247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0890 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0890  beta-lactamase-like  100 
 
 
317 aa  653  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.434485  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5154  beta-lactamase domain protein  88.96 
 
 
317 aa  601  1e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692962  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0906  Beta-lactamase-like  90.51 
 
 
316 aa  602  1e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1017  beta-lactamase-like  89.24 
 
 
316 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0565  putative metallo-beta-lactamase family protein  88.92 
 
 
318 aa  592  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.612107  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0922  beta-lactamase-like  84.81 
 
 
318 aa  568  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2623  beta-lactamase-like  61.27 
 
 
316 aa  405  1e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.533019 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1435  beta-lactamase-like  61.08 
 
 
316 aa  402  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.388274  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0849  beta-lactamase domain protein  59.56 
 
 
321 aa  401  1e-110  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185105  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4217  Beta-lactamase-like  59.12 
 
 
319 aa  400  1e-110  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01746  hypothetical protein  57.37 
 
 
319 aa  399  1e-110  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3814  beta-lactamase domain-containing protein  60.44 
 
 
316 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.360876  normal  0.263273 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0338  beta-lactamase-like protein  57.55 
 
 
319 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.549324 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4051  beta-lactamase domain-containing protein  57.37 
 
 
319 aa  391  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  2.19811e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4660  beta-lactamase domain protein  57.68 
 
 
319 aa  384  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413221  normal  0.152436 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4528  beta-lactamase domain protein  57.68 
 
 
319 aa  384  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256187  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1711  Beta-lactamase-like  55.35 
 
 
319 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4303  beta-lactamase domain-containing protein  55.66 
 
 
319 aa  381  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491104 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0427  hypothetical protein  56.43 
 
 
319 aa  382  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.73109e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4197  beta-lactamase domain-containing protein  55.03 
 
 
339 aa  378  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.216632  normal  0.10176 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7214  beta-lactamase domain protein  55.8 
 
 
319 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223112  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05663  hypothetical protein  57.37 
 
 
335 aa  378  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1394  metallo-beta-lactamase family protein  55.73 
 
 
318 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4063  beta-lactamase-like  54.72 
 
 
319 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.528155  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4303  beta-lactamase domain-containing protein  54.72 
 
 
336 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.71602  normal  0.690743 
 
 
-
 
NC_003296  RS04774  hypothetical protein  57.37 
 
 
335 aa  378  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3215  beta-lactamase domain-containing protein  54.72 
 
 
319 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.906038  normal  0.814855 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1197  beta-lactamase domain protein  55.84 
 
 
317 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3721  beta-lactamase domain-containing protein  55.03 
 
 
339 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4534  beta-lactamase-like  52.7 
 
 
319 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  1.47099e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4299  beta-lactamase domain-containing protein  54.11 
 
 
321 aa  368  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0292  beta-lactamase domain protein  54.43 
 
 
319 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0580  beta-lactamase domain-containing protein  54.86 
 
 
321 aa  371  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2684  metallo-beta-lactamase family protein  54.78 
 
 
318 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3232  metallo-beta-lactamase family protein  54.78 
 
 
318 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3178  metallo-beta-lactamase family protein  54.78 
 
 
318 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1925  metallo-beta-lactamase family protein  54.78 
 
 
318 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0966006  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2060  metallo-beta-lactamase family protein  54.78 
 
 
318 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0852  metallo-beta-lactamase family protein  54.78 
 
 
318 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3217  metallo-beta-lactamase family protein  54.78 
 
 
318 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4551  beta-lactamase domain-containing protein  52.98 
 
 
332 aa  364  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0666  beta-lactamase-like  54.71 
 
 
329 aa  361  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257894  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1920  beta-lactamase domain protein  50.94 
 
 
320 aa  328  1e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.274405  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5107  beta-lactamase domain protein  48.41 
 
 
321 aa  320  2e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.065858  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0775  beta-lactamase domain-containing protein  50.47 
 
 
319 aa  319  5e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.366597  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18970  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase  48.9 
 
 
319 aa  317  2e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0850103  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1866  beta-lactamase domain protein  49.06 
 
 
320 aa  308  6e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.914687  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3778  beta-lactamase domain-containing protein  46.23 
 
 
319 aa  307  1e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00616764 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0813  beta-lactamase domain protein  46.23 
 
 
322 aa  283  2e-75  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1300  beta-lactamase domain-containing protein  50.79 
 
 
264 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.862456  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0543  beta-lactamase domain protein  30.86 
 
 
305 aa  110  4e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0255834  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2257  metallo-beta-lactamase family protein  29.24 
 
 
323 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.36851 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1597  beta-lactamase domain protein  30.51 
 
 
318 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.789295  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3516  beta-lactamase domain-containing protein  27.35 
 
 
299 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0323096  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3770  beta-lactamase domain-containing protein  28.64 
 
 
312 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1512  Beta-lactamase-like  25.19 
 
 
298 aa  100  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  1.1498e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1673  beta-lactamase domain protein  30.51 
 
 
318 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0150  beta-lactamase domain-containing protein  28.93 
 
 
332 aa  99  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2278  Beta-lactamase-like  30.51 
 
 
318 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3167  beta-lactamase domain protein  25.68 
 
 
302 aa  97.4  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0505  beta-lactamase domain protein  21.29 
 
 
310 aa  95.9  7e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1041  beta lactamase precursor  29.38 
 
 
318 aa  95.9  9e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215964  normal  0.327704 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2427  beta lactamase precursor  26.67 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.662224  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0582  beta-lactamase domain protein  25.77 
 
 
321 aa  92.8  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3350  metallo-beta-lactamase family protein  23.95 
 
 
342 aa  92.8  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1656  Rhodanese domain protein  24.63 
 
 
438 aa  92.4  8e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.613289  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2765  beta-lactamase domain protein  26.9 
 
 
304 aa  91.7  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00567584  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1819  metallo-beta-lactamase family protein  27.2 
 
 
333 aa  90.5  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3400  beta-lactamase domain-containing protein  24.53 
 
 
292 aa  89  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.386e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0069  beta-lactamase-like  24.18 
 
 
362 aa  88.6  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0326  beta-lactamase domain protein  23.63 
 
 
308 aa  85.1  1e-15  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.315816  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0353  beta-lactamase-like  25.76 
 
 
309 aa  84  3e-15  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.586247  normal  0.377188 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1667  metallo-beta-lactamase family protein  23.39 
 
 
300 aa  84  3e-15  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1904  metallo-beta-lactamase family protein  25.26 
 
 
300 aa  84.3  3e-15  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0809  beta-lactamase domain-containing protein  26.55 
 
 
318 aa  83.2  5e-15  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.951581  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2678  beta-lactamase domain protein  26.85 
 
 
307 aa  82.8  6e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304007  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1709  beta-lactamase-like  25 
 
 
353 aa  82.8  7e-15  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.587452  normal  0.0977193 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3085  beta-lactamase domain-containing protein  26.85 
 
 
307 aa  82.4  9e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4537  beta-lactamase domain protein  29.91 
 
 
314 aa  80.9  3e-14  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.630097  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9074  2-keto-4-pentenoate hydratase/2-oxohepta-3-ene-1 7-dioic acid hydratase (catechol pathway)-like protein  26.5 
 
 
637 aa  80.1  4e-14  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1700  Beta-lactamase-like  24.09 
 
 
382 aa  80.1  4e-14  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1030  beta-lactamase domain protein  25.66 
 
 
312 aa  80.1  4e-14  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.932178  normal  0.324338 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1231  beta-lactamase domain protein  27 
 
 
318 aa  77.8  2e-13  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0606732 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2733  beta-lactamase domain-containing protein  25.87 
 
 
325 aa  78.2  2e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4097  beta-lactamase-like  25.28 
 
 
310 aa  78.2  2e-13  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4662  beta-lactamase domain protein  27.17 
 
 
313 aa  77.4  3e-13  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3125  beta-lactamase domain-containing protein  26.07 
 
 
313 aa  77  4e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265077  normal  0.697397 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2363  beta-lactamase domain-containing protein  26.25 
 
 
351 aa  76.6  5e-13  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7059  beta-lactamase domain protein  27.64 
 
 
295 aa  76.6  5e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3948  beta-lactamase domain-containing protein  24.66 
 
 
352 aa  75.9  8e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.288018  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1902  beta-lactamase domain-containing protein  29.82 
 
 
287 aa  75.1  1e-12  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.392348  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1961  beta-lactamase domain-containing protein  25.68 
 
 
309 aa  75.1  1e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.141309  normal  0.452196 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1299  beta-lactamase-like protein  61.22 
 
 
49 aa  74.7  2e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.714571  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1240  beta-lactamase domain protein  24.67 
 
 
313 aa  73.6  4e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0886366 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1269  beta-lactamase domain-containing protein  25.97 
 
 
331 aa  73.9  4e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0153941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1577  beta-lactamase domain protein  28.28 
 
 
272 aa  73.2  5e-12  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2355  beta-lactamase domain protein  24.18 
 
 
444 aa  73.6  5e-12  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2714  metallo-beta-lactamase family protein  23.37 
 
 
325 aa  72  1e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1880  Beta-lactamase-like  22.99 
 
 
367 aa  72  1e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  3.60179e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3186  beta-lactamase domain-containing protein  28.37 
 
 
271 aa  72.4  1e-11  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>