102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_2023 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_2023  rod shape-determining protein MreD  100 
 
 		 174 aa  346  8e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0751594  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1740  rod shape-determining protein MreD  93.1 
 
 		 174 aa  318  3e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0078  rod shape-determining MreD transmembrane protein  52.69 
 
 		 170 aa  169  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3688  rod shape-determining protein MreD  49.1 
 
 		 170 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0053  rod shape-determining protein MreD  49.11 
 
 		 170 aa  162  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00417177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3365  rod shape-determining protein MreD  48.5 
 
 		 170 aa  161  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0061  rod shape-determining MRED transmembrane protein  51.5 
 
 		 170 aa  153  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.211296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3167  rod shape-determining protein MreD  44.12 
 
 		 170 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00609809  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3050  rod shape-determining protein MreD  44.12 
 
 		 170 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6463  rod shape-determining protein MreD  44.12 
 
 		 170 aa  150  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0144  rod shape-determining protein MreD  45.29 
 
 		 170 aa  150  8e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.825294  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4400  rod shape-determining protein MreD  44.91 
 
 		 170 aa  150  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.104844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0081  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  47.65 
 
 		 173 aa  150  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3109  rod shape-determining protein MreD  45.51 
 
 		 170 aa  150  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2498  rod shape-determining protein MreD  44.12 
 
 		 170 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3112  rod shape-determining protein MreD  44.12 
 
 		 170 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.222418  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3128  rod shape-determining protein MreD  44.12 
 
 		 170 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0324  rod shape-determining protein MreD  44.31 
 
 		 170 aa  149  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0364  rod shape-determining protein MreD  44.71 
 
 		 170 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0168  rod shape-determining protein MreD  44.71 
 
 		 170 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0179  rod shape-determining protein MreD  44.71 
 
 		 170 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0050  rod shape-determining protein MreD  44.31 
 
 		 170 aa  148  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0160  rod shape-determining protein MreD  44.71 
 
 		 170 aa  148  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.26485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2787  rod shape-determining protein MreD  44.71 
 
 		 170 aa  148  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2292  rod shape-determining protein MreD  44.71 
 
 		 170 aa  148  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2372  rod shape-determining protein MreD  44.71 
 
 		 170 aa  148  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.341743  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0285  rod shape-determining protein MreD  46.99 
 
 		 173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0296  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  44.25 
 
 		 172 aa  138  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1608  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  45.98 
 
 		 172 aa  137  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.641663  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0224  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  44.25 
 
 		 172 aa  133  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0114  rod shape-determining protein MreD  39.77 
 
 		 173 aa  124  7e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0356  rod shape-determining protein MreD  45.98 
 
 		 172 aa  123  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0235  rod shape-determining protein MreD  45.98 
 
 		 173 aa  123  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.230877  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0241  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  45.98 
 
 		 173 aa  123  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3921  rod shape-determining protein MreD  39.44 
 
 		 176 aa  119  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0175  rod shape-determining protein MreD  39.66 
 
 		 172 aa  118  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0502  rod shape-determining protein MreD  44.58 
 
 		 168 aa  111  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00917547 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0238  rod shape-determining protein MreD  35.29 
 
 		 173 aa  91.3  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0318  rod shape-determining protein MreD  32.08 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0469  rod shape-determining protein MreD  30.72 
 
 		 162 aa  63.5  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.795079  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0328  rod shape-determining protein MreD  30.38 
 
 		 163 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0530008  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4096  rod shape-determining protein MreD  31.16 
 
 		 162 aa  59.7  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2493  rod shape-determining protein MreD  30.08 
 
 		 159 aa  60.1  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.527003  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0102  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0576  rod shape-determining protein MreD  34.51 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136941  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3190  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0548619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3470  rod shape-determining protein MreD  30.33 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0168845  normal  0.899869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0481  rod shape-determining protein MreD  30.09 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3646  rod shape-determining protein MreD  30.97 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.873858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4400  rod shape-determining protein MreD  33.68 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.035191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0405  rod shape-determining protein MreD  34.51 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3820  rod shape-determining protein MreD  30.09 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.182066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0499  rod shape-determining protein MreD  30.09 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000751772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0520  rod shape-determining protein MreD  30.09 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00293581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0524  rod shape-determining protein MreD  30.09 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101318  normal  0.818556 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00266  rod shape-determining protein MreD  28.38 
 
 		 152 aa  53.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.10714  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2726  rod shape-determining protein MreD  26.03 
 
 		 158 aa  52.8  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0795555  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3736  rod shape-determining protein MreD  34.18 
 
 		 163 aa  51.6  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.284622  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58120  rod shape-determining protein MreD  29.93 
 
 		 164 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372841  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4470  rod shape-determining protein MreD  30.25 
 
 		 163 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0975  rod shape-determining protein MreD  29.01 
 
 		 162 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0935  rod shape-determining protein MreD  29.01 
 
 		 163 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4161  rod shape-determining protein MreD  30.25 
 
 		 163 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0560  rod shape-determining protein MreD  29.2 
 
 		 162 aa  51.2  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227811  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4558  rod shape-determining protein MreD  27.84 
 
 		 159 aa  50.8  0.000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0185  rod shape-determining protein MreD  27.7 
 
 		 158 aa  50.8  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.655202  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3752  rod shape-determining protein MreD  32.74 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0156761  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0942  rod shape-determining protein MreD  29.01 
 
 		 162 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0512  rod shape-determining protein MreD  30.85 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12670  Rod shape-determining protein, MreD  30.5 
 
 		 159 aa  50.4  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0840  rod shape-determining protein MreD  29.92 
 
 		 163 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0171  rod shape-determining protein MreD  29.9 
 
 		 162 aa  49.7  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0400  rod shape-determining protein MreD  27.78 
 
 		 162 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.269342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1196  rod shape-determining protein MreD  27.78 
 
 		 162 aa  48.9  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00178529  hitchhiker  0.00199386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0467  rod shape-determining protein MreD  27.78 
 
 		 162 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00113622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4280  rod shape-determining protein MreD  29.03 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1125  rod shape-determining protein MreD  29.5 
 
 		 162 aa  48.5  0.00004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.424224  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0513  rod shape-determining protein  27.83 
 
 		 162 aa  48.9  0.00004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134717  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1646  rod shape-determining protein MreD  27.83 
 
 		 162 aa  48.9  0.00004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000897868  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5093  rod shape-determining protein MreD  30.97 
 
 		 164 aa  48.5  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3332  rod shape-determining protein MreD  31.65 
 
 		 163 aa  47.8  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.390226  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1124  rod shape-determining protein MreD  28.23 
 
 		 133 aa  47.8  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3685  rod shape-determining protein MreD  27.59 
 
 		 162 aa  47.4  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00121025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0858  rod shape-determining protein MreD  29.92 
 
 		 162 aa  47  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.930455 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0254  rod shape-determining protein MreD  28.28 
 
 		 162 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0028978  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1939  rod shape-determining protein MreD  28.89 
 
 		 157 aa  45.8  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0021147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3675  rod shape-determining protein MreD  26.21 
 
 		 162 aa  45.8  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0136907  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0265  rod shape-determining protein MreD  30.97 
 
 		 162 aa  45.8  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0262  hypothetical protein  31.63 
 
 		 166 aa  45.1  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4409  rod shape-determining protein MreD  27.59 
 
 		 162 aa  45.1  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000516669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2238  rod shape-determining protein MreD  28.07 
 
 		 159 aa  44.7  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3635  rod shape-determining protein MreD  27.59 
 
 		 163 aa  44.7  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148983  hitchhiker  0.00393044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3670  rod shape-determining protein MreD  27.59 
 
 		 163 aa  44.7  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.501294  normal  0.526814 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3564  rod shape-determining protein MreD  27.59 
 
 		 163 aa  44.7  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3732  rod shape-determining protein MreD  27.59 
 
 		 163 aa  44.7  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.391337  normal  0.0778624 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2547  rod shape-determining protein MreD  31.58 
 
 		 172 aa  44.3  0.0008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000782724  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3563  rod shape-determining protein MreD  27.59 
 
 		 163 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.003884  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3833  rod shape-determining protein MreD  31.58 
 
 		 162 aa  43.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0335584  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0902  rod shape-determining protein MreD  31.94 
 
 		 172 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04260  rod shape-determining protein MreD  26.83 
 
 		 161 aa  42  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>