120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0061 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0061  rod shape-determining MRED transmembrane protein  100 
 
 		 170 aa  331  4e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.211296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3365  rod shape-determining protein MreD  95.29 
 
 		 170 aa  321  3e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3688  rod shape-determining protein MreD  94.71 
 
 		 170 aa  320  6e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0053  rod shape-determining protein MreD  77.65 
 
 		 170 aa  266  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00417177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0078  rod shape-determining MreD transmembrane protein  78.24 
 
 		 170 aa  263  8.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4400  rod shape-determining protein MreD  65.88 
 
 		 170 aa  226  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.104844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0324  rod shape-determining protein MreD  65.88 
 
 		 170 aa  226  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0050  rod shape-determining protein MreD  65.29 
 
 		 170 aa  225  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2498  rod shape-determining protein MreD  66.47 
 
 		 170 aa  224  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3167  rod shape-determining protein MreD  65.88 
 
 		 170 aa  224  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00609809  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3112  rod shape-determining protein MreD  66.47 
 
 		 170 aa  224  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.222418  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3128  rod shape-determining protein MreD  66.47 
 
 		 170 aa  224  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3050  rod shape-determining protein MreD  65.88 
 
 		 170 aa  224  6e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6463  rod shape-determining protein MreD  65.88 
 
 		 170 aa  223  8e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3109  rod shape-determining protein MreD  66.47 
 
 		 170 aa  223  8e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0144  rod shape-determining protein MreD  65.88 
 
 		 170 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.825294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0160  rod shape-determining protein MreD  65.29 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.26485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0364  rod shape-determining protein MreD  65.29 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2787  rod shape-determining protein MreD  65.29 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2292  rod shape-determining protein MreD  65.29 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0168  rod shape-determining protein MreD  65.29 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0179  rod shape-determining protein MreD  65.29 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2372  rod shape-determining protein MreD  65.29 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.341743  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0081  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  59.76 
 
 		 173 aa  201  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0285  rod shape-determining protein MreD  54.82 
 
 		 173 aa  184  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0296  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  54.71 
 
 		 172 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0224  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  55.88 
 
 		 172 aa  177  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0502  rod shape-determining protein MreD  60.37 
 
 		 168 aa  171  3.9999999999999995e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00917547 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3921  rod shape-determining protein MreD  50.57 
 
 		 176 aa  170  7.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1608  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  52.94 
 
 		 172 aa  166  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.641663  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1740  rod shape-determining protein MreD  53.29 
 
 		 174 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0175  rod shape-determining protein MreD  51.18 
 
 		 172 aa  161  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2023  rod shape-determining protein MreD  51.5 
 
 		 174 aa  160  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0751594  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0356  rod shape-determining protein MreD  51.18 
 
 		 172 aa  155  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0241  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  52.63 
 
 		 173 aa  150  8e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0235  rod shape-determining protein MreD  52.05 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.230877  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0114  rod shape-determining protein MreD  47.02 
 
 		 173 aa  147  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0238  rod shape-determining protein MreD  44.38 
 
 		 173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0318  rod shape-determining protein MreD  36.69 
 
 		 173 aa  107  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2493  rod shape-determining protein MreD  32.88 
 
 		 159 aa  85.9  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.527003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0171  rod shape-determining protein MreD  42.34 
 
 		 162 aa  81.6  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0840  rod shape-determining protein MreD  35.9 
 
 		 163 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0858  rod shape-determining protein MreD  36.75 
 
 		 162 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.930455 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2726  rod shape-determining protein MreD  29.85 
 
 		 158 aa  70.5  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0795555  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0942  rod shape-determining protein MreD  30.52 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0935  rod shape-determining protein MreD  29.87 
 
 		 163 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0975  rod shape-determining protein MreD  29.87 
 
 		 162 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4280  rod shape-determining protein MreD  31.71 
 
 		 162 aa  67.4  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12670  Rod shape-determining protein, MreD  32.41 
 
 		 159 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58120  rod shape-determining protein MreD  35.04 
 
 		 164 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5093  rod shape-determining protein MreD  35.04 
 
 		 164 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4470  rod shape-determining protein MreD  29.14 
 
 		 163 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4161  rod shape-determining protein MreD  29.14 
 
 		 163 aa  64.3  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0102  rod shape-determining protein MreD  45.9 
 
 		 163 aa  62  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4400  rod shape-determining protein MreD  30.92 
 
 		 162 aa  62  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.035191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0262  hypothetical protein  37.89 
 
 		 166 aa  60.5  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2238  rod shape-determining protein MreD  32.24 
 
 		 159 aa  60.5  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1939  rod shape-determining protein MreD  26.23 
 
 		 157 aa  59.7  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0021147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0560  rod shape-determining protein MreD  30.26 
 
 		 162 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227811  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1007  rod shape-determining protein MreD  35.26 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04260  rod shape-determining protein MreD  32.28 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3190  rod shape-determining protein MreD  27.68 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0548619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0405  rod shape-determining protein MreD  29.61 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0512  rod shape-determining protein MreD  37.11 
 
 		 163 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0670  rod shape-determining protein  34.55 
 
 		 161 aa  55.8  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0272534  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0589  rod shape-determining protein MreD  34.55 
 
 		 161 aa  55.8  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.305731  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3452  rod shape-determining protein MreD  30.25 
 
 		 161 aa  55.1  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.973834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0328  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 		 163 aa  55.1  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0530008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3470  rod shape-determining protein MreD  28.47 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0168845  normal  0.899869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0481  rod shape-determining protein MreD  30.09 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3646  rod shape-determining protein MreD  30.09 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.873858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3820  rod shape-determining protein MreD  28.32 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.182066  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0524  rod shape-determining protein MreD  28.32 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101318  normal  0.818556 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0499  rod shape-determining protein MreD  28.32 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000751772  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0513  rod shape-determining protein  44.44 
 
 		 162 aa  52.8  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134717  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0520  rod shape-determining protein MreD  28.32 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00293581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1646  rod shape-determining protein MreD  44.44 
 
 		 162 aa  52.8  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000897868  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0469  rod shape-determining protein MreD  28.79 
 
 		 162 aa  51.2  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.795079  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4558  rod shape-determining protein MreD  29.58 
 
 		 159 aa  51.2  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4096  rod shape-determining protein MreD  28.32 
 
 		 162 aa  50.8  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0400  rod shape-determining protein MreD  30.57 
 
 		 162 aa  50.8  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.269342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1196  rod shape-determining protein MreD  30.57 
 
 		 162 aa  50.8  0.000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00178529  hitchhiker  0.00199386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0467  rod shape-determining protein MreD  30.57 
 
 		 162 aa  50.8  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00113622  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1125  rod shape-determining protein MreD  24.83 
 
 		 162 aa  50.1  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.424224  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00266  rod shape-determining protein MreD  30.08 
 
 		 152 aa  49.7  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.10714  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1250  rod shape-determining protein MreD  28.35 
 
 		 155 aa  49.7  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0249622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0185  rod shape-determining protein MreD  34.04 
 
 		 158 aa  48.5  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.655202  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1124  rod shape-determining protein MreD  30 
 
 		 133 aa  48.5  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0846  rod shape-determining protein MreD  29.57 
 
 		 159 aa  47.4  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0875  rod shape-determining protein MreD  28.7 
 
 		 159 aa  47  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0576  rod shape-determining protein MreD  29.2 
 
 		 162 aa  47.4  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136941  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4409  rod shape-determining protein MreD  36 
 
 		 162 aa  47  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000516669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0265  rod shape-determining protein MreD  32.38 
 
 		 162 aa  45.8  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3685  rod shape-determining protein MreD  32 
 
 		 162 aa  45.4  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00121025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0254  rod shape-determining protein MreD  32.38 
 
 		 162 aa  45.4  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0028978  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2194  rod shape-determining protein MreD  34.45 
 
 		 158 aa  44.7  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000732465 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2564  rod shape-determining protein MreD, putative  34.45 
 
 		 158 aa  44.7  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3675  rod shape-determining protein MreD  25.71 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0136907  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3332  rod shape-determining protein MreD  28.57 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.390226  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3635  rod shape-determining protein MreD  29.09 
 
 		 163 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148983  hitchhiker  0.00393044 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>