77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5038 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5038  capsule polysaccharide export protein-like  100 
 
 		 413 aa  828    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2126  capsule polysaccharide export protein-like  100 
 
 		 652 aa  840    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3838  capsule polysaccharide export protein  51.9 
 
 		 611 aa  354  2e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4085  capsule polysaccharide export protein-like  51.36 
 
 		 379 aa  353  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.387523  normal  0.315996 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3997  hypothetical protein  49.74 
 
 		 492 aa  343  4e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.740683  normal  0.827295 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4076  capsule polysaccharide export protein  45.23 
 
 		 491 aa  309  5.9999999999999995e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.054878 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2756  capsule polysaccharide export protein-like  33.85 
 
 		 400 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.415519  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4996  capsule polysaccharide export protein-like protein  34.67 
 
 		 443 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0773002 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001782  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  33.24 
 
 		 381 aa  174  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3812  capsule polysaccharide export protein-like protein  31.16 
 
 		 416 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.879511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2583  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.9 
 
 		 436 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000174654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1852  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.35 
 
 		 433 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4871  capsule polysaccharide export protein-like protein  30.24 
 
 		 433 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2346  lipopolysaccharide biosynthesis  30.29 
 
 		 399 aa  138  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0622  capsular polysaccharide ABC transporter  30.83 
 
 		 367 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.22942 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5953  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.92 
 
 		 383 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5579  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.69 
 
 		 413 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.906457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2049  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.86 
 
 		 413 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3869  capsule polysaccharide export protein-like  29.27 
 
 		 380 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2722  capsule polysaccharide export protein-like protein  30.94 
 
 		 432 aa  126  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1522  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.65 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5053  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.13 
 
 		 436 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.522241 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1658  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.49 
 
 		 413 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4014  capsule polysaccharide export-like protein  27.79 
 
 		 387 aa  122  9e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0522  capsule polysaccharide exporter  28.49 
 
 		 515 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.122363  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3300  WcbD  28.65 
 
 		 465 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0873208  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1077  capsule polysaccharide exporter  28.49 
 
 		 515 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.112896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3253  capsule polysaccharide exporter  27.32 
 
 		 515 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.51682  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3288  capsule polysaccharide exporter  28.49 
 
 		 515 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2184  capsule polysaccharide exporter  28.49 
 
 		 515 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3904  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.7 
 
 		 368 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.122006 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1304  chain length determinant protein  27.54 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0816  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.57 
 
 		 414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.671336  normal  0.554502 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.94 
 
 		 373 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0775  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.57 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.069247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2721  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.67 
 
 		 411 aa  117  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2087  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.86 
 
 		 414 aa  117  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6013  capsule polysaccharide export protein-like protein  31.38 
 
 		 421 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2731  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.46 
 
 		 394 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0778  lipopolysaccharide biosynthesis  26.45 
 
 		 382 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0295  lipopolysaccharide biosynthesis  26.45 
 
 		 382 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0435  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.7 
 
 		 413 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00121431 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0746  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  28.42 
 
 		 365 aa  110  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4085  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.81 
 
 		 448 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160773  normal  0.368018 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2082  capsule polysaccharide export-like protein  27.81 
 
 		 407 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3220  polysialic acid capsule export inner-membrane protein KpsE  25.08 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4453  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.81 
 
 		 448 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02765  hypothetical protein  25.53 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000109995  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02815  Capsule polysaccharide export inner-membrane protein kpsE  25.08 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000139035  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03061  putative capsule polysaccharide export system inner membrane protein  26.82 
 
 		 372 aa  106  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.244553  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1619  capsular polysaccharide ABC transporter  25.64 
 
 		 372 aa  106  8e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1439  capsular polysaccharide ABC transporter  25.64 
 
 		 372 aa  106  8e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1337  WcbD  29.01 
 
 		 388 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4566  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.54 
 
 		 448 aa  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1780  capsular polysaccharide ABC transporter  26.69 
 
 		 372 aa  103  5e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0584  capsule polysaccharide export  25.75 
 
 		 569 aa  103  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0654  capsule polysaccharide export protein-like  26.79 
 
 		 585 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1507  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.84 
 
 		 369 aa  102  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0737  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.06 
 
 		 414 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0292  capsular polysaccharide export inner-membrane protein KpsE  24.19 
 
 		 371 aa  100  5e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3819  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.6 
 
 		 442 aa  99.8  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.670333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0747  WcbD  28.46 
 
 		 390 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0662  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein CtrB  27.86 
 
 		 391 aa  96.3  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal  0.0442626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1150  WcbD  30.58 
 
 		 388 aa  96.3  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0184519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3238  lipopolysaccharide biosynthesis  23.03 
 
 		 483 aa  93.2  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2037  polysaccharide ABC transporter  23.58 
 
 		 402 aa  84.7  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.126428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2574  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.26 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2961  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  26.26 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3817  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.19 
 
 		 430 aa  83.6  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.141093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0713  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  22.91 
 
 		 415 aa  82.8  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1234  capsule polysaccharide export protein-like  22.79 
 
 		 579 aa  80.5  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0195673  normal  0.85548 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0722  putative capsule polysaccharide export ABC transporter transmembrane protein  26.24 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5730  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein  23.26 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0711  Capsule polysaccharide export protein  22.29 
 
 		 415 aa  73.2  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3657  capsule polysaccharide export protein-like  23.8 
 
 		 590 aa  72.4  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.219479  normal  0.476279 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4939  lipopolysaccharide biosynthesis  22.16 
 
 		 387 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0632  polysaccharide ABC transporter  19.5 
 
 		 403 aa  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0379195  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>