More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4275 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  100 
 
 		 331 aa  655    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  62.75 
 
 		 319 aa  358  6e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  62.91 
 
 		 285 aa  346  3e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.54 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.97 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0424  DMT family permease  48.82 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  43.88 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0156  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.14 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310951  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  45.26 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0250  hypothetical protein  45.42 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  36.08 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1559  hypothetical protein  32.62 
 
 		 316 aa  144  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1711  RhaT family protein  32.39 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.466454  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0341  hypothetical protein  32.39 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.514286 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0355  hypothetical protein  32.39 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  32.38 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  32.76 
 
 		 312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  30.34 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  32.32 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.56 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  32.05 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.33 
 
 		 318 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  33.45 
 
 		 317 aa  125  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2071  hypothetical protein  33.7 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  32.51 
 
 		 289 aa  124  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  32.19 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.39 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2232  hypothetical protein  29.12 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  30.43 
 
 		 295 aa  122  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  29.93 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  30.48 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  33.21 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  31.96 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0601  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.09 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0826683 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  28.57 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  27.55 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  32.66 
 
 		 297 aa  120  4.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  32.66 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.29 
 
 		 313 aa  119  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  27.72 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2509  hypothetical protein  28.03 
 
 		 333 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126674  normal  0.276837 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.29 
 
 		 314 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  32.37 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  31.62 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0158  hypothetical protein  32.43 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  31.62 
 
 		 294 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.99 
 
 		 293 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  33.09 
 
 		 318 aa  116  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2540  hypothetical protein  31.41 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  31.58 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03092  integral membrane protein DUF6  34.04 
 
 		 285 aa  113  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.61 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.89 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2983  hypothetical protein  29.84 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000000753467  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  28.67 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  33.11 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  34.18 
 
 		 311 aa  109  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  32.52 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  34.04 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  28.62 
 
 		 295 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0573  hypothetical protein  28.92 
 
 		 288 aa  106  6e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  28.86 
 
 		 324 aa  106  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  30.59 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0237  hypothetical protein  30.22 
 
 		 279 aa  105  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  30.94 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.52 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  30.99 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.84 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04178  drug/metabolite transporter superfamily protein  30.69 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291687  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  28.14 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  29.86 
 
 		 292 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  29.93 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  29.51 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  31.62 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  27.27 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.34 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2264  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.43 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0912257  normal  0.0283432 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  32.74 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1862  hypothetical protein  32.52 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0643  hypothetical protein  26.01 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254759  normal  0.394325 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  28.21 
 
 		 281 aa  99.8  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0870  hypothetical protein  28.51 
 
 		 293 aa  99.8  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0853  hypothetical protein  28.51 
 
 		 293 aa  99.8  6e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0859  hypothetical protein  28.51 
 
 		 293 aa  99.8  6e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.930252  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  32.74 
 
 		 292 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4573  hypothetical protein  29.37 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.202635 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  32.42 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0929  hypothetical protein  28.26 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0374563 
 
 
-
 
NC_004310  BR0618  hypothetical protein  26.05 
 
 		 338 aa  98.2  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893189  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0751  hypothetical protein  28.27 
 
 		 313 aa  98.2  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.27541 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0617  hypothetical protein  26.05 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.83 
 
 		 289 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  29.01 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2376  hypothetical protein  31.27 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545392 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28664  DMT family transporter: drug/metabolite  28.57 
 
 		 309 aa  97.1  4e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0987  RarD family transporter  30.14 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  27.02 
 
 		 289 aa  97.1  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  29.08 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0908  hypothetical protein  28.74 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.144384  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  30.9 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>