More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3955 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 313 aa  622  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 302 aa  275  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.13 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  162  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.63 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  32.4 
 
 		 297 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 297 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 297 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  32.32 
 
 		 306 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  146  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6428  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.410616 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 364 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  34.83 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.91 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  34.39 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 300 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  29.72 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>