  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1420  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  42.78 
 
 
364 aa  291  2e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000705109  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1374  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  41.76 
 
 
357 aa  266  4e-70  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0969  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  42.61 
 
 
346 aa  265  8e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28783  predicted protein  31.17 
 
 
308 aa  154  2e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.281559  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42959  predicted protein  28.49 
 
 
403 aa  104  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1252  RNA methyltransferase  36.26 
 
 
440 aa  100  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0113803  normal  0.599775 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  23.26 
 
 
436 aa  99.8  6e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  26.89 
 
 
446 aa  95.5  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  36.17 
 
 
441 aa  94.7  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  24.23 
 
 
462 aa  94  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  25.67 
 
 
435 aa  93.6  5e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0094  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.79 
 
 
439 aa  93.6  5e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.146255  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0352  RNA methyltransferase  30.89 
 
 
434 aa  92  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  27.51 
 
 
554 aa  92  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000278759  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0406  RNA methyltransferase  26.65 
 
 
387 aa  92.4  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.59395  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  26.13 
 
 
438 aa  92  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02630  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  25.89 
 
 
433 aa  90.1  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00985329  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02592  hypothetical protein  25.89 
 
 
433 aa  90.1  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00971306  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0903  RNA methyltransferase, TrmA family  24.86 
 
 
433 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000019395  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2929  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.86 
 
 
433 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000010107  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0028  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.05 
 
 
434 aa  89.4  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1412  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.94 
 
 
444 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1572  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.41 
 
 
444 aa  88.2  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  24.26 
 
 
489 aa  88.2  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3089  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.11 
 
 
433 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000243199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2923  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.11 
 
 
433 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164007  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0927  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.11 
 
 
433 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000132702  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>