107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5730 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5730  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein  100 
 
 		 368 aa  734    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4939  lipopolysaccharide biosynthesis  48.67 
 
 		 387 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1304  chain length determinant protein  45.11 
 
 		 360 aa  305  7e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0622  capsular polysaccharide ABC transporter  34.86 
 
 		 367 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.22942 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1780  capsular polysaccharide ABC transporter  30 
 
 		 372 aa  193  5e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3904  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.75 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.122006 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1619  capsular polysaccharide ABC transporter  29.91 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1439  capsular polysaccharide ABC transporter  29.91 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02815  Capsule polysaccharide export inner-membrane protein kpsE  31.23 
 
 		 378 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000139035  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02765  hypothetical protein  31.23 
 
 		 382 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000109995  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3220  polysialic acid capsule export inner-membrane protein KpsE  31.23 
 
 		 382 aa  179  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0292  capsular polysaccharide export inner-membrane protein KpsE  29.86 
 
 		 371 aa  179  7e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2583  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.02 
 
 		 436 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000174654 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.92 
 
 		 373 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5953  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.12 
 
 		 383 aa  146  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03061  putative capsule polysaccharide export system inner membrane protein  25.07 
 
 		 372 aa  143  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.244553  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3238  lipopolysaccharide biosynthesis  27.4 
 
 		 483 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2346  lipopolysaccharide biosynthesis  27.25 
 
 		 399 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0295  lipopolysaccharide biosynthesis  28.42 
 
 		 382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0778  lipopolysaccharide biosynthesis  28.42 
 
 		 382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001782  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  26.7 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3300  WcbD  29.23 
 
 		 465 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0873208  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3253  capsule polysaccharide exporter  29.23 
 
 		 515 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.51682  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0522  capsule polysaccharide exporter  29.23 
 
 		 515 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.122363  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1077  capsule polysaccharide exporter  29.23 
 
 		 515 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.112896  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3288  capsule polysaccharide exporter  29.23 
 
 		 515 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2184  capsule polysaccharide exporter  29.23 
 
 		 515 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2756  capsule polysaccharide export protein-like  26.7 
 
 		 400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.415519  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1522  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.47 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0746  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  26.46 
 
 		 365 aa  117  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1337  WcbD  27.41 
 
 		 388 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2574  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.21 
 
 		 371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2961  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  28.21 
 
 		 371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1150  WcbD  27.37 
 
 		 388 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0184519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1507  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.93 
 
 		 369 aa  109  9.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5579  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.48 
 
 		 413 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.906457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3812  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.96 
 
 		 416 aa  103  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.879511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4014  capsule polysaccharide export-like protein  23.18 
 
 		 387 aa  103  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0747  WcbD  27.69 
 
 		 390 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3869  capsule polysaccharide export protein-like  23.8 
 
 		 380 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2721  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.21 
 
 		 411 aa  100  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5053  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.83 
 
 		 436 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.522241 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2037  polysaccharide ABC transporter  23.93 
 
 		 402 aa  96.7  6e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.126428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1658  capsule polysaccharide export protein-like protein  24.72 
 
 		 413 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4871  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.9 
 
 		 433 aa  94  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4996  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.21 
 
 		 443 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0773002 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0816  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.84 
 
 		 414 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.671336  normal  0.554502 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0737  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.88 
 
 		 414 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0775  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.84 
 
 		 414 aa  89  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.069247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0584  capsule polysaccharide export  25.21 
 
 		 569 aa  87.8  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4566  capsule polysaccharide export protein-like protein  24.25 
 
 		 448 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0713  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  23.2 
 
 		 415 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2087  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.65 
 
 		 414 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18684 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2049  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.73 
 
 		 413 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0632  polysaccharide ABC transporter  22.13 
 
 		 403 aa  85.5  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0379195  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0435  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.06 
 
 		 413 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00121431 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1852  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.55 
 
 		 433 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2731  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.78 
 
 		 394 aa  80.5  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0654  capsule polysaccharide export protein-like  23.69 
 
 		 585 aa  79.7  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5038  capsule polysaccharide export protein-like  23.94 
 
 		 413 aa  79.7  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1234  capsule polysaccharide export protein-like  21.08 
 
 		 579 aa  78.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0195673  normal  0.85548 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4085  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.71 
 
 		 448 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160773  normal  0.368018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4453  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.71 
 
 		 448 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2126  capsule polysaccharide export protein-like  23.94 
 
 		 652 aa  76.3  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0711  Capsule polysaccharide export protein  21.45 
 
 		 415 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2722  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.61 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4085  capsule polysaccharide export protein-like  22.7 
 
 		 379 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.387523  normal  0.315996 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3817  capsule polysaccharide export protein-like protein  25 
 
 		 430 aa  72.8  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.141093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4076  capsule polysaccharide export protein  25.35 
 
 		 491 aa  72  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.054878 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6013  capsule polysaccharide export protein-like protein  24.66 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3997  hypothetical protein  22.55 
 
 		 492 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.740683  normal  0.827295 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3838  capsule polysaccharide export protein  23.98 
 
 		 611 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4703  exopolysaccharide transport protein family  28.06 
 
 		 747 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2082  capsule polysaccharide export-like protein  22.69 
 
 		 407 aa  66.6  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3657  capsule polysaccharide export protein-like  22.1 
 
 		 590 aa  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.219479  normal  0.476279 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0722  putative capsule polysaccharide export ABC transporter transmembrane protein  23.66 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3819  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.84 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.670333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  25.75 
 
 		 388 aa  57  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6747  exopolysaccharide transport protein family  24.87 
 
 		 740 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1726  exopolysaccharide transporter  22.79 
 
 		 746 aa  53.1  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0320019  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0662  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein CtrB  20.56 
 
 		 391 aa  52.8  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal  0.0442626 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5368  exopolysaccharide transporter  23.26 
 
 		 747 aa  51.6  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5849  tyrosine-protein kinase  23.96 
 
 		 748 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0649  putative lipopolysaccharide biosynthesis tyrosine kinase  19.2 
 
 		 753 aa  50.4  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.18 
 
 		 396 aa  50.4  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.47 
 
 		 395 aa  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  25.33 
 
 		 711 aa  47.8  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3694  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.04 
 
 		 726 aa  47.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  21.11 
 
 		 401 aa  47  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1960  putative transport-related membrane protein  23.31 
 
 		 405 aa  46.2  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.954505  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0661  chain length determinant protein  23.31 
 
 		 405 aa  46.2  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0567  chain length determinant protein  23.31 
 
 		 405 aa  46.2  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3190  exopolysaccharide transport protein family  22.4 
 
 		 764 aa  46.2  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.732974  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  21.29 
 
 		 409 aa  45.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  24.49 
 
 		 405 aa  45.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  26.45 
 
 		 487 aa  46.2  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1689  exopolysaccharide transport protein family  20.9 
 
 		 744 aa  45.4  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2472  exopolysaccharide transport protein family  22.4 
 
 		 741 aa  44.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.342499  normal  0.203654 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3864  exopolysaccharide export associated tyrosine kinase  24.56 
 
 		 744 aa  43.5  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.642298 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5116  exopolysaccharide transport protein family  26.19 
 
 		 755 aa  43.5  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>