More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3442 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3442  4-carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
127 aa  262  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222691  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  92.13 
 
 
129 aa  246  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  92.06 
 
 
129 aa  245  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  92.06 
 
 
129 aa  244  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  91.27 
 
 
129 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3235  4-carboxymuconolactone decarboxylase  92.17 
 
 
129 aa  227  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621974  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  66.67 
 
 
126 aa  186  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  66.13 
 
 
126 aa  184  4e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  65.57 
 
 
126 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  63.71 
 
 
126 aa  180  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1912  carboxymuconolactone decarboxylase  65.08 
 
 
126 aa  179  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955365  normal  0.169242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  62.18 
 
 
132 aa  174  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  60.98 
 
 
123 aa  171  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  56.56 
 
 
125 aa  166  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5797  carboxymuconolactone decarboxylase  55.2 
 
 
131 aa  159  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10545  normal  0.0382532 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0976  putative gamma carboxymuconolactone decarboxylase  52 
 
 
131 aa  156  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.602862 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1473  Carboxymuconolactone decarboxylase  62.39 
 
 
137 aa  155  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.362759  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1965  carboxymuconolactone decarboxylase  54.4 
 
 
137 aa  154  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0644561  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.18 
 
 
134 aa  150  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.18 
 
 
134 aa  150  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3646  carboxymuconolactone decarboxylase  52.38 
 
 
128 aa  150  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.39 
 
 
134 aa  149  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0681  carboxymuconolactone decarboxylase  49.61 
 
 
128 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0673  Carboxymuconolactone decarboxylase  49.61 
 
 
128 aa  147  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3703  carboxymuconolactone decarboxylase  49.61 
 
 
128 aa  146  8e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.64 
 
 
127 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1984  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 
134 aa  144  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5508  Carboxymuconolactone decarboxylase  52.29 
 
 
129 aa  143  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000984625 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0381  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  46.83 
 
 
131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.07667  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3459  carboxymuconolactone decarboxylase  53.45 
 
 
136 aa  143  9e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.462387  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0448  carboxymuconolactone decarboxylase  46.83 
 
 
131 aa  142  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1216  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  47.62 
 
 
132 aa  142  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0658576  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3252  carboxymuconolactone decarboxylase  53.85 
 
 
133 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  51.67 
 
 
392 aa  140  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  53.45 
 
 
125 aa  140  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.62 
 
 
134 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  51.67 
 
 
127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2527  carboxymuconolactone decarboxylase  49.18 
 
 
132 aa  137  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  55.45 
 
 
124 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  49.17 
 
 
129 aa  137  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  51.28 
 
 
129 aa  137  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 
127 aa  136  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.72 
 
 
126 aa  135  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58220  hypothetical protein  50.4 
 
 
128 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.876359  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  48.8 
 
 
128 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.5 
 
 
127 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89978  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  50.43 
 
 
396 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4473  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.54 
 
 
128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5284  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.72 
 
 
128 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327444  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4188  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
152 aa  131  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.412642 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.53 
 
 
132 aa  130  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2960  carboxymuconolactone decarboxylase  46.49 
 
 
126 aa  130  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00839552  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4461  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
128 aa  130  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.273934 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3125  carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
129 aa  130  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5109  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
129 aa  130  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5750  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
129 aa  130  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4316  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.72 
 
 
131 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146371  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.9 
 
 
128 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.35 
 
 
128 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.35 
 
 
128 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2542  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.69 
 
 
132 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0234299  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1289  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.69 
 
 
132 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.880163  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.35 
 
 
128 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.35 
 
 
128 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.35 
 
 
128 aa  130  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.34 
 
 
132 aa  130  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1368  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.69 
 
 
132 aa  130  9e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  44.72 
 
 
131 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0268  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.69 
 
 
132 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.578525  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.28 
 
 
128 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
134 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1291  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.69 
 
 
132 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1029  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.69 
 
 
132 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0647  4-carboxymuconolactone decarboxylase (PcaC)  47.54 
 
 
130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.153527 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0538  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.69 
 
 
185 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.28 
 
 
128 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1458  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
132 aa  128  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1592  carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
125 aa  128  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0226271  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5046  carboxymuconolactone decarboxylase  48.36 
 
 
154 aa  128  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.336576 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5410  carboxymuconolactone decarboxylase  48.36 
 
 
132 aa  128  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0441836  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
130 aa  128  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1326  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.97 
 
 
129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.171416  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01252  conserved hypothetical protein  46.28 
 
 
157 aa  127  5.0000000000000004e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.53 
 
 
132 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0071  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.55 
 
 
128 aa  127  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499909  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3566  carboxymuconolactone decarboxylase  48.36 
 
 
132 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199431  hitchhiker  0.00916142 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2446  carboxymuconolactone decarboxylase  49.18 
 
 
132 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.46 
 
 
129 aa  125  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.58 
 
 
402 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.09 
 
 
130 aa  124  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3404  carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 
134 aa  123  9e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  46.61 
 
 
393 aa  123  9e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.28 
 
 
135 aa  123  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3905  Carboxymuconolactone decarboxylase  45.9 
 
 
131 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00819268  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4019  Carboxymuconolactone decarboxylase  45.9 
 
 
131 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000710611  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0563  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.49 
 
 
393 aa  122  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.260619  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3662  carboxymuconolactone decarboxylase  47.54 
 
 
155 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318309  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>