94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3238 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3238  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 483 aa  983    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03061  putative capsule polysaccharide export system inner membrane protein  41.05 
 
 		 372 aa  313  2.9999999999999996e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.244553  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0622  capsular polysaccharide ABC transporter  31.17 
 
 		 367 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.22942 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0292  capsular polysaccharide export inner-membrane protein KpsE  33.33 
 
 		 371 aa  197  3e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1780  capsular polysaccharide ABC transporter  29.95 
 
 		 372 aa  196  1e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1619  capsular polysaccharide ABC transporter  30.08 
 
 		 372 aa  187  3e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02765  hypothetical protein  29.83 
 
 		 382 aa  187  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000109995  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1439  capsular polysaccharide ABC transporter  30.08 
 
 		 372 aa  187  3e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02815  Capsule polysaccharide export inner-membrane protein kpsE  29.83 
 
 		 378 aa  187  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000139035  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3220  polysialic acid capsule export inner-membrane protein KpsE  29.83 
 
 		 382 aa  187  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3904  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.69 
 
 		 368 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.122006 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.18 
 
 		 373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5953  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.93 
 
 		 383 aa  171  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1304  chain length determinant protein  29.43 
 
 		 360 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2756  capsule polysaccharide export protein-like  29.33 
 
 		 400 aa  156  9e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.415519  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2583  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.62 
 
 		 436 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000174654 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0778  lipopolysaccharide biosynthesis  27.15 
 
 		 382 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0295  lipopolysaccharide biosynthesis  27.15 
 
 		 382 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001782  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  27.3 
 
 		 381 aa  140  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4939  lipopolysaccharide biosynthesis  28.08 
 
 		 387 aa  139  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5730  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein  27.08 
 
 		 368 aa  133  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4566  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.16 
 
 		 448 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4996  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.25 
 
 		 443 aa  120  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0773002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1234  capsule polysaccharide export protein-like  25.92 
 
 		 579 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0195673  normal  0.85548 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0584  capsule polysaccharide export  25.82 
 
 		 569 aa  117  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1852  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.98 
 
 		 433 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0654  capsule polysaccharide export protein-like  25.93 
 
 		 585 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4085  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.99 
 
 		 448 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160773  normal  0.368018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4453  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.99 
 
 		 448 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2184  capsule polysaccharide exporter  24.59 
 
 		 515 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3288  capsule polysaccharide exporter  24.59 
 
 		 515 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0522  capsule polysaccharide exporter  24.59 
 
 		 515 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.122363  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0746  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  26.13 
 
 		 365 aa  114  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3253  capsule polysaccharide exporter  24.59 
 
 		 515 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.51682  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1077  capsule polysaccharide exporter  24.59 
 
 		 515 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.112896  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3300  WcbD  24.59 
 
 		 465 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0873208  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4871  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.36 
 
 		 433 aa  113  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5579  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.82 
 
 		 413 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.906457 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5053  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.27 
 
 		 436 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.522241 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4014  capsule polysaccharide export-like protein  23.29 
 
 		 387 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4085  capsule polysaccharide export protein-like  22.4 
 
 		 379 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.387523  normal  0.315996 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3838  capsule polysaccharide export protein  22.4 
 
 		 611 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1522  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.88 
 
 		 385 aa  109  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2346  lipopolysaccharide biosynthesis  24.59 
 
 		 399 aa  108  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1150  WcbD  26.33 
 
 		 388 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0184519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1658  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.91 
 
 		 413 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3812  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.86 
 
 		 416 aa  104  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.879511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2082  capsule polysaccharide export-like protein  23.78 
 
 		 407 aa  103  9e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1507  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.76 
 
 		 369 aa  102  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3657  capsule polysaccharide export protein-like  25 
 
 		 590 aa  103  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.219479  normal  0.476279 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3997  hypothetical protein  23.31 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.740683  normal  0.827295 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2049  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.82 
 
 		 413 aa  100  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0747  WcbD  24.62 
 
 		 390 aa  100  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0722  putative capsule polysaccharide export ABC transporter transmembrane protein  25.68 
 
 		 385 aa  98.6  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2731  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.75 
 
 		 394 aa  97.1  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3817  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.33 
 
 		 430 aa  95.9  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.141093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0816  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.63 
 
 		 414 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.671336  normal  0.554502 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5038  capsule polysaccharide export protein-like  23.03 
 
 		 413 aa  93.6  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0775  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.63 
 
 		 414 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.069247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0662  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein CtrB  21.74 
 
 		 391 aa  93.2  9e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal  0.0442626 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2037  polysaccharide ABC transporter  24.73 
 
 		 402 aa  93.2  9e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.126428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2126  capsule polysaccharide export protein-like  23.03 
 
 		 652 aa  92.8  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2574  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.04 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2961  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  24.04 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4076  capsule polysaccharide export protein  22.99 
 
 		 491 aa  90.9  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.054878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2087  capsule polysaccharide export protein-like protein  24.32 
 
 		 414 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18684 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1337  WcbD  23.65 
 
 		 388 aa  89.7  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3869  capsule polysaccharide export protein-like  22.55 
 
 		 380 aa  89  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6013  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.2 
 
 		 421 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0711  Capsule polysaccharide export protein  22.89 
 
 		 415 aa  87  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0713  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  20.87 
 
 		 415 aa  87  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2721  capsule polysaccharide export protein-like protein  22.31 
 
 		 411 aa  86.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2722  capsule polysaccharide export protein-like protein  22.58 
 
 		 432 aa  85.9  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3819  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.43 
 
 		 442 aa  84  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.670333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0737  capsule polysaccharide export protein-like protein  24.93 
 
 		 414 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0632  polysaccharide ABC transporter  22.46 
 
 		 403 aa  81.6  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0379195  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0435  capsule polysaccharide export protein-like protein  21.69 
 
 		 413 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00121431 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3727  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.01 
 
 		 741 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.601241 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5550  hypothetical protein  26.01 
 
 		 741 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0889  lipopolysaccharide biosynthesis  20.59 
 
 		 428 aa  52  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.6181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0547  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase, putative  27.27 
 
 		 739 aa  49.7  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2272  protein-tyrosine kinase  25.93 
 
 		 741 aa  49.3  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.994718  normal  0.103014 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1959  capsular exopolysaccharide family  24.1 
 
 		 732 aa  48.9  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.901256 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4915  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.54 
 
 		 741 aa  48.5  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113292 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4539  protein-tyrosine kinase  25.93 
 
 		 741 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2481  chain length determinant protein  26.14 
 
 		 739 aa  48.5  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2619  chain length determinant protein  26.14 
 
 		 739 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0914  EpsB  26.14 
 
 		 739 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3824  hypothetical protein  25.93 
 
 		 741 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3700  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  25.93 
 
 		 741 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2242  protein-tyrosine kinase  23.49 
 
 		 740 aa  47.4  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551274 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.87 
 
 		 407 aa  46.6  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0789  lipopolysaccharide biosynthesis  21.48 
 
 		 408 aa  46.2  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.58 
 
 		 396 aa  43.5  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>