138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0063 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0063  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  100 
 
 
441 aa  917  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0126  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  97.05 
 
 
441 aa  894  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0229  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  80.77 
 
 
444 aa  761  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.141477  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0578  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  91.57 
 
 
442 aa  846  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.124675  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0356  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  89.02 
 
 
442 aa  804  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0130  polyhydroxyalkanoate depolymerase  81.67 
 
 
444 aa  771  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232557  normal  0.295515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7656  putative intracellular PHB depolymerase  82.88 
 
 
413 aa  718  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.17009  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0304  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  66.74 
 
 
473 aa  628  1e-179  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0456984 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3233  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  67.64 
 
 
424 aa  579  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1836  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  66 
 
 
422 aa  568  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.176989  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4888  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  66 
 
 
424 aa  565  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.995024  normal  0.020248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0685  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  67.25 
 
 
410 aa  566  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0016  intracellular PHB depolymerase  64.71 
 
 
431 aa  555  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0012  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  64.39 
 
 
412 aa  547  1e-154  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.814207  hitchhiker  0.000215226 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3950  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  64.63 
 
 
425 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0878456  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4277  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  63.9 
 
 
425 aa  538  1e-152  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0323  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  62.41 
 
 
427 aa  533  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0033027 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4365  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  59.52 
 
 
425 aa  526  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0569  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  61.22 
 
 
414 aa  522  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120563  normal  0.13441 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0594  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  61.79 
 
 
414 aa  520  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.470124  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0605  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  61.79 
 
 
414 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.302778  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1875  hypothetical protein  58.98 
 
 
430 aa  509  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  3.04391e-12  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4709  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  60.15 
 
 
446 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3323  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  57.24 
 
 
427 aa  505  1e-142  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.343449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0752  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  58.71 
 
 
446 aa  504  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2866  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  56.22 
 
 
420 aa  491  1e-138  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00128937  normal  0.272145 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2410  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  57.42 
 
 
416 aa  485  1e-136  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.428989 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1063  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  58.58 
 
 
430 aa  487  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4575  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  57.25 
 
 
454 aa  483  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0345994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4205  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  56.76 
 
 
454 aa  479  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.619695  normal  0.249841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4722  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  56.76 
 
 
460 aa  477  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0138565 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4653  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  55.15 
 
 
418 aa  467  1e-130  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.35575  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3356  polyhydroxyalkanoate depolymerase  52.4 
 
 
418 aa  451  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.407835  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0645  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  48.76 
 
 
406 aa  412  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.287948  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01811  PHB depolymerase  49.63 
 
 
447 aa  407  1e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.146201  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1886  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  48.8 
 
 
435 aa  402  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2063  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  48.8 
 
 
435 aa  401  1e-110  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.247321 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2094  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.73 
 
 
426 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0897664 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2488  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.89 
 
 
475 aa  398  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.89917  normal  0.104373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2974  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.07 
 
 
413 aa  394  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1246  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  48.29 
 
 
435 aa  394  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.292614  normal  0.146048 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1984  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  50.25 
 
 
406 aa  394  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.309579 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0939  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.7 
 
 
423 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0791917 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1497  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.8 
 
 
429 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0465  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.47 
 
 
426 aa  385  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0188945  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0953  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.43 
 
 
498 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.268615  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1839  intracellular polyhydroxyalkanoate depolymerase  47.86 
 
 
429 aa  386  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0639707 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1008  poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] depolymerase protein  46.9 
 
 
422 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0708481  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0874  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.7 
 
 
423 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.275188 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2136  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.81 
 
 
405 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0973  intracellular PHB depolymerase  45.73 
 
 
489 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3620  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.91 
 
 
457 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0440063  normal  0.0507451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1238  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.1 
 
 
425 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.216045  normal  0.981991 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1049  polyhydroxyalkanoate depolymerase  46.7 
 
 
413 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2138  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.67 
 
 
471 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.621716  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4090  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.81 
 
 
405 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.102252  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2347  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.94 
 
 
496 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0907841 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2173  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47 
 
 
489 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.83307  normal  0.399177 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3308  polyhydroxyalkanoate depolymerase  45.61 
 
 
425 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2340  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.41 
 
 
465 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.110215  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1712  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.94 
 
 
496 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.251069  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5666  polyhydroxyalkanoate depolymerase  46.45 
 
 
491 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2324  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.94 
 
 
496 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2243  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.19 
 
 
493 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.900848 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2363  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.19 
 
 
493 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.664586  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0272  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.37 
 
 
537 aa  381  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0308  intracellular poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] (PHB) depolymerase  45.89 
 
 
488 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.209918  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1339  intracellular PHB depolymerase  45.89 
 
 
488 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1928  intracellular PHB depolymerase  45.89 
 
 
488 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.216313  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1017  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.48 
 
 
414 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0679448  normal  0.514648 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1178  intracellular poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] (PHB) depolymerase  45.89 
 
 
488 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1186  intracellular poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] (PHB) depolymerase  45.65 
 
 
488 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1025  intracellular poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] (PHB) depolymerase  45.89 
 
 
488 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.610303  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2756  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.04 
 
 
409 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.40043  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0840  intracellular PHB depolymerase  45.89 
 
 
488 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6279  hypothetical protein  45.79 
 
 
406 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3182  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.76 
 
 
421 aa  371  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2759  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.08 
 
 
405 aa  371  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3731  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  50.95 
 
 
451 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.561013  normal  0.0436616 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1565  hypothetical protein  49.04 
 
 
406 aa  370  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.185575  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4633  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  50.95 
 
 
451 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3790  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  50.68 
 
 
451 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal  0.0255913 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2941  polyhydroxyalkanoate depolymerase  49.48 
 
 
492 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2375  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.35 
 
 
577 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4313  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  48.81 
 
 
476 aa  365  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77179  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1960  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.75 
 
 
405 aa  364  2e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6896  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  49.08 
 
 
504 aa  364  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.426668 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3776  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.36 
 
 
404 aa  362  5e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0649961  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4070  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.36 
 
 
404 aa  362  5e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4032  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  48.32 
 
 
357 aa  362  7e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4214  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  49.87 
 
 
419 aa  361  2e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.013947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1683  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.1 
 
 
405 aa  357  2e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3613  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  49.86 
 
 
445 aa  352  8e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.811214  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2955  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.66 
 
 
402 aa  351  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.141224  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3745  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.12 
 
 
414 aa  350  3e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2365  polyhydroxyalkanoate depolymerase  49.32 
 
 
451 aa  348  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.315244  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1489  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  48.15 
 
 
404 aa  345  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0762  polyhydroxyalkanoate depolymerase  48.76 
 
 
407 aa  343  4e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2701  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.55 
 
 
410 aa  339  5e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.986005  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0623  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.32 
 
 
404 aa  339  5e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00770897 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>