More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1708 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
630 aa  1264  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3066  AMP-dependent synthetase and ligase  40.93 
 
 
746 aa  484  1e-135  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  40.23 
 
 
590 aa  440  1e-122  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  40.03 
 
 
592 aa  428  1e-118  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  40.55 
 
 
592 aa  417  1e-115  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  40.21 
 
 
590 aa  418  1e-115  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  38.52 
 
 
587 aa  418  1e-115  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  38.57 
 
 
596 aa  414  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  37.95 
 
 
603 aa  383  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  9.42642e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  37.71 
 
 
598 aa  385  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 
592 aa  385  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  39.03 
 
 
604 aa  381  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 
604 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 
604 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  39.55 
 
 
649 aa  381  1e-104  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  37.01 
 
 
607 aa  376  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2236  AMP-dependent synthetase and ligase  37.56 
 
 
660 aa  378  1e-103  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.83669 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 
606 aa  375  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  38.39 
 
 
606 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  39.32 
 
 
612 aa  369  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  40.1 
 
 
592 aa  370  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  37.24 
 
 
610 aa  372  1e-101  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0377  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 
652 aa  367  1e-100  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 
609 aa  366  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  38.91 
 
 
612 aa  368  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  37.18 
 
 
603 aa  365  1e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.90316e-12 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2186  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 
669 aa  365  1e-99  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.197211  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  38.06 
 
 
605 aa  365  2e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2212  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 
685 aa  365  2e-99  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.169636 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 
606 aa  363  4e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2556  AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 
660 aa  362  1e-98  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 
603 aa  362  1e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  39.51 
 
 
597 aa  361  3e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  39.52 
 
 
622 aa  360  6e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2120  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 
672 aa  360  6e-98  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.342483  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 
633 aa  359  7e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.75 
 
 
610 aa  359  8e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 
610 aa  358  2e-97  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  38.26 
 
 
615 aa  357  4e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 
610 aa  356  8e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 
610 aa  354  2e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  39.01 
 
 
593 aa  352  1e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  34.62 
 
 
602 aa  352  1e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 
605 aa  351  3e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.72 
 
 
602 aa  348  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 
598 aa  348  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  37.03 
 
 
607 aa  347  3e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 
598 aa  347  4e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 
601 aa  346  7e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.63 
 
 
597 aa  346  8e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  36.72 
 
 
598 aa  345  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 
619 aa  345  2e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 
617 aa  344  2e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  35.79 
 
 
597 aa  343  7e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  38.99 
 
 
611 aa  342  1e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  36.75 
 
 
606 aa  341  2e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 
597 aa  342  2e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 
597 aa  341  3e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  36.61 
 
 
599 aa  340  4e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 
597 aa  340  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 
598 aa  340  6e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  37.38 
 
 
599 aa  339  1e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 
595 aa  339  1e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 
597 aa  338  2e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 
601 aa  337  3e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  33.55 
 
 
607 aa  338  3e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 
601 aa  336  6e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 
601 aa  336  6e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 
616 aa  337  6e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  35.58 
 
 
568 aa  337  6e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 
597 aa  336  7e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 
601 aa  336  8e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 
599 aa  335  1e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 
597 aa  335  2e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 
633 aa  334  3e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 
599 aa  334  3e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 
604 aa  333  4e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 
612 aa  334  4e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  37.93 
 
 
602 aa  333  7e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.2 
 
 
598 aa  332  9e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 
602 aa  332  1e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 
604 aa  332  1e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  34.01 
 
 
594 aa  332  2e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  37.11 
 
 
607 aa  330  5e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 
600 aa  330  6e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  34.2 
 
 
599 aa  330  6e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  33.68 
 
 
611 aa  330  7e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 
622 aa  328  1e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 
601 aa  328  2e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  37.78 
 
 
597 aa  328  3e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 
596 aa  327  3e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  36.21 
 
 
603 aa  327  4e-88  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 
606 aa  327  4e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 
606 aa  327  4e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
597 aa  327  4e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
597 aa  327  4e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 
599 aa  325  2e-87  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  36.92 
 
 
601 aa  324  3e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 
600 aa  324  4e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.04 
 
 
602 aa  323  5e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>