187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1363 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  100 
 
 
207 aa  416  1e-115  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  86.47 
 
 
207 aa  351  5e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  85.51 
 
 
207 aa  337  1e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  68.75 
 
 
206 aa  266  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  66.67 
 
 
206 aa  263  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  64.73 
 
 
207 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  62.8 
 
 
206 aa  251  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  40.85 
 
 
207 aa  127  1e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  39.13 
 
 
452 aa  117  1e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  39.71 
 
 
449 aa  114  1e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  40.76 
 
 
449 aa  113  2e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  39.39 
 
 
454 aa  112  4e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  40.3 
 
 
447 aa  111  7e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  34.43 
 
 
240 aa  110  2e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  40.33 
 
 
236 aa  109  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  34.55 
 
 
240 aa  106  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  36.59 
 
 
211 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  4.0892e-05 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  30 
 
 
228 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  33.72 
 
 
261 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  35.91 
 
 
211 aa  102  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  1.66827e-05 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  41.71 
 
 
212 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  32.55 
 
 
213 aa  102  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  32.08 
 
 
213 aa  101  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  42.22 
 
 
219 aa  101  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  34.04 
 
 
453 aa  101  8e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  32.17 
 
 
230 aa  100  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  32.17 
 
 
230 aa  100  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  33.86 
 
 
228 aa  99.4  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  32.91 
 
 
225 aa  99.4  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  33.86 
 
 
228 aa  99  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  32.11 
 
 
229 aa  98.6  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  34.93 
 
 
237 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  38.29 
 
 
250 aa  97.4  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  33.33 
 
 
254 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  39.63 
 
 
240 aa  97.8  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  36.82 
 
 
244 aa  97.4  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  33.19 
 
 
239 aa  96.7  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  30.93 
 
 
236 aa  94  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  33.91 
 
 
254 aa  94.4  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  32.24 
 
 
255 aa  93.6  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  32.99 
 
 
232 aa  93.2  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  31.9 
 
 
201 aa  93.2  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  32.37 
 
 
212 aa  92.8  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  38.92 
 
 
245 aa  92.4  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  40 
 
 
216 aa  90.9  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  39.13 
 
 
274 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  33.02 
 
 
212 aa  90.1  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  35.93 
 
 
240 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  36.73 
 
 
251 aa  89.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  28.23 
 
 
283 aa  89  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  38.51 
 
 
662 aa  88.2  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  31.13 
 
 
237 aa  86.3  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  36.02 
 
 
204 aa  86.3  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  35.93 
 
 
237 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  33.49 
 
 
255 aa  85.1  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  33.8 
 
 
250 aa  83.6  2e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  33.68 
 
 
234 aa  83.6  2e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  32.23 
 
 
997 aa  83.6  2e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  37.8 
 
 
248 aa  82.8  3e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  31.28 
 
 
212 aa  82.4  4e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  31.28 
 
 
212 aa  82.4  4e-15  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1284  hypothetical protein  31.28 
 
 
212 aa  82.4  4e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.40204  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  35.41 
 
 
692 aa  81.6  7e-15  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  37.66 
 
 
710 aa  81.6  8e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  31.52 
 
 
274 aa  81.6  8e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  34.45 
 
 
205 aa  80.9  1e-14  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.07 
 
 
248 aa  80.9  1e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  33.62 
 
 
236 aa  80.1  2e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  31.52 
 
 
274 aa  80.5  2e-14  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.03 
 
 
236 aa  79.7  3e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  31.84 
 
 
207 aa  79  5e-14  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  33.47 
 
 
246 aa  79  5e-14  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  30.29 
 
 
274 aa  78.6  6e-14  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  33.67 
 
 
234 aa  78.6  7e-14  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  34.27 
 
 
209 aa  78.2  9e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  32.19 
 
 
242 aa  77.4  1e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  31.36 
 
 
229 aa  77.4  1e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  34.25 
 
 
258 aa  77.8  1e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  34.84 
 
 
241 aa  74.3  1e-12  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  35.33 
 
 
674 aa  73.9  1e-12  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  32.48 
 
 
237 aa  73.9  1e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  30.69 
 
 
277 aa  74.3  1e-12  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  30.81 
 
 
689 aa  73.6  2e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  29.56 
 
 
661 aa  73.6  2e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  30.84 
 
 
245 aa  72.8  3e-12  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6124  porin  33 
 
 
288 aa  72.8  3e-12  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3299  porin  34.36 
 
 
287 aa  72.8  4e-12  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.466189  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  32.91 
 
 
241 aa  72.4  4e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  30.69 
 
 
279 aa  72.4  5e-12  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  26.74 
 
 
680 aa  72  6e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  30.19 
 
 
570 aa  71.6  8e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  29.49 
 
 
278 aa  70.9  1e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  25.27 
 
 
284 aa  70.9  1e-11  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  7.665e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  27.44 
 
 
225 aa  70.1  2e-11  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1286  porin  31.53 
 
 
288 aa  70.1  2e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  30.14 
 
 
693 aa  70.5  2e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  30.9 
 
 
276 aa  70.1  2e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  34.19 
 
 
703 aa  70.1  2e-11  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  31.75 
 
 
255 aa  70.5  2e-11  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  31.8 
 
 
243 aa  69.7  3e-11  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>