81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3838 on replicon NC_009007
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009040  Rsph17029_4085  capsule polysaccharide export protein-like  99.47 
 
 		 379 aa  762    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.387523  normal  0.315996 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3838  capsule polysaccharide export protein  100 
 
 		 611 aa  1214    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3997  hypothetical protein  67.98 
 
 		 492 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.740683  normal  0.827295 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4076  capsule polysaccharide export protein  49.48 
 
 		 491 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.054878 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2126  capsule polysaccharide export protein-like  50.77 
 
 		 652 aa  354  2.9999999999999997e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5038  capsule polysaccharide export protein-like  50.77 
 
 		 413 aa  350  5e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2756  capsule polysaccharide export protein-like  33.88 
 
 		 400 aa  219  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.415519  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4996  capsule polysaccharide export protein-like protein  35.22 
 
 		 443 aa  218  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0773002 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001782  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  35.31 
 
 		 381 aa  204  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3812  capsule polysaccharide export protein-like protein  30.37 
 
 		 416 aa  166  9e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.879511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5053  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.06 
 
 		 436 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.522241 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4871  capsule polysaccharide export protein-like protein  30.05 
 
 		 433 aa  163  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4453  capsule polysaccharide export protein-like protein  32.15 
 
 		 448 aa  155  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4085  capsule polysaccharide export protein-like protein  32.15 
 
 		 448 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160773  normal  0.368018 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2721  capsule polysaccharide export protein-like protein  32 
 
 		 411 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1852  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.93 
 
 		 433 aa  154  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0295  lipopolysaccharide biosynthesis  29.7 
 
 		 382 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0778  lipopolysaccharide biosynthesis  29.7 
 
 		 382 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2731  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.83 
 
 		 394 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4566  capsule polysaccharide export protein-like protein  31.06 
 
 		 448 aa  146  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0622  capsular polysaccharide ABC transporter  28.85 
 
 		 367 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.22942 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2583  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.7 
 
 		 436 aa  140  7e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000174654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2722  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.92 
 
 		 432 aa  137  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3904  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.07 
 
 		 368 aa  137  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.122006 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2346  lipopolysaccharide biosynthesis  29.07 
 
 		 399 aa  136  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1522  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.2 
 
 		 385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0713  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  26.04 
 
 		 415 aa  134  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4014  capsule polysaccharide export-like protein  28.73 
 
 		 387 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5579  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.38 
 
 		 413 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.906457 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5953  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.46 
 
 		 383 aa  130  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1337  WcbD  29.2 
 
 		 388 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3220  polysialic acid capsule export inner-membrane protein KpsE  27.58 
 
 		 382 aa  127  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03061  putative capsule polysaccharide export system inner membrane protein  25.21 
 
 		 372 aa  127  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.244553  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1658  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.25 
 
 		 413 aa  126  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02815  Capsule polysaccharide export inner-membrane protein kpsE  27.27 
 
 		 378 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000139035  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02765  hypothetical protein  27.27 
 
 		 382 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000109995  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0584  capsule polysaccharide export  25.75 
 
 		 569 aa  124  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2049  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.55 
 
 		 413 aa  123  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1780  capsular polysaccharide ABC transporter  26.78 
 
 		 372 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0435  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.72 
 
 		 413 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00121431 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0816  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.65 
 
 		 414 aa  120  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.671336  normal  0.554502 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0775  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.65 
 
 		 414 aa  120  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.069247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3253  capsule polysaccharide exporter  26.77 
 
 		 515 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.51682  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0746  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  27.81 
 
 		 365 aa  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2184  capsule polysaccharide exporter  26.85 
 
 		 515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3288  capsule polysaccharide exporter  26.85 
 
 		 515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1077  capsule polysaccharide exporter  26.85 
 
 		 515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.112896  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2087  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.39 
 
 		 414 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18684 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0522  capsule polysaccharide exporter  26.85 
 
 		 515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.122363  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3300  WcbD  26.85 
 
 		 465 aa  117  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0873208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0662  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein CtrB  30.19 
 
 		 391 aa  117  6.9999999999999995e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal  0.0442626 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3817  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.7 
 
 		 430 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.141093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3819  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.52 
 
 		 442 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.670333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0292  capsular polysaccharide export inner-membrane protein KpsE  24.26 
 
 		 371 aa  114  7.000000000000001e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1619  capsular polysaccharide ABC transporter  25.79 
 
 		 372 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1439  capsular polysaccharide ABC transporter  25.79 
 
 		 372 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1150  WcbD  29.75 
 
 		 388 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0184519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1234  capsule polysaccharide export protein-like  24.06 
 
 		 579 aa  111  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0195673  normal  0.85548 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0711  Capsule polysaccharide export protein  24.74 
 
 		 415 aa  109  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.87 
 
 		 373 aa  108  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1507  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.27 
 
 		 369 aa  107  6e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0654  capsule polysaccharide export protein-like  26.55 
 
 		 585 aa  107  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2082  capsule polysaccharide export-like protein  29.72 
 
 		 407 aa  107  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6013  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.73 
 
 		 421 aa  107  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0737  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.14 
 
 		 414 aa  106  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0747  WcbD  28.12 
 
 		 390 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3869  capsule polysaccharide export protein-like  26.16 
 
 		 380 aa  105  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0722  putative capsule polysaccharide export ABC transporter transmembrane protein  30.29 
 
 		 385 aa  103  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3238  lipopolysaccharide biosynthesis  22.32 
 
 		 483 aa  103  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2961  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  26.91 
 
 		 371 aa  94.7  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2574  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.91 
 
 		 371 aa  94.7  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1304  chain length determinant protein  23.06 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3657  capsule polysaccharide export protein-like  21.88 
 
 		 590 aa  76.3  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.219479  normal  0.476279 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4939  lipopolysaccharide biosynthesis  23.71 
 
 		 387 aa  75.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2037  polysaccharide ABC transporter  21.73 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.126428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5730  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein  23.37 
 
 		 368 aa  63.9  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0632  polysaccharide ABC transporter  22.4 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0379195  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0478  cell-surface large adhesin  33.94 
 
 		 2851 aa  52  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0789  lipopolysaccharide biosynthesis  20.13 
 
 		 408 aa  48.9  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0889  lipopolysaccharide biosynthesis  22.38 
 
 		 428 aa  46.6  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.6181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1632  large adhesin  29.45 
 
 		 2914 aa  46.2  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>