More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3954 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1760  ABC transporter ATP-binding protein  99.84 
 
 		 610 aa  1227    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1736  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  81.4 
 
 		 608 aa  942    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609322  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3656  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  82.81 
 
 		 608 aa  982    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0881594  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2816  ABC transporter ATPase  59.16 
 
 		 588 aa  641    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.372787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1695  ABC transporter related  84.41 
 
 		 593 aa  945    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.155149 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4088  ABC transporter-like  85.22 
 
 		 605 aa  995    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34840  ABC transporter, ATP-binding protein  82.43 
 
 		 595 aa  920    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1367  ABC transporter related  95.25 
 
 		 610 aa  1121    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.186709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3954  ABC transporter related  100 
 
 		 610 aa  1229    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00633219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53150  ATP-binding/permease fusion ABC transporter  82.91 
 
 		 596 aa  932    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1351  ABC transporter related  98.03 
 
 		 610 aa  1204    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4659  ATP-binding/permease fusion ABC transporter  82.57 
 
 		 596 aa  928    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265445  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1107  ABC transporter, ATP-binding protein  53.99 
 
 		 610 aa  619  1e-176  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586381  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1541  ABC transporter ATP-binding protein  53.4 
 
 		 597 aa  621  1e-176  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02349  ABC transporter, ATP-binding protein  51.56 
 
 		 598 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0721  ABC transporter related  49.83 
 
 		 621 aa  594  1e-168  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.787703  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003428  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease component  51 
 
 		 554 aa  575  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000488495  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0885  ABC transporter related protein  41.65 
 
 		 590 aa  477  1e-133  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0069  ABC transporter-related protein  37.22 
 
 		 589 aa  424  1e-117  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.590448  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2197  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components  31.02 
 
 		 627 aa  265  2e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.53 
 
 		 583 aa  263  6e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  30.38 
 
 		 627 aa  260  5.0000000000000005e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0985  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  30.16 
 
 		 596 aa  260  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.426098  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4828  ABC transporter related  29.89 
 
 		 626 aa  259  7e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.509818  normal  0.396949 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3334  ABC transporter related  32.1 
 
 		 584 aa  259  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3583  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1896  ABC transporter related  31.75 
 
 		 572 aa  258  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.332587  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4446  ABC transporter related  30.08 
 
 		 627 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.405491  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4533  ABC transporter related  30.08 
 
 		 627 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.450664  normal  0.615478 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1045  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  30.44 
 
 		 596 aa  258  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.378722  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  30.8 
 
 		 587 aa  258  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0823  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  30.44 
 
 		 596 aa  258  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  30.88 
 
 		 598 aa  256  7e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5007  ABC transporter-related protein  30.41 
 
 		 663 aa  256  9e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.964249  normal  0.607617 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1958  ABC transporter-like protein  30.19 
 
 		 636 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169751 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1198  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  30.34 
 
 		 575 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5343  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.12 
 
 		 571 aa  254  3e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1357  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  30.34 
 
 		 575 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0328  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  30.34 
 
 		 575 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1912  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.69 
 
 		 574 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0734969  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5298  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.95 
 
 		 571 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1207  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  29.69 
 
 		 574 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4860  multidrug resistance ABC transporter, ATP-binding and permease  28.95 
 
 		 571 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.201042  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5268  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.95 
 
 		 571 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4875  multidrug resistance ABC transporter, ATP-binding and permease  28.95 
 
 		 571 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259113  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4974  ABC transporter related  28.95 
 
 		 571 aa  254  5.000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2189  ABC transporter related protein  31.27 
 
 		 572 aa  254  5.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.480877  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2077  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.28 
 
 		 597 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0851764  normal  0.0377374 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5658  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.95 
 
 		 571 aa  254  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0981  ABC transporter related  30.54 
 
 		 576 aa  253  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0203  ABC transporter related  27.76 
 
 		 628 aa  253  9.000000000000001e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000017604  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1690  ABC transporter related  27.38 
 
 		 607 aa  253  1e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0082  ATPase  32.28 
 
 		 582 aa  252  1e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1746  ABC transporter related  30.77 
 
 		 659 aa  251  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.577572 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1676  ABC transporter related  30.03 
 
 		 641 aa  252  2e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.322808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.48 
 
 		 572 aa  251  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1674  ABC transporter permease/ATP-binding protein  30.92 
 
 		 572 aa  251  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0264422  normal  0.294375 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4406  ABC transporter related protein  30.1 
 
 		 640 aa  251  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.601028  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1255  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.79 
 
 		 597 aa  251  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.261223  normal  0.738985 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2241  ABC transporter related protein  32.51 
 
 		 642 aa  251  4e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0105803  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  30.05 
 
 		 579 aa  250  5e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2389  ABC transporter, permease protein/ATP-binding protein  30.68 
 
 		 572 aa  249  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000145644  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  33.14 
 
 		 575 aa  249  8e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2209  ABC transporter related  30.92 
 
 		 687 aa  249  9e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.472222 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0078  ABC transporter related  31.96 
 
 		 648 aa  249  9e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.213516  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5030  ABC transporter ATP-binding/permease  28.77 
 
 		 571 aa  249  1e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0487117  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2487  ABC transporter related  30.68 
 
 		 572 aa  249  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.461616  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5411  ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.77 
 
 		 571 aa  249  1e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3290  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  29.61 
 
 		 597 aa  249  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16330  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  30.77 
 
 		 622 aa  249  1e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.867591  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5285  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  28.77 
 
 		 571 aa  249  2e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_964  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  27.92 
 
 		 637 aa  248  2e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.600764  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.08 
 
 		 577 aa  248  2e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1362  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  35.44 
 
 		 580 aa  248  2e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0544  ABC transporter related  31.38 
 
 		 587 aa  248  3e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  31.18 
 
 		 601 aa  248  3e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  31.19 
 
 		 611 aa  248  3e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2075  ABC transporter related protein  32.37 
 
 		 632 aa  247  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0672  ABC transporter related  34.38 
 
 		 578 aa  247  4e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0507  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.21 
 
 		 618 aa  247  4e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0985  ABC transporter, transmembrane region  28.57 
 
 		 636 aa  247  4.9999999999999997e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.52 
 
 		 590 aa  247  4.9999999999999997e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04210  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  31.18 
 
 		 614 aa  246  6e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1342  ABC transporter related  30.49 
 
 		 671 aa  246  8e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1180  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  27.57 
 
 		 637 aa  246  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0495  uncharacterized ABC transporter, ATPase component  29.31 
 
 		 618 aa  246  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0632  ABC transporter related  27.88 
 
 		 627 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000138472  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1510  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  34.81 
 
 		 628 aa  245  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.639878 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  31.42 
 
 		 611 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0018  ABC transporter related  28.21 
 
 		 573 aa  244  3e-63  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4067  ABC transporter related  31.27 
 
 		 596 aa  244  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00142757  normal  0.169154 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  31.26 
 
 		 611 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5326  ABC transporter related  30.18 
 
 		 654 aa  244  3.9999999999999997e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4200  ABC transporter related  33.15 
 
 		 566 aa  244  3.9999999999999997e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.737412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0450  ABC transporter-related protein  29.93 
 
 		 586 aa  244  5e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1306  ABC transporter related  33.4 
 
 		 582 aa  244  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0207  ABC transporter related  31.98 
 
 		 602 aa  243  9e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.361271  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  27.93 
 
 		 586 aa  242  1e-62  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0768  ABC transporter related  30.19 
 
 		 610 aa  242  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0617  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  30.19 
 
 		 609 aa  242  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000242  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease component  30.57 
 
 		 586 aa  243  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>