More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_0254 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  99.56 
 
 
228 aa  454  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  100 
 
 
228 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  3.26652e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  99.12 
 
 
228 aa  452  1e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  2.72342e-07  decreased coverage  1.06333e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  98.68 
 
 
228 aa  451  1e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  3.61731e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  96.05 
 
 
228 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  96.05 
 
 
228 aa  384  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  4.54029e-06  hitchhiker  1.89127e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  96.05 
 
 
228 aa  384  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.71082e-06  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  96.05 
 
 
228 aa  384  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  5.56998e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  95.61 
 
 
228 aa  382  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.00212e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  79.82 
 
 
228 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  79.39 
 
 
227 aa  340  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  9.56729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  78.95 
 
 
227 aa  337  1e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  6.22263e-08  unclonable  1.01633e-10 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  76.96 
 
 
226 aa  328  4e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.24466e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  79.39 
 
 
227 aa  325  4e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.15794e-08  unclonable  2.55624e-08 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  76.21 
 
 
228 aa  323  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  3.45172e-05  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  76.21 
 
 
227 aa  318  4e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  60.09 
 
 
232 aa  277  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  59.21 
 
 
232 aa  274  8e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  57.71 
 
 
229 aa  269  3e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.72967e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  56.83 
 
 
229 aa  266  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  60.09 
 
 
232 aa  259  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  4.94358e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  60.09 
 
 
232 aa  259  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  60.09 
 
 
232 aa  259  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.77 
 
 
232 aa  258  5e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  257  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  257  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  257  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  257  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  257  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  8.17459e-08 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  256  3e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  255  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.33 
 
 
232 aa  255  4e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  255  4e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  58.33 
 
 
232 aa  255  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  255  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  255  4e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  255  4e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  58.33 
 
 
232 aa  255  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  255  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  255  4e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  56.89 
 
 
228 aa  255  5e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  5.91425e-06  unclonable  2.08218e-12 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.02 
 
 
232 aa  252  4e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  2.52632e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  57.21 
 
 
228 aa  251  6e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.667e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  54.19 
 
 
238 aa  245  4e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  55.07 
 
 
227 aa  236  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  2.88823e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  53.54 
 
 
226 aa  233  1e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  53.54 
 
 
226 aa  233  2e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 
235 aa  226  3e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  51.75 
 
 
235 aa  224  7e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  50 
 
 
249 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  49.34 
 
 
231 aa  222  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  2.1656e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  50.88 
 
 
247 aa  219  2e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  48.48 
 
 
233 aa  216  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 
230 aa  214  9e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 
232 aa  214  1e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  5.61273e-12 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 
222 aa  213  2e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  48.47 
 
 
242 aa  212  5e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  47.53 
 
 
230 aa  211  6e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
230 aa  209  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 
231 aa  210  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  46.72 
 
 
233 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  46.88 
 
 
246 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  44.49 
 
 
229 aa  204  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 
253 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 
226 aa  200  2e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.05 
 
 
229 aa  199  4e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 
228 aa  196  2e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 
226 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  4.23816e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 
228 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.05 
 
 
226 aa  195  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1624  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.8 
 
 
278 aa  194  7e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  41.67 
 
 
228 aa  194  9e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.89 
 
 
232 aa  194  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  48.7 
 
 
225 aa  192  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.98 
 
 
226 aa  192  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 
226 aa  192  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  48.89 
 
 
223 aa  191  5e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  3.69721e-10  hitchhiker  9.68682e-09 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 
234 aa  190  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 
225 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
225 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 
234 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
225 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 
225 aa  189  3e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  1.10419e-05 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 
245 aa  189  3e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  47.14 
 
 
225 aa  189  3e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3589  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.81 
 
 
225 aa  188  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110518  normal  0.715571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  47.14 
 
 
225 aa  188  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.61 
 
 
235 aa  187  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 
225 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  2.77452e-10 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1806  DNA-binding response regulator  45.81 
 
 
225 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 
229 aa  184  1e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 
229 aa  183  2e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  42.31 
 
 
241 aa  182  4e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 
247 aa  182  5e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  45.81 
 
 
225 aa  181  6e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  43.36 
 
 
227 aa  181  8e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.18695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 
231 aa  181  9e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2753  transcriptional regulatory protein CpxR  43.3 
 
 
227 aa  180  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.94292e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1424  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 
227 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00122466  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 
230 aa  179  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>