More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3569 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  100 
 
 		 336 aa  689    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  48.77 
 
 		 348 aa  318  6e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  48.57 
 
 		 351 aa  305  7e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  49.06 
 
 		 336 aa  300  3e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  45.02 
 
 		 336 aa  278  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.42 
 
 		 363 aa  210  2e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  37.93 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  37.33 
 
 		 386 aa  195  8.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  34.21 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  34.8 
 
 		 348 aa  188  9e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  33.84 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  35.35 
 
 		 345 aa  186  6e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  34 
 
 		 315 aa  182  8.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  35.41 
 
 		 360 aa  182  8.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  35.41 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  33.76 
 
 		 350 aa  176  8e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  30.53 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1366  thiamine biosynthesis APBE transmembrane protein  34.67 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  35.12 
 
 		 380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  34.44 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  31.92 
 
 		 316 aa  172  5.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  33.95 
 
 		 346 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  29.53 
 
 		 369 aa  170  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  33.95 
 
 		 346 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  33.65 
 
 		 331 aa  169  7e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  35.33 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  33 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  35.91 
 
 		 344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  32.2 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  32.67 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  31.92 
 
 		 346 aa  159  5e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  32.03 
 
 		 339 aa  154  1e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1217  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  32.89 
 
 		 361 aa  154  2e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000151125  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.74 
 
 		 357 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  34.13 
 
 		 336 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  29.91 
 
 		 329 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  30.16 
 
 		 366 aa  151  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  31.65 
 
 		 345 aa  152  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  29.58 
 
 		 358 aa  152  1e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  34.45 
 
 		 381 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.97 
 
 		 337 aa  150  4e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  33.74 
 
 		 344 aa  149  5e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  33.74 
 
 		 344 aa  149  5e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  32.35 
 
 		 352 aa  149  5e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  34.18 
 
 		 379 aa  149  6e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  31.05 
 
 		 338 aa  149  7e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  30.49 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2243  ApbE family lipoprotein  31.8 
 
 		 327 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.208149 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  30.94 
 
 		 365 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  30.94 
 
 		 368 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  30.33 
 
 		 362 aa  143  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  30.29 
 
 		 331 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  33.23 
 
 		 347 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  32.96 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  33.67 
 
 		 344 aa  142  9e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  31.44 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  33.96 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  36.67 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  36.67 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.34 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  31.37 
 
 		 323 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.69 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  31 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  31.67 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.9 
 
 		 349 aa  136  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2382  ApbE family protein  33.46 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  29.68 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  28.44 
 
 		 371 aa  134  3e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  29.45 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  33.84 
 
 		 343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  32.15 
 
 		 350 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  31.68 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.33 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.02 
 
 		 341 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  30.15 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.45 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  31.67 
 
 		 350 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  30.18 
 
 		 379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  31.35 
 
 		 355 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  30.67 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  30.52 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0575  ApbE family lipoprotein  34.15 
 
 		 344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0788  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.3 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.35 
 
 		 350 aa  126  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  30.45 
 
 		 362 aa  124  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  28.9 
 
 		 346 aa  123  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  28.78 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.3 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1081  ApbE family protein  27.04 
 
 		 312 aa  122  7e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0283392  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0936  ApbE family lipoprotein  30.13 
 
 		 349 aa  122  9e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0317624  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  29.88 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  27.48 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.82 
 
 		 334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  30.31 
 
 		 349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  29.78 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  29.78 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  29.78 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.78 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.78 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.78 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>