More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2776 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  100 
 
 		 304 aa  630  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  76.87 
 
 		 307 aa  488  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  74.42 
 
 		 302 aa  481  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  74.42 
 
 		 302 aa  481  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  73.6 
 
 		 304 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  73.6 
 
 		 311 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  74.58 
 
 		 302 aa  480  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  73.6 
 
 		 311 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  73.09 
 
 		 302 aa  474  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  73.42 
 
 		 302 aa  477  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  73.75 
 
 		 302 aa  477  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  74.49 
 
 		 302 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  74.83 
 
 		 302 aa  472  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  75.17 
 
 		 302 aa  471  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  74.15 
 
 		 302 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  69.21 
 
 		 302 aa  454  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  57.09 
 
 		 299 aa  348  9e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  57.09 
 
 		 299 aa  348  9e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  57.09 
 
 		 299 aa  348  9e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  57.14 
 
 		 297 aa  345  6e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  57.14 
 
 		 297 aa  345  6e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  55.56 
 
 		 301 aa  344  1e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  55 
 
 		 301 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  55 
 
 		 301 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  55.22 
 
 		 301 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  55.52 
 
 		 300 aa  342  5e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  54.67 
 
 		 301 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  55.03 
 
 		 299 aa  340  1e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  55.03 
 
 		 299 aa  340  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  55.03 
 
 		 299 aa  340  1e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  56.8 
 
 		 295 aa  340  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  55.25 
 
 		 299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  55.74 
 
 		 317 aa  338  8e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  55.33 
 
 		 301 aa  337  9.999999999999999e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  55.44 
 
 		 296 aa  337  9.999999999999999e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  53.9 
 
 		 296 aa  336  2.9999999999999997e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  54.73 
 
 		 297 aa  332  7.000000000000001e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  52.2 
 
 		 313 aa  331  8e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  53.02 
 
 		 299 aa  324  9e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  53.02 
 
 		 299 aa  324  9e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  52.68 
 
 		 299 aa  322  4e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00975  transcriptional activator NhaR  53.9 
 
 		 283 aa  311  7.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004424  transcriptional activator NhaR  53.9 
 
 		 283 aa  311  9e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00877643  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 297 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.85 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 300 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 313 aa  195  8.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.16 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  30.83 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3484  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.5787  normal  0.103031 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4556  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230121  normal  0.746697 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>