More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2533 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  100 
 
 
341 aa  703  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  78.55 
 
 
347 aa  548  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  79.15 
 
 
374 aa  550  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  78.25 
 
 
374 aa  545  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  78.85 
 
 
374 aa  546  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  77.45 
 
 
347 aa  541  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  77.04 
 
 
348 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  77.04 
 
 
348 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  77.04 
 
 
348 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  77.04 
 
 
348 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  69.94 
 
 
338 aa  489  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  69.64 
 
 
338 aa  489  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  68.75 
 
 
338 aa  484  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  71.88 
 
 
337 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  64.58 
 
 
338 aa  447  1e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  66.88 
 
 
370 aa  445  1e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.51305e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  52.54 
 
 
379 aa  367  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  51.65 
 
 
334 aa  362  5e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  53.69 
 
 
359 aa  359  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  53.69 
 
 
345 aa  359  4e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  52.99 
 
 
367 aa  358  6e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  54.98 
 
 
331 aa  355  6e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  3.84441e-06 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  51.61 
 
 
344 aa  343  2e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  51.2 
 
 
343 aa  341  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  51.74 
 
 
341 aa  337  2e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  51.38 
 
 
343 aa  335  9e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  51.65 
 
 
350 aa  330  2e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  51.28 
 
 
345 aa  322  5e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  48.7 
 
 
349 aa  317  2e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  50 
 
 
350 aa  309  4e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  47.32 
 
 
337 aa  306  3e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  47.44 
 
 
349 aa  281  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.4 
 
 
349 aa  276  4e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  44.27 
 
 
355 aa  273  3e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  42.41 
 
 
337 aa  272  7e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  43.07 
 
 
349 aa  271  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  41.1 
 
 
349 aa  269  5e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  45.95 
 
 
342 aa  268  7e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  45.95 
 
 
342 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.69 
 
 
350 aa  265  6e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.69 
 
 
350 aa  265  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.69 
 
 
350 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.69 
 
 
350 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.69 
 
 
350 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.81 
 
 
343 aa  263  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.04 
 
 
348 aa  261  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.98 
 
 
348 aa  259  4e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  43.61 
 
 
343 aa  259  6e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  39.81 
 
 
341 aa  255  6e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.47 
 
 
351 aa  254  2e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.36 
 
 
351 aa  252  6e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  39.47 
 
 
351 aa  252  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.47 
 
 
351 aa  252  7e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.208237 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  39.47 
 
 
351 aa  252  7e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  39.47 
 
 
351 aa  252  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.47 
 
 
351 aa  252  7e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.47 
 
 
351 aa  252  7e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.18 
 
 
351 aa  251  9e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.18 
 
 
351 aa  249  4e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0695  ApbE-like lipoprotein  38.69 
 
 
337 aa  249  6e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  38.48 
 
 
353 aa  248  8e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  38.51 
 
 
332 aa  244  1e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  37.76 
 
 
338 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  37.93 
 
 
332 aa  234  1e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  37.93 
 
 
332 aa  233  4e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  41.21 
 
 
348 aa  232  7e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  39.26 
 
 
361 aa  229  5e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  43.26 
 
 
344 aa  226  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.88784e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  34.64 
 
 
352 aa  223  5e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  40.26 
 
 
345 aa  221  1e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  39.49 
 
 
337 aa  221  2e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  39.12 
 
 
338 aa  218  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  37.62 
 
 
335 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  39.07 
 
 
321 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  38.04 
 
 
382 aa  206  6e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  37.8 
 
 
332 aa  203  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  38.46 
 
 
362 aa  202  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  40 
 
 
340 aa  202  9e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  33.86 
 
 
327 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  34.77 
 
 
354 aa  199  4e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2105  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  34.66 
 
 
343 aa  198  1e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  35.62 
 
 
391 aa  196  5e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  37.58 
 
 
326 aa  195  8e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.62 
 
 
382 aa  194  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  39.44 
 
 
341 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  39.39 
 
 
305 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  35.84 
 
 
321 aa  193  5e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  37.42 
 
 
329 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  37.9 
 
 
326 aa  190  2e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  39.66 
 
 
331 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  37.06 
 
 
327 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4089  ApbE family lipoprotein  36.74 
 
 
327 aa  182  5e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.224372 
 
 
-
 
NC_002950  PG0309  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.08 
 
 
337 aa  182  8e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.912952 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  35.91 
 
 
335 aa  182  8e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  36.49 
 
 
347 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 
341 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  37.5 
 
 
325 aa  180  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0899  ApbE family protein  33.53 
 
 
365 aa  179  6e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.624097  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  37.5 
 
 
325 aa  179  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  36.95 
 
 
315 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>