More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0434 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 312 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  81.09 
 
 		 312 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0609  LysR family transcriptional regulator  81.11 
 
 		 312 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.663107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  79.47 
 
 		 300 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  70.26 
 
 		 304 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  70.81 
 
 		 301 aa  421  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 306 aa  256  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 317 aa  238  8e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  41.69 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.72 
 
 		 305 aa  235  6e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.39 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.39 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.39 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.39 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.39 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.09 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.74 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.09 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.09 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.06 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.06 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.06 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.06 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.06 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.06 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.74 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.06 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  41.06 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.33 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 320 aa  233  3e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40 
 
 		 302 aa  233  5e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  46.32 
 
 		 308 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 309 aa  225  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 317 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  42.72 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 298 aa  222  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 308 aa  218  8.999999999999998e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  42.72 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.39 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.67 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.26 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.88 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  42.46 
 
 		 323 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  42.46 
 
 		 323 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.67 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  36.49 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  43.97 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 		 320 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  42.52 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.64 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  38.33 
 
 		 325 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  38 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  41.86 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 323 aa  196  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  39.53 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  42.16 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 319 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 319 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 319 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 317 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  41.34 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 311 aa  192  5e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 318 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 316 aa  192  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 326 aa  192  9e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  36.22 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>