102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0285 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0285  rod shape-determining protein MreD  100 
 
 
173 aa  340  8e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0081  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  66.47 
 
 
173 aa  233  8e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0224  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  67.05 
 
 
172 aa  229  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3921  rod shape-determining protein MreD  63.84 
 
 
176 aa  221  6e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0175  rod shape-determining protein MreD  65.9 
 
 
172 aa  218  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1608  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  63.91 
 
 
172 aa  207  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.641663  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0296  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  60.36 
 
 
172 aa  202  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0502  rod shape-determining protein MreD  65.06 
 
 
168 aa  193  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00917547 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0053  rod shape-determining protein MreD  53.89 
 
 
170 aa  192  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00417177  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0078  rod shape-determining MreD transmembrane protein  55.42 
 
 
170 aa  191  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3688  rod shape-determining protein MreD  54.22 
 
 
170 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3365  rod shape-determining protein MreD  54.22 
 
 
170 aa  185  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0050  rod shape-determining protein MreD  51.16 
 
 
170 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6463  rod shape-determining protein MreD  51.16 
 
 
170 aa  179  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0144  rod shape-determining protein MreD  51.74 
 
 
170 aa  179  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.825294  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4400  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  179  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.104844  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0324  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  179  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3167  rod shape-determining protein MreD  51.16 
 
 
170 aa  179  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00609809  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3050  rod shape-determining protein MreD  51.16 
 
 
170 aa  179  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81693  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0160  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.26485  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2498  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3112  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.222418  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2787  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2292  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2372  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.341743  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3109  rod shape-determining protein MreD  51.16 
 
 
170 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3128  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0364  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0168  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  8e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0179  rod shape-determining protein MreD  50.58 
 
 
170 aa  177  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0356  rod shape-determining protein MreD  57.4 
 
 
172 aa  175  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0241  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  58.82 
 
 
173 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0235  rod shape-determining protein MreD  58.24 
 
 
173 aa  171  5e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.230877  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0061  rod shape-determining MRED transmembrane protein  54.82 
 
 
170 aa  168  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.211296  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0114  rod shape-determining protein MreD  42.26 
 
 
173 aa  141  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1740  rod shape-determining protein MreD  47.59 
 
 
174 aa  139  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2023  rod shape-determining protein MreD  46.99 
 
 
174 aa  137  6e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0751594  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0238  rod shape-determining protein MreD  45.51 
 
 
173 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0318  rod shape-determining protein MreD  36.42 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2493  rod shape-determining protein MreD  34.81 
 
 
159 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.527003  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0935  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 
163 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0975  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 
162 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12670  Rod shape-determining protein, MreD  33.11 
 
 
159 aa  75.9  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0942  rod shape-determining protein MreD  32.59 
 
 
162 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4280  rod shape-determining protein MreD  32.59 
 
 
162 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163862  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0171  rod shape-determining protein MreD  35.97 
 
 
162 aa  72.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58120  rod shape-determining protein MreD  32.45 
 
 
164 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372841  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0840  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 
163 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552289  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2238  rod shape-determining protein MreD  34.81 
 
 
159 aa  67  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2726  rod shape-determining protein MreD  31.62 
 
 
158 aa  67.4  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0795555  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0858  rod shape-determining protein MreD  31.54 
 
 
162 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.930455 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5093  rod shape-determining protein MreD  33.08 
 
 
164 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0328  rod shape-determining protein MreD  36.43 
 
 
163 aa  63.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0530008  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1939  rod shape-determining protein MreD  27.21 
 
 
157 aa  62.4  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0021147  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0102  rod shape-determining protein MreD  35.23 
 
 
163 aa  62  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4470  rod shape-determining protein MreD  28.89 
 
 
163 aa  62  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4161  rod shape-determining protein MreD  29.1 
 
 
163 aa  62  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04260  rod shape-determining protein MreD  29.32 
 
 
161 aa  60.8  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3190  rod shape-determining protein MreD  28.99 
 
 
162 aa  60.1  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0548619  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0513  rod shape-determining protein  38.67 
 
 
162 aa  59.7  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134717  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1646  rod shape-determining protein MreD  38.67 
 
 
162 aa  59.7  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000897868  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4400  rod shape-determining protein MreD  31.85 
 
 
162 aa  58.2  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.035191  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3452  rod shape-determining protein MreD  30.25 
 
 
161 aa  57  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.973834  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0262  hypothetical protein  40 
 
 
166 aa  55.8  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0560  rod shape-determining protein MreD  32.08 
 
 
162 aa  55.1  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227811  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0670  rod shape-determining protein  30.56 
 
 
161 aa  55.1  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0272534  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0589  rod shape-determining protein MreD  30.56 
 
 
161 aa  55.1  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.305731  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4096  rod shape-determining protein MreD  31.9 
 
 
162 aa  54.7  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3646  rod shape-determining protein MreD  31.36 
 
 
162 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.873858  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0576  rod shape-determining protein MreD  32.41 
 
 
162 aa  53.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136941  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0512  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 
163 aa  53.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0481  rod shape-determining protein MreD  30.51 
 
 
162 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3470  rod shape-determining protein MreD  30.17 
 
 
162 aa  52  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0168845  normal  0.899869 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00266  rod shape-determining protein MreD  26.39 
 
 
152 aa  51.6  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.10714  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0405  rod shape-determining protein MreD  31.43 
 
 
162 aa  51.2  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0933678  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0469  rod shape-determining protein MreD  26.49 
 
 
162 aa  48.9  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.795079  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3820  rod shape-determining protein MreD  27.36 
 
 
162 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.182066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0499  rod shape-determining protein MreD  27.36 
 
 
162 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000751772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0520  rod shape-determining protein MreD  27.36 
 
 
162 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00293581  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0524  rod shape-determining protein MreD  27.36 
 
 
162 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101318  normal  0.818556 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0400  rod shape-determining protein MreD  32 
 
 
162 aa  48.9  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.269342  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3752  rod shape-determining protein MreD  31.62 
 
 
162 aa  48.5  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0156761  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1196  rod shape-determining protein MreD  32 
 
 
162 aa  48.9  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00178529  hitchhiker  0.00199386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0467  rod shape-determining protein MreD  32 
 
 
162 aa  48.9  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00113622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0185  rod shape-determining protein MreD  30.1 
 
 
158 aa  48.1  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.655202  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1414  rod shape-determining protein MreD  29.85 
 
 
171 aa  47.4  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0674069  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4409  rod shape-determining protein MreD  36 
 
 
162 aa  47  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000516669  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1007  rod shape-determining protein MreD  31.94 
 
 
163 aa  45.8  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0265  rod shape-determining protein MreD  28.06 
 
 
162 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1124  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 
133 aa  45.1  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0254  rod shape-determining protein MreD  27.34 
 
 
162 aa  44.7  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0028978  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3332  rod shape-determining protein MreD  24.17 
 
 
163 aa  43.9  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.390226  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3736  rod shape-determining protein MreD  24.06 
 
 
163 aa  43.9  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.284622  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1125  rod shape-determining protein MreD  27.64 
 
 
162 aa  43.5  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.424224  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3685  rod shape-determining protein MreD  32.5 
 
 
162 aa  42.4  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00121025  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1632  hypothetical protein  24.62 
 
 
167 aa  42  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0596181  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4558  rod shape-determining protein MreD  27.66 
 
 
159 aa  41.2  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3563  rod shape-determining protein MreD  30.67 
 
 
163 aa  41.2  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.003884  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3635  rod shape-determining protein MreD  30.67 
 
 
163 aa  40.8  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148983  hitchhiker  0.00393044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3670  rod shape-determining protein MreD  30.67 
 
 
163 aa  40.8  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.501294  normal  0.526814 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>