More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2646 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  100 
 
 
258 aa  524  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.98 
 
 
254 aa  407  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.64 
 
 
257 aa  399  1e-110  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.62 
 
 
255 aa  400  1e-110  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.966986 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.59 
 
 
256 aa  395  1e-109  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.9 
 
 
256 aa  372  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.936397  normal  0.224474 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4949  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.02 
 
 
255 aa  318  4e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.220607  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  55.73 
 
 
255 aa  273  2e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  54.55 
 
 
251 aa  268  8e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.59 
 
 
253 aa  265  8e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.2 
 
 
253 aa  264  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.59 
 
 
253 aa  264  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.59 
 
 
253 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.59 
 
 
253 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.59 
 
 
253 aa  263  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.59 
 
 
253 aa  263  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000923  5-keto-D-gluconate 5-reductase  50.59 
 
 
253 aa  262  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  49.02 
 
 
253 aa  261  9e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  49.41 
 
 
253 aa  258  1e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  52.8 
 
 
258 aa  256  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.66105e-05  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  52.19 
 
 
251 aa  255  4e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3349  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.63 
 
 
253 aa  254  1e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143786 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2990  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  49.02 
 
 
253 aa  253  2e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.916776  normal  0.048185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3164  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  49.02 
 
 
253 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4111  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  49.02 
 
 
253 aa  253  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  5.66262e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0873  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.24 
 
 
253 aa  251  6e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2989  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.24 
 
 
253 aa  251  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0709919  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0848  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.24 
 
 
253 aa  251  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3168  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.63 
 
 
253 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3248  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.63 
 
 
253 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371746 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1253  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  53.88 
 
 
255 aa  251  9e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3233  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.63 
 
 
253 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  7.82926e-05 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3185  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.63 
 
 
253 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358502  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0498  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  54.33 
 
 
252 aa  251  1e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.726139  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3295  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  47.84 
 
 
253 aa  250  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.291132 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.82 
 
 
251 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.82 
 
 
251 aa  249  5e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.82 
 
 
251 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2538  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  54.51 
 
 
254 aa  246  3e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.620088  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.33 
 
 
260 aa  244  1e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.76 
 
 
256 aa  242  5e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1758  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.34 
 
 
255 aa  241  8e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.828711  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2207  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  52.16 
 
 
256 aa  240  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4264  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  47.08 
 
 
255 aa  235  6e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.2 
 
 
251 aa  234  8e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0778  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  47.81 
 
 
249 aa  234  1e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5759  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.19 
 
 
256 aa  232  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  47.67 
 
 
255 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03889  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14350)  49.24 
 
 
394 aa  230  2e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.696227  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.57 
 
 
259 aa  228  7e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.42 
 
 
251 aa  228  9e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5663  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  49.6 
 
 
251 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6604  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  51.19 
 
 
251 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248172 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0481  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.4 
 
 
241 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.4 
 
 
241 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.64 
 
 
258 aa  224  1e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.19 
 
 
256 aa  224  1e-57  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.64 
 
 
258 aa  223  2e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0260  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  47.04 
 
 
252 aa  220  2e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734052  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3020  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  47.19 
 
 
228 aa  219  4e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2406  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  50.4 
 
 
241 aa  218  9e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4743  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  47.31 
 
 
254 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112688 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  47.81 
 
 
248 aa  216  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
253 aa  214  9e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0335723  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.66 
 
 
258 aa  214  1e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1709  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.72 
 
 
251 aa  213  3e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 
251 aa  212  4e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0121204  normal  0.0331725 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01160  LSDR, putative  42.09 
 
 
293 aa  208  7e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
254 aa  195  6e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  42.86 
 
 
256 aa  194  1e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  7.99282e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  42.57 
 
 
262 aa  192  6e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 
263 aa  189  3e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
256 aa  189  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
256 aa  186  3e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  40.32 
 
 
254 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
257 aa  185  7e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4030  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  39.92 
 
 
261 aa  185  7e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721493  normal  0.432125 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
261 aa  184  9e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.919564  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
254 aa  184  1e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  41.02 
 
 
265 aa  184  1e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
261 aa  184  2e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 
263 aa  183  2e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.53 
 
 
261 aa  183  2e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02618  predicted deoxygluconate dehydrogenase  39.53 
 
 
261 aa  183  2e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1671  Short-chain alcohol dehydrogenase  40.08 
 
 
260 aa  183  2e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.321944  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3075  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.53 
 
 
261 aa  183  2e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02581  hypothetical protein  39.53 
 
 
261 aa  183  2e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 
270 aa  182  3e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2913  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.13 
 
 
261 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.12178  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 
255 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
255 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.31904e-06  normal  0.0140674 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
261 aa  179  3e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
252 aa  179  4e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
256 aa  179  5e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
254 aa  178  6e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
274 aa  178  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  39.37 
 
 
258 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 
265 aa  177  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
252 aa  177  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
257 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>