More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1079 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  100 
 
 		 333 aa  661    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  81.55 
 
 		 340 aa  531  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  85.94 
 
 		 323 aa  507  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  64.17 
 
 		 332 aa  409  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  61.8 
 
 		 328 aa  408  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  69.23 
 
 		 309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  59.58 
 
 		 334 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  62.8 
 
 		 328 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  68.55 
 
 		 344 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  62.09 
 
 		 342 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  63.07 
 
 		 323 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  59.28 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  61.76 
 
 		 323 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  65.03 
 
 		 317 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  60.78 
 
 		 349 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  62.42 
 
 		 324 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  62.09 
 
 		 324 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  60.57 
 
 		 323 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  63.91 
 
 		 330 aa  371  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  61.29 
 
 		 314 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  59.93 
 
 		 314 aa  371  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  67.83 
 
 		 311 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2463  inner-membrane translocator  61.92 
 
 		 333 aa  365  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.293616  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  62.74 
 
 		 326 aa  364  1e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  55.28 
 
 		 323 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  61.49 
 
 		 324 aa  362  6e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  61.49 
 
 		 324 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  61.49 
 
 		 324 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  61.49 
 
 		 324 aa  362  6e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  61.49 
 
 		 324 aa  362  6e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  61.49 
 
 		 324 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  61.49 
 
 		 324 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  53.87 
 
 		 324 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  61.89 
 
 		 324 aa  360  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  54.49 
 
 		 324 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3117  inner-membrane translocator  59.64 
 
 		 333 aa  360  2e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.848648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  61.26 
 
 		 344 aa  359  3e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  55.56 
 
 		 343 aa  358  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  54.83 
 
 		 322 aa  358  6e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  61.38 
 
 		 331 aa  357  9.999999999999999e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  55.28 
 
 		 323 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  64.29 
 
 		 332 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  58.17 
 
 		 339 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  65.14 
 
 		 330 aa  354  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  64.52 
 
 		 329 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  62.24 
 
 		 332 aa  352  7e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  62.24 
 
 		 332 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  58.53 
 
 		 318 aa  350  3e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  58.68 
 
 		 329 aa  350  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  65.85 
 
 		 332 aa  347  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  61.29 
 
 		 329 aa  345  5e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0087  inner-membrane translocator  61.51 
 
 		 324 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  59.59 
 
 		 313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1676  inner-membrane translocator  56.83 
 
 		 323 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102995  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  59.59 
 
 		 313 aa  336  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0105  inner-membrane translocator  61.56 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2968  inner-membrane translocator  61.56 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0087  inner-membrane translocator  61.56 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410791  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  63.25 
 
 		 328 aa  332  5e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4077  inner-membrane translocator  63.38 
 
 		 335 aa  331  9e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  54.14 
 
 		 656 aa  322  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  56.35 
 
 		 331 aa  319  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  56.35 
 
 		 331 aa  319  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3758  putative branched-chain amino acid transport permease  58.54 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334087  normal  0.241466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3242  inner-membrane translocator  60.78 
 
 		 329 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.194129  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3518  inner-membrane translocator  60.34 
 
 		 332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.507962 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  57.04 
 
 		 311 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  48.26 
 
 		 318 aa  259  6e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  47.88 
 
 		 338 aa  239  6.999999999999999e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  49.67 
 
 		 337 aa  238  8e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  46.96 
 
 		 306 aa  223  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  45.76 
 
 		 342 aa  215  8e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  45.64 
 
 		 337 aa  210  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  45.64 
 
 		 337 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  44.6 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  46.44 
 
 		 337 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  45.42 
 
 		 339 aa  202  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  36.78 
 
 		 358 aa  199  3.9999999999999996e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  39.66 
 
 		 632 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.77 
 
 		 333 aa  192  9e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  41.81 
 
 		 333 aa  189  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  38.54 
 
 		 621 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  38.99 
 
 		 328 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 652 aa  183  3e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 351 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.31 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  41.07 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  38.06 
 
 		 838 aa  173  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  39.13 
 
 		 625 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  35.04 
 
 		 399 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  42.57 
 
 		 304 aa  170  4e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 331 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  40.32 
 
 		 319 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.9 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>