More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3650 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
243 aa  505  1e-142  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  68.1 
 
 
245 aa  320  1e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  68.9 
 
 
299 aa  306  1e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  62.98 
 
 
239 aa  293  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  63.56 
 
 
239 aa  293  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  63.56 
 
 
239 aa  291  5e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  57.66 
 
 
251 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  57.66 
 
 
251 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  59.58 
 
 
251 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  63.85 
 
 
249 aa  284  1e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  64.93 
 
 
239 aa  282  3e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  62.5 
 
 
329 aa  275  5e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  52.05 
 
 
247 aa  257  1e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  59.62 
 
 
326 aa  255  4e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  54.25 
 
 
226 aa  237  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  58.38 
 
 
237 aa  213  2e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  49.43 
 
 
217 aa  183  2e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  47.54 
 
 
297 aa  171  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  47.54 
 
 
297 aa  170  2e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  59.52 
 
 
217 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  47.65 
 
 
328 aa  152  4e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  48.99 
 
 
304 aa  149  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  57.39 
 
 
280 aa  149  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.67564e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  45.98 
 
 
188 aa  149  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  55.56 
 
 
261 aa  147  1e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  58.33 
 
 
235 aa  147  2e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  45.36 
 
 
203 aa  146  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  5.18233e-15  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  46.43 
 
 
212 aa  146  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  43.68 
 
 
211 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  56 
 
 
199 aa  142  6e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  57.48 
 
 
207 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  58.26 
 
 
196 aa  141  8e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  46.86 
 
 
218 aa  141  8e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  60.87 
 
 
217 aa  141  9e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  43.58 
 
 
202 aa  141  1e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  52 
 
 
206 aa  140  1e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  48.32 
 
 
222 aa  140  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  58.47 
 
 
228 aa  139  3e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  55.56 
 
 
191 aa  139  5e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  54.03 
 
 
244 aa  135  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  50.82 
 
 
283 aa  135  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  41.95 
 
 
204 aa  135  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  41.24 
 
 
208 aa  134  1e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  41.95 
 
 
204 aa  133  2e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 
189 aa  132  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  49.61 
 
 
305 aa  132  5e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  53.97 
 
 
197 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  48.82 
 
 
273 aa  132  5e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  53.97 
 
 
218 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0406  Lytic transglycosylase catalytic  54.87 
 
 
258 aa  130  2e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  0.0556667 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1380  Lytic transglycosylase catalytic  55.17 
 
 
234 aa  130  2e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00033505 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  47.41 
 
 
261 aa  129  4e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  2.81259e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  46.61 
 
 
261 aa  129  4e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  47.41 
 
 
261 aa  129  4e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  2.65036e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  45.76 
 
 
259 aa  129  5e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  5.72163e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  51.59 
 
 
224 aa  129  5e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  45.76 
 
 
261 aa  129  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  42.17 
 
 
195 aa  128  7e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  50.86 
 
 
174 aa  128  8e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  45.76 
 
 
261 aa  128  9e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  39.44 
 
 
242 aa  128  9e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  41.57 
 
 
198 aa  127  1e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  4.27479e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  50.42 
 
 
233 aa  127  1e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  54.17 
 
 
291 aa  128  1e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  44.64 
 
 
197 aa  127  1e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2441  lytic transglycosylase, catalytic  48.95 
 
 
300 aa  127  2e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0168706  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  42.44 
 
 
206 aa  126  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  48.18 
 
 
362 aa  126  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  54.31 
 
 
318 aa  125  6e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  39.41 
 
 
202 aa  125  7e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  39.11 
 
 
245 aa  125  9e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  48.44 
 
 
146 aa  124  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 
438 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  44.92 
 
 
261 aa  124  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.33422e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  44.92 
 
 
261 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  44.92 
 
 
261 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  44.92 
 
 
261 aa  124  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  49.21 
 
 
216 aa  124  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  40.45 
 
 
216 aa  123  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  46.91 
 
 
203 aa  122  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  40.45 
 
 
221 aa  122  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  47.73 
 
 
194 aa  122  6e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  39.77 
 
 
199 aa  122  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1871  lytic transglycosylase, catalytic  47.62 
 
 
281 aa  122  7e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  1.00876e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  53.1 
 
 
362 aa  120  1e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  52.99 
 
 
208 aa  120  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  48.36 
 
 
198 aa  117  2e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  2.86118e-10 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  48.8 
 
 
251 aa  117  2e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  48.78 
 
 
260 aa  117  2e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  42.37 
 
 
238 aa  116  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  4.77614e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  49.57 
 
 
263 aa  116  4e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  50.43 
 
 
260 aa  115  4e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  39.89 
 
 
209 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  51.33 
 
 
354 aa  115  7e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  42.45 
 
 
258 aa  114  1e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  53.98 
 
 
280 aa  113  2e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0307  lytic transglycosylase, catalytic  54.05 
 
 
332 aa  114  2e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  47.5 
 
 
202 aa  114  2e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  40.33 
 
 
209 aa  114  2e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  48.76 
 
 
241 aa  113  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>