More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0001 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  86.95 
 
 
475 aa  837  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  88.16 
 
 
472 aa  850  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  87.37 
 
 
475 aa  853  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  88.03 
 
 
475 aa  840  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  89.64 
 
 
472 aa  856  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
473 aa  963  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  88.58 
 
 
472 aa  849  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  61.01 
 
 
498 aa  573  1e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  60.54 
 
 
501 aa  565  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  59.92 
 
 
510 aa  562  1e-159  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  2.44231e-08  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  59.34 
 
 
501 aa  557  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  59.24 
 
 
506 aa  555  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  59.34 
 
 
501 aa  557  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  61.86 
 
 
494 aa  552  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  62.45 
 
 
499 aa  551  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  57.52 
 
 
506 aa  550  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  1.43408e-08 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  51.36 
 
 
479 aa  470  1e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  52.3 
 
 
516 aa  459  1e-128  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  51.88 
 
 
516 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  52.62 
 
 
481 aa  455  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  1.32312e-05 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  50.73 
 
 
524 aa  448  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  51.75 
 
 
520 aa  449  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  2.73847e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  50 
 
 
496 aa  444  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  8.69739e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  49.8 
 
 
496 aa  445  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  49.58 
 
 
519 aa  433  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  1.18183e-08  unclonable  1.22456e-24 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  49.36 
 
 
524 aa  431  1e-119  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  5.04678e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  46.27 
 
 
482 aa  406  1e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  44.66 
 
 
448 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  44.11 
 
 
452 aa  393  1e-108  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  46.3 
 
 
477 aa  394  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  43.68 
 
 
464 aa  389  1e-107  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  42.31 
 
 
460 aa  388  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  43.38 
 
 
509 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  42.14 
 
 
470 aa  381  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  43.16 
 
 
460 aa  381  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  44.83 
 
 
461 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  6.03983e-07 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  41.63 
 
 
475 aa  366  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  44.18 
 
 
455 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  44.18 
 
 
455 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  41.74 
 
 
477 aa  357  3e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.49 
 
 
482 aa  347  4e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  4.60391e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.95 
 
 
474 aa  346  6e-94  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  41.49 
 
 
498 aa  316  6e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  36.21 
 
 
446 aa  309  8e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  36.21 
 
 
446 aa  308  1e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  36.21 
 
 
446 aa  308  2e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  36.21 
 
 
446 aa  308  2e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.44098e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  36.21 
 
 
446 aa  308  2e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  4.25777e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  36.21 
 
 
446 aa  308  2e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.63866e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  40.76 
 
 
487 aa  308  2e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  36.21 
 
 
446 aa  308  2e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  4.59109e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  36 
 
 
446 aa  306  4e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  36 
 
 
446 aa  306  4e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.84902e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  35.01 
 
 
446 aa  303  3e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.25337e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.94 
 
 
454 aa  302  1e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  34.87 
 
 
450 aa  301  2e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  4.47845e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  35.06 
 
 
450 aa  300  4e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  36.21 
 
 
446 aa  300  5e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  35.32 
 
 
436 aa  298  1e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.42 
 
 
453 aa  293  3e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  2.08022e-10  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  37.29 
 
 
452 aa  292  1e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  37.29 
 
 
452 aa  292  1e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  37.74 
 
 
451 aa  291  1e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  7.64641e-07  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  36.38 
 
 
452 aa  291  2e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  34.89 
 
 
451 aa  291  2e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  35.76 
 
 
459 aa  290  4e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  3.86226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.04 
 
 
469 aa  289  9e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  34.88 
 
 
453 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  7.95473e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  34.88 
 
 
453 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  38.72 
 
 
455 aa  288  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
462 aa  285  1e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.11976e-10  n/a   
 
 
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  35.04 
 
 
441 aa  285  1e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0001  chromosomal replication initiation protein  36.69 
 
 
472 aa  284  2e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  3.68077e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  33.97 
 
 
457 aa  284  2e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  5.97417e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  33.76 
 
 
457 aa  285  2e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  35.52 
 
 
462 aa  283  3e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.57358e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  34.41 
 
 
440 aa  283  3e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  1.18947e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  35.52 
 
 
462 aa  283  3e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  5.62887e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  35.52 
 
 
462 aa  283  3e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.98931e-09  unclonable  3.43779e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  35.52 
 
 
462 aa  283  3e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.57699e-06  unclonable  1.21376e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  35.16 
 
 
460 aa  283  4e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.24276e-06  unclonable  1.76e-05 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.93 
 
 
463 aa  283  4e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  35.16 
 
 
460 aa  283  4e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81375e-07  unclonable  6.00935e-11 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  35.65 
 
 
461 aa  283  4e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.63579e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  33.05 
 
 
449 aa  283  5e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  35.36 
 
 
460 aa  283  5e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 
451 aa  283  7e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  1.23931e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 
451 aa  283  7e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  35.36 
 
 
460 aa  282  9e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  34.26 
 
 
443 aa  281  2e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  35.38 
 
 
461 aa  281  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.1e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.31 
 
 
464 aa  280  3e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  36.99 
 
 
449 aa  279  7e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  35.4 
 
 
495 aa  279  9e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  35.27 
 
 
459 aa  278  1e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  7.81636e-06  unclonable  3.44978e-06 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.89 
 
 
449 aa  278  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.41272e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.92 
 
 
446 aa  278  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  2.08181e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.38 
 
 
483 aa  279  1e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.28329e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  35.89 
 
 
462 aa  277  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.81438e-07  unclonable  1.18337e-08 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  35.4 
 
 
463 aa  277  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.17775e-05  normal  0.251102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>