More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2440 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_34420  putative binding protein component of ABC maltose/mannitol transporter  74.4 
 
 
436 aa  652  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000870468  normal  0.425479 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  73.8 
 
 
436 aa  662  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  79.32 
 
 
436 aa  721  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  72.44 
 
 
436 aa  667  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  69.7 
 
 
438 aa  642  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
440 aa  905  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  68.65 
 
 
438 aa  642  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  94.32 
 
 
440 aa  855  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2925  putative maltose/mannitol ABC transporter binding protein subunit  71.98 
 
 
436 aa  644  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.732093  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  63.59 
 
 
438 aa  589  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  62.19 
 
 
439 aa  574  1e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  60.32 
 
 
436 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  59.86 
 
 
436 aa  557  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  59 
 
 
441 aa  551  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  61.35 
 
 
454 aa  549  1e-155  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  60.32 
 
 
443 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  61.84 
 
 
437 aa  542  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  59.02 
 
 
436 aa  544  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  59.32 
 
 
440 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  2.41977e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  58.69 
 
 
447 aa  540  1e-152  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  58.64 
 
 
440 aa  540  1e-152  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  60.77 
 
 
440 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  58.35 
 
 
437 aa  531  1e-150  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  59.35 
 
 
434 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  57.94 
 
 
435 aa  524  1e-147  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  56.45 
 
 
436 aa  524  1e-147  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  58.14 
 
 
436 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  57.44 
 
 
436 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  57.44 
 
 
436 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  57.21 
 
 
437 aa  520  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  57.08 
 
 
436 aa  514  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  58.29 
 
 
435 aa  513  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  55.13 
 
 
439 aa  511  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  59.51 
 
 
441 aa  512  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  59.18 
 
 
440 aa  512  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  58.45 
 
 
441 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  58.45 
 
 
441 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  58.35 
 
 
442 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  58.35 
 
 
442 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.35 
 
 
442 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  56.74 
 
 
435 aa  511  1e-143  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  58.45 
 
 
441 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  59.02 
 
 
441 aa  509  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.35 
 
 
442 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.35 
 
 
442 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.35 
 
 
442 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.35 
 
 
442 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  58.21 
 
 
441 aa  507  1e-142  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  58.21 
 
 
441 aa  507  1e-142  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  56.39 
 
 
453 aa  507  1e-142  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  61.34 
 
 
439 aa  507  1e-142  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  55.86 
 
 
435 aa  508  1e-142  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  58.39 
 
 
441 aa  503  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  54.65 
 
 
434 aa  501  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  55.29 
 
 
443 aa  495  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  54.94 
 
 
436 aa  489  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3415  extracellular solute-binding protein  53.18 
 
 
438 aa  485  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.136491  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  55.76 
 
 
447 aa  481  1e-135  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  56.31 
 
 
436 aa  477  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  53.13 
 
 
435 aa  470  1e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  50.23 
 
 
435 aa  452  1e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  49.66 
 
 
439 aa  446  1e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  45.95 
 
 
455 aa  362  5e-99  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  46.21 
 
 
455 aa  360  2e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  46.21 
 
 
455 aa  360  2e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  39.3 
 
 
452 aa  338  1e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  38.48 
 
 
450 aa  295  8e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  38.27 
 
 
478 aa  288  1e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  38.86 
 
 
447 aa  288  1e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  37.37 
 
 
675 aa  283  5e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  38.42 
 
 
468 aa  283  5e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  28.17 
 
 
422 aa  135  2e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  28.17 
 
 
422 aa  135  2e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 
422 aa  134  2e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
428 aa  127  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
397 aa  123  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 
443 aa  110  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
444 aa  108  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 
444 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 
449 aa  102  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.01 
 
 
423 aa  101  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  27.78 
 
 
439 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.13 
 
 
421 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  25.83 
 
 
426 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.83 
 
 
426 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.83 
 
 
426 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.83 
 
 
426 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.83 
 
 
426 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.83 
 
 
426 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.28 
 
 
399 aa  97.1  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03700  carbohydrate-binding protein  26.77 
 
 
464 aa  97.1  6e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.720711 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 
432 aa  92.8  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  24.75 
 
 
495 aa  92.4  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
423 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 
421 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 
421 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 
421 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 
457 aa  89  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 
443 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 
443 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>