More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2377 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  100 
 
 		 224 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  43.62 
 
 		 213 aa  144  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  43.27 
 
 		 199 aa  138  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32530  putative cytochrome c  42.64 
 
 		 217 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.274349 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  41.36 
 
 		 220 aa  134  8e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  42.31 
 
 		 216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  41.67 
 
 		 226 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2756  putative cytochrome c  42.64 
 
 		 217 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170388  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3607  cytochrome c family protein  40 
 
 		 208 aa  128  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0102183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  40 
 
 		 208 aa  128  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  40.8 
 
 		 208 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  39.47 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0572  cytochrome c family protein  40.8 
 
 		 208 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  43.96 
 
 		 217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  40.8 
 
 		 208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  40.23 
 
 		 208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  39.29 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0543  cytochrome c family protein  40.23 
 
 		 208 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  43.41 
 
 		 216 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  44.25 
 
 		 216 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3894  cytochrome c553-like protein  41.24 
 
 		 271 aa  126  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  37.91 
 
 		 237 aa  125  6e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  39.43 
 
 		 208 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3546  cytochrome c family protein  38.37 
 
 		 210 aa  122  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  39.77 
 
 		 256 aa  119  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4237  cytochrome c class I  41.18 
 
 		 262 aa  119  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00192123  normal  0.323742 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  40 
 
 		 202 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  39.11 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  36.78 
 
 		 203 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  37.5 
 
 		 208 aa  116  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  35.09 
 
 		 200 aa  115  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0409  cytochrome c, class I  42.37 
 
 		 267 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  36.36 
 
 		 205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  41.11 
 
 		 379 aa  113  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  38.07 
 
 		 200 aa  112  6e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  37.5 
 
 		 200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  36.1 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  40.12 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  36.42 
 
 		 211 aa  109  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  38.95 
 
 		 219 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  37.93 
 
 		 217 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  37.93 
 
 		 217 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  35.88 
 
 		 238 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1322  putative cytochrome c  33.33 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  37.36 
 
 		 217 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  35.59 
 
 		 205 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  39.53 
 
 		 219 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3479  cytochrome c, class I  36.78 
 
 		 217 aa  106  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  37.87 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  35.67 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  37.36 
 
 		 217 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  37.36 
 
 		 217 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2987  oxidoreductase cytochrome C-type signal peptide protein  38.95 
 
 		 219 aa  105  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  36.16 
 
 		 205 aa  105  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  36.31 
 
 		 223 aa  105  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2865  cytochrome c, class I  37.85 
 
 		 207 aa  104  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.240799  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  34.29 
 
 		 207 aa  104  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1283  putative cytochrome c  35.88 
 
 		 261 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.558146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  31.69 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3432  cytochrome c family protein  37.14 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.402335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  36.21 
 
 		 373 aa  102  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5760  cytochrome c class I  32.75 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4605  cytochrome c, class I  41.11 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0013993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  37.37 
 
 		 217 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  36.1 
 
 		 205 aa  101  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 207 aa  101  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 207 aa  101  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2985  cytochrome c553-like protein  32.43 
 
 		 281 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  32.24 
 
 		 207 aa  100  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  32.79 
 
 		 207 aa  101  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4653  putative cytochrome c  36.78 
 
 		 243 aa  100  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  34.27 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3308  cytochrome c class I  32.32 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  35.39 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  36.99 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  36.41 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  36.13 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  33.9 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  32.24 
 
 		 207 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0629  cytochrome c, class I  33.72 
 
 		 236 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  32.24 
 
 		 207 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  31.95 
 
 		 209 aa  99.8  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  32.24 
 
 		 207 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  32.24 
 
 		 207 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0651  putative periplasmic cytochrome c  33.33 
 
 		 243 aa  99.8  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471094  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1310  diheme-containing protein c4  32.58 
 
 		 210 aa  98.6  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2721  cytochrome c, class I  33.14 
 
 		 229 aa  98.6  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2593  cytochrome c, class I  33.14 
 
 		 229 aa  98.6  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.412189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  38.07 
 
 		 382 aa  98.6  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  32.24 
 
 		 207 aa  98.2  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  35.06 
 
 		 203 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  34.08 
 
 		 201 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  33.88 
 
 		 207 aa  98.2  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  35.5 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  36.21 
 
 		 220 aa  97.8  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  35.84 
 
 		 265 aa  97.8  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  35.26 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  35.67 
 
 		 205 aa  97.1  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  33.93 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5996  cytochrome c, class I  32.16 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.203421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>