More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0317 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3266  DNA helicase II, putative  43.94 
 
 		 1078 aa  745    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  55.09 
 
 		 1050 aa  1018    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4539  UvrD/REP helicase  51.57 
 
 		 1067 aa  902    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  45.65 
 
 		 1075 aa  674    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  42.6 
 
 		 1089 aa  686    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  42.72 
 
 		 1232 aa  780    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  50.09 
 
 		 1124 aa  942    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  52.22 
 
 		 1062 aa  937    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  54.91 
 
 		 1001 aa  1013    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1032 aa  2065    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  40.71 
 
 		 1033 aa  656    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  40.96 
 
 		 1082 aa  708    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0167  UvrD/REP helicase  50.95 
 
 		 1161 aa  1011    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  55.74 
 
 		 1089 aa  1058    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  42.19 
 
 		 1027 aa  682    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  49.36 
 
 		 1132 aa  767    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  41.11 
 
 		 1127 aa  672    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0022  UvrD/REP helicase  38.66 
 
 		 1174 aa  632  1e-179  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7469  ATP-dependent DNA helicase  62.12 
 
 		 428 aa  538  1e-151  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.747593 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0632  hypothetical protein  55.74 
 
 		 414 aa  489  1e-137  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  58.63 
 
 		 1244 aa  483  1e-135  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3587  UvrD/REP helicase  60.38 
 
 		 446 aa  481  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000249291  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2545  hypothetical protein  57.14 
 
 		 408 aa  472  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000698733  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1328  hypothetical protein  52.93 
 
 		 411 aa  432  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2955  hypothetical protein  52.2 
 
 		 411 aa  426  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1268  PHP domain protein  44.74 
 
 		 414 aa  394  1e-108  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.128961  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  41.86 
 
 		 1156 aa  356  1e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.9 
 
 		 747 aa  282  2e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.89 
 
 		 715 aa  265  3e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  38.88 
 
 		 706 aa  259  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  38.29 
 
 		 726 aa  259  2e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.55 
 
 		 768 aa  257  8e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  34.65 
 
 		 762 aa  253  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.73 
 
 		 785 aa  253  2e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.48 
 
 		 738 aa  250  9e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.47 
 
 		 759 aa  249  1e-64  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  35.48 
 
 		 738 aa  250  1e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.59 
 
 		 756 aa  249  2e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.48 
 
 		 757 aa  249  2e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7799  UvrD/REP helicase  34.89 
 
 		 787 aa  249  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  34.47 
 
 		 770 aa  249  3e-64  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.66 
 
 		 729 aa  248  4e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.24 
 
 		 754 aa  247  6.999999999999999e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  39.62 
 
 		 707 aa  247  6.999999999999999e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  35 
 
 		 738 aa  247  8e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.49 
 
 		 725 aa  247  9e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.17 
 
 		 730 aa  246  1.9999999999999999e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.17 
 
 		 730 aa  246  1.9999999999999999e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  39.17 
 
 		 742 aa  245  3e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.98 
 
 		 751 aa  245  3e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.44 
 
 		 751 aa  245  3e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  28.08 
 
 		 687 aa  244  5e-63  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.93 
 
 		 830 aa  244  5e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.33 
 
 		 781 aa  244  9e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.82 
 
 		 747 aa  243  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  33.82 
 
 		 753 aa  243  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  33.82 
 
 		 751 aa  243  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.82 
 
 		 751 aa  243  1e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.82 
 
 		 751 aa  243  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.31 
 
 		 753 aa  243  2e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.58 
 
 		 753 aa  243  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  31.59 
 
 		 735 aa  243  2e-62  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 		 705 aa  243  2e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.67 
 
 		 829 aa  243  2e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.65 
 
 		 732 aa  242  2e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.31 
 
 		 781 aa  242  2.9999999999999997e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.58 
 
 		 751 aa  241  4e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.58 
 
 		 747 aa  241  4e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19150  DNA/RNA helicase, superfamily I  35.76 
 
 		 704 aa  241  6.999999999999999e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0763962 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.62 
 
 		 831 aa  240  1e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.71 
 
 		 864 aa  240  1e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.91 
 
 		 763 aa  239  1e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  27.48 
 
 		 706 aa  240  1e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  30.61 
 
 		 743 aa  239  2e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  37.26 
 
 		 678 aa  239  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.4 
 
 		 838 aa  239  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  28.9 
 
 		 764 aa  239  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.04 
 
 		 737 aa  239  3e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.04 
 
 		 741 aa  238  3e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  35.73 
 
 		 666 aa  238  3e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34 
 
 		 795 aa  238  4e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.94 
 
 		 741 aa  238  4e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  34.41 
 
 		 712 aa  238  6e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 724 aa  238  6e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.84 
 
 		 730 aa  238  6e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  33.01 
 
 		 807 aa  237  1.0000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.73 
 
 		 766 aa  237  1.0000000000000001e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  33.82 
 
 		 726 aa  236  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10120  DNA/RNA helicase, superfamily I  33.65 
 
 		 841 aa  236  2.0000000000000002e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000454031 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  32.4 
 
 		 723 aa  236  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1564  hypothetical protein  35.57 
 
 		 457 aa  235  3e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.39 
 
 		 671 aa  235  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.03 
 
 		 773 aa  235  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.3 
 
 		 748 aa  235  3e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.6 
 
 		 794 aa  235  4.0000000000000004e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.93 
 
 		 1023 aa  235  4.0000000000000004e-60  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3593  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.27 
 
 		 797 aa  235  4.0000000000000004e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.420917  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.37 
 
 		 858 aa  234  6e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0389  UvrD/REP helicase  37.35 
 
 		 759 aa  233  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.335066 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  35.22 
 
 		 779 aa  233  1e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>