205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1592 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  100 
 
 		 285 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  90.88 
 
 		 289 aa  532  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  99.22 
 
 		 258 aa  530  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  79.17 
 
 		 278 aa  441  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  77.65 
 
 		 271 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  61.45 
 
 		 295 aa  324  1e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  59.06 
 
 		 285 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  56.13 
 
 		 295 aa  318  5e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  56.57 
 
 		 266 aa  317  1e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  59.67 
 
 		 269 aa  315  4e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1818  DNA uptake lipoprotein-like protein  60.4 
 
 		 274 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6285  DNA uptake lipoprotein-like  60.4 
 
 		 274 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1794  DNA uptake lipoprotein-like protein  60.4 
 
 		 274 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2334  competence lipoprotein ComL  60.48 
 
 		 313 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2252  competence lipoprotein ComL  60.48 
 
 		 313 aa  315  5e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0623689  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5095  DNA uptake lipoprotein-like  60.4 
 
 		 274 aa  315  6e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2206  putative competence lipoprotein ComL  60.48 
 
 		 274 aa  314  9e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.898087  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1325  competence lipoprotein ComL  60.08 
 
 		 280 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.028744  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1840  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  59.84 
 
 		 286 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0444128  normal  0.143398 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2169  putative competence lipoprotein ComL  60.89 
 
 		 274 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1814  competence lipoprotein ComL  60.08 
 
 		 274 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.861802  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0082  competence lipoprotein ComL  60.08 
 
 		 274 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1085  competence lipoprotein ComL  60.08 
 
 		 274 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0185202  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1732  competence lipoprotein ComL  60.08 
 
 		 274 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424697  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1705  competence lipoprotein ComL  60.08 
 
 		 274 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1480  competence lipoprotein ComL  60.08 
 
 		 274 aa  311  1e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.124446  normal  0.0477124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2347  putative competence lipoprotein, ComL  59.43 
 
 		 286 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0433334 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  57.83 
 
 		 257 aa  308  9e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  60.91 
 
 		 281 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2179  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  59.83 
 
 		 268 aa  305  6e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  53.7 
 
 		 268 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2616  putative transmembrane protein  55.94 
 
 		 274 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1829  putative transmembrane protein  57.89 
 
 		 300 aa  301  6.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0739498  normal  0.248165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1899  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  57.89 
 
 		 265 aa  300  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  54.75 
 
 		 265 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1864  putative transmembrane protein  56.63 
 
 		 274 aa  296  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  54.98 
 
 		 274 aa  276  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4485  putative transmembrane protein  53.33 
 
 		 265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.219271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  47.31 
 
 		 267 aa  270  2e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3500  putative transmembrane protein  50.38 
 
 		 263 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.390268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  48.1 
 
 		 261 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2876  putative transmembrane protein  49.4 
 
 		 284 aa  235  7e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.676791 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0814  putative competence lipoprotein precursor  47.83 
 
 		 254 aa  219  3e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.658327  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  45.63 
 
 		 286 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  47.84 
 
 		 279 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  43.87 
 
 		 339 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  45.31 
 
 		 339 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  45.31 
 
 		 339 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  43.48 
 
 		 339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  46.12 
 
 		 340 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  41.77 
 
 		 337 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  40.66 
 
 		 254 aa  209  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  45.54 
 
 		 338 aa  209  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  45.21 
 
 		 338 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0666  putative lipoprotein  40.32 
 
 		 253 aa  206  4e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0926044  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  46.61 
 
 		 341 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  46.19 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  45.5 
 
 		 330 aa  201  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3723  putative lipoprotein  39.92 
 
 		 268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.196692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3500  putative lipoprotein  38.52 
 
 		 282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.538329  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3916  putative lipoprotein  35.66 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2951  putative lipoprotein  41.23 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000165501  normal  0.568121 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  39.11 
 
 		 253 aa  193  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3167  putative lipoprotein  38.04 
 
 		 268 aa  191  8e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0598273  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  41.01 
 
 		 255 aa  191  9e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  41.01 
 
 		 272 aa  191  1e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  42.6 
 
 		 254 aa  191  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  42.62 
 
 		 273 aa  191  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3580  hypothetical protein  39.3 
 
 		 268 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  36.18 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2994  putative lipoprotein  39.3 
 
 		 282 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000158327  normal  0.33203 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3075  putative lipoprotein  39.3 
 
 		 282 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000146144  normal  0.73479 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3172  putative lipoprotein  39.3 
 
 		 282 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000327515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2606  putative lipoprotein  38.66 
 
 		 283 aa  185  6e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000151596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1021  putative lipoprotein  39.3 
 
 		 253 aa  185  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000015232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  38.59 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  37.82 
 
 		 243 aa  182  6e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3273  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  38.43 
 
 		 253 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  normal  0.040327 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1085  putative lipoprotein  38.43 
 
 		 253 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446586  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1118  putative lipoprotein  38.43 
 
 		 253 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000738911  normal  0.0672977 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1016  putative lipoprotein  38.43 
 
 		 253 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000150012  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  38.56 
 
 		 253 aa  177  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02485  predicted lipoprotein  36.97 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.232187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1077  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  36.97 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3836  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.97 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000106829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2976  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.97 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0410955  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2881  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.97 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0417969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2753  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.97 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000042018  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1086  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.97 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  decreased coverage  0.000000281733 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02449  hypothetical protein  36.97 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.235598  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2749  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.97 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000166686  normal  0.272944 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  37.7 
 
 		 257 aa  176  5e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  37.7 
 
 		 257 aa  176  5e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2851  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  41.35 
 
 		 243 aa  175  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  37.55 
 
 		 261 aa  175  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2878  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.13 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.732021 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  38.91 
 
 		 251 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2880  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.13 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2992  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.13 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2775  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  36.13 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000251049  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>