49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1328 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2955  hypothetical protein  93.19 
 
 		 411 aa  793    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1328  hypothetical protein  100 
 
 		 411 aa  835    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2545  hypothetical protein  61.18 
 
 		 408 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000698733  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  54.01 
 
 		 1089 aa  433  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  52.93 
 
 		 1032 aa  432  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  50.11 
 
 		 1232 aa  431  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  51.81 
 
 		 1062 aa  416  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  50 
 
 		 1050 aa  410  1e-113  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4539  UvrD/REP helicase  51.33 
 
 		 1067 aa  404  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  50.73 
 
 		 1132 aa  405  1e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  51.23 
 
 		 1156 aa  404  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  51.09 
 
 		 1001 aa  402  1e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  50.72 
 
 		 1033 aa  398  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  50.49 
 
 		 1124 aa  396  1e-109  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7469  ATP-dependent DNA helicase  49.64 
 
 		 428 aa  397  1e-109  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.747593 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0167  UvrD/REP helicase  48.67 
 
 		 1161 aa  394  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3266  DNA helicase II, putative  50.72 
 
 		 1078 aa  389  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0632  hypothetical protein  45.85 
 
 		 414 aa  382  1e-105  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  50.6 
 
 		 1127 aa  378  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3587  UvrD/REP helicase  51.44 
 
 		 446 aa  379  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000249291  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  50.36 
 
 		 1089 aa  379  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  49.64 
 
 		 1075 aa  377  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  49.16 
 
 		 1244 aa  369  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  49.16 
 
 		 1027 aa  365  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  48.79 
 
 		 1082 aa  364  2e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0022  UvrD/REP helicase  46.46 
 
 		 1174 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1268  PHP domain protein  42.54 
 
 		 414 aa  343  2e-93  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.128961  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1564  hypothetical protein  34.14 
 
 		 457 aa  227  2e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1399  PHP-like protein  32.61 
 
 		 409 aa  203  5e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0764  phosphotransferase domain-containing protein  33.9 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.311457  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1296  TPR repeat-containing protein  33.25 
 
 		 373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.51711 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1581  phosphotransferase domain-containing protein  28.57 
 
 		 394 aa  171  2e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.647284  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0852  phosphotransferase domain-containing protein  28.33 
 
 		 394 aa  170  5e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.017726  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0960  PHP domain protein  32.18 
 
 		 372 aa  169  1e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1094  phosphotransferase domain-containing protein  28.1 
 
 		 394 aa  168  2e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0508566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1319  phosphotransferase domain-containing protein  27.91 
 
 		 424 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1107  phosphotransferase domain-containing protein  27.23 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1125  PHP-like  31.33 
 
 		 380 aa  153  4e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.964414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1948  phosphotransferase domain-containing protein  29.68 
 
 		 396 aa  143  7e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06840  conserved hypothetical protein TIGR00375  29.88 
 
 		 392 aa  123  5e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1553  hypothetical protein  27.06 
 
 		 390 aa  122  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0598  hypothetical protein  30.53 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0355  hypothetical protein  26.95 
 
 		 392 aa  121  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2262  hypothetical protein  28.47 
 
 		 387 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1672  hypothetical protein  26.16 
 
 		 397 aa  109  9.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.530783  normal  0.0149602 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0363  hypothetical protein  29.81 
 
 		 396 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1753  hypothetical protein  27.32 
 
 		 386 aa  97.8  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.800597  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1343  PHP domain protein  25.3 
 
 		 381 aa  97.4  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3463  hypothetical protein  32 
 
 		 387 aa  89.7  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0239396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>