227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3925 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3925  biotin synthase  100 
 
 		 359 aa  750    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3255  biotin synthase  85.47 
 
 		 359 aa  626  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.464529  hitchhiker  0.000014228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0706  biotin synthase  84.99 
 
 		 359 aa  623  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.997344  hitchhiker  0.000263623 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2277  biotin synthase  49.69 
 
 		 337 aa  317  1e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0181  Radical SAM domain protein  42.77 
 
 		 349 aa  279  5e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2151  biotin synthase  42.15 
 
 		 354 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1722  biotin synthase  43.07 
 
 		 348 aa  259  7e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000337366  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0240  biotin synthase  46.26 
 
 		 349 aa  257  2e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1632  biotin synthase  42.23 
 
 		 356 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000234633  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2647  biotin synthase  40.83 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000036845  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19160  biotin synthase  42.71 
 
 		 350 aa  249  6e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0257647  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1735  biotin synthase  44.79 
 
 		 350 aa  245  6.999999999999999e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00262623  normal  0.855022 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1244  Radical SAM domain protein  42.01 
 
 		 360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0841  biotin synthase  42.61 
 
 		 344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1844  biotin synthase  42.53 
 
 		 360 aa  239  4e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1329  radical SAM domain-containing protein  40.37 
 
 		 346 aa  235  8e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000017523 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1607  biotin synthase  43 
 
 		 337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.18444  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1388  biotin synthase  40 
 
 		 323 aa  233  3e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00378301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0563  biotin synthase  41.1 
 
 		 345 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.295179  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1551  biotin synthase  38.97 
 
 		 348 aa  229  6e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1502  biotin synthase  40.37 
 
 		 348 aa  229  6e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000209115  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2462  biotin synthase  40.48 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1491  biotin synthase  39.53 
 
 		 357 aa  228  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2775  biotin synthase  40.48 
 
 		 347 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0271  Radical SAM domain protein  40.07 
 
 		 347 aa  227  3e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.195415  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1839  biotin synthase  37.05 
 
 		 353 aa  225  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0814889  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1597  biotin synthase  40.13 
 
 		 341 aa  224  2e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0144  Radical SAM domain protein  37.35 
 
 		 352 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000047373  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1130  biotin synthase  39.1 
 
 		 352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000236268  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3189  biotin synthase  37.7 
 
 		 345 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000310414  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16510  iron-only hydrogenase maturation protein HydE  35.89 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2083  biotin synthase  36.8 
 
 		 372 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1863  radical SAM domain-containing protein  36.39 
 
 		 380 aa  217  2.9999999999999998e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.176912  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1504  biotin synthase  42.95 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0166  radical SAM domain-containing protein  42.47 
 
 		 370 aa  213  2.9999999999999995e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.372295  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2639  Radical SAM domain protein  35.37 
 
 		 374 aa  198  2.0000000000000003e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1100  Radical SAM domain protein  34.64 
 
 		 364 aa  182  1e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00787041  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1020  biotin synthase  33.7 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4857  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 		 365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0838  biotin synthase  28.88 
 
 		 350 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2085  biotin synthase  27.7 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000297943  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0028  Radical SAM domain protein  27.89 
 
 		 368 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1125  biotin synthase  24.12 
 
 		 341 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.259042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1552  biotin synthase  23.82 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0826  biotin synthase  23.62 
 
 		 341 aa  80.1  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.247996  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1026  biotin synthase  23.84 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0145  biotin and thiamin synthesis associated  23.8 
 
 		 475 aa  71.6  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000404218  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2637  biotin and thiamin synthesis associated  23.48 
 
 		 474 aa  68.9  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0455456  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1131  biotin synthase  23.41 
 
 		 341 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0664  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.43 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.428424  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1841  thiamine biosynthesis protein ThiH  23.95 
 
 		 490 aa  68.6  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0513393  normal  0.233409 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1333  thiamine biosynthesis protein ThiH  23.14 
 
 		 458 aa  67.8  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000230637  unclonable  1.1198e-18 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1607  biotin and thiamin synthesis associated  23.45 
 
 		 472 aa  67.8  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0259922  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2753  thiamine biosynthesis protein ThiH  23.91 
 
 		 465 aa  66.2  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0775  thiamine biosynthesis protein ThiH  28.65 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1022  thiamine biosynthesis protein ThiH  23.97 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0169  thiamine biosynthesis protein ThiH  27.06 
 
 		 477 aa  63.9  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000784524  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0238  thiamine biosynthesis protein ThiH  23.43 
 
 		 469 aa  63.2  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0530  thiamine biosynthesis protein ThiH  25.89 
 
 		 466 aa  62.8  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1598  thiazole biosynthesis protein ThiH  24.56 
 
 		 383 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1505  thiamine biosynthesis protein ThiH  24.78 
 
 		 467 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1566  thiamine biosynthesis protein ThiH  24.29 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0773107 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1631  thiamine biosynthesis protein ThiH  23.08 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0842  thiamine biosynthesis protein ThiH  27.17 
 
 		 468 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3923  thiamine biosynthesis protein ThiH  22.5 
 
 		 479 aa  60.5  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3104  thiamine biosynthesis protein ThiH  25.29 
 
 		 470 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19320  thiamine biosynthesis protein ThiH  25.87 
 
 		 481 aa  60.8  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.604255  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0654  thiamine biosynthesis protein ThiH  24.32 
 
 		 458 aa  60.1  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1864  thiamine biosynthesis protein ThiH  25.86 
 
 		 471 aa  59.7  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.804214  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16500  thiamine biosynthesis protein ThiH  23.41 
 
 		 484 aa  59.3  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0799  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.13 
 
 		 414 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1738  biotin synthase  22.87 
 
 		 349 aa  58.9  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1268  thiamine biosynthesis protein ThiH  25.68 
 
 		 356 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0273  thiamine biosynthesis protein ThiH  28.41 
 
 		 472 aa  57.8  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0708  thiamine biosynthesis protein ThiH  22.5 
 
 		 479 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.519768  hitchhiker  0.000306942 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0604  biotin synthase  22.22 
 
 		 333 aa  57.4  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2471  thiazole biosynthesis protein ThiH  27.91 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2988  thiamine biosynthesis protein ThiH  27.33 
 
 		 370 aa  57  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3253  thiamine biosynthesis protein ThiH  22.66 
 
 		 479 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000173942 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2082  thiamine biosynthesis protein ThiH  24.18 
 
 		 472 aa  56.6  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.388177  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1176  thiamine biosynthesis protein ThiH  24.35 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1553  thiamine biosynthesis protein ThiH  21.83 
 
 		 471 aa  56.6  0.0000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1853  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.19 
 
 		 367 aa  56.2  0.0000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.287617  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2347  biotin synthase  22.44 
 
 		 321 aa  55.8  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0106  thiamine biosynthesis protein ThiH  21.1 
 
 		 473 aa  55.5  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00141  thiamine biosynthesis protein ThiH  24.38 
 
 		 378 aa  55.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3720  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.29 
 
 		 377 aa  55.5  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.526508  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1504  thiamine biosynthesis protein ThiH  21.83 
 
 		 473 aa  55.8  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0434134  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0108  thiamine biosynthesis protein ThiH  20.17 
 
 		 473 aa  55.1  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0729  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.37 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0370  thiamine biosynthesis protein ThiH  22.06 
 
 		 369 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000304803  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1917  thiazole biosynthesis protein ThiH  22.83 
 
 		 367 aa  54.3  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2451  biotin synthase  23.24 
 
 		 335 aa  54.3  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2499  biotin synthase  23.24 
 
 		 335 aa  54.3  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6575  thiazole biosynthesis protein ThiH  24.39 
 
 		 378 aa  54.3  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1570  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.43 
 
 		 367 aa  53.9  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.25811  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1137  thiamine biosynthesis protein ThiH  27.16 
 
 		 430 aa  53.9  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.867554  normal  0.132743 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0626  thiazole biosynthesis protein ThiH  26.09 
 
 		 369 aa  52.8  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1390  thiamine biosynthesis protein ThiH  24.58 
 
 		 464 aa  53.1  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00852808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1599  thiamine biosynthesis protein ThiH  24.43 
 
 		 471 aa  53.1  0.000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>