78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3294 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3294  branched-chain amino acid transport  100 
 
 		 109 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0975  branched-chain amino acid transport  52.53 
 
 		 112 aa  87.4  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00167089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2208  branched-chain amino acid transport  51 
 
 		 112 aa  85.9  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0507422  normal  0.484467 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0971  branched-chain amino acid transport  51.52 
 
 		 112 aa  84.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00496866  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2937  branched-chain amino acid transport  50 
 
 		 107 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00590698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1047  hypothetical protein  49.49 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473278  normal  0.977869 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0803  branched-chain amino acid transport  49 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769737  normal  0.181034 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0616  branched-chain amino acid transport  52 
 
 		 112 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441128  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1095  branched-chain amino acid transport  52 
 
 		 112 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000116861  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1054  branched-chain amino acid transport  52 
 
 		 112 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416307  normal  0.939947 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1690  hypothetical protein  47 
 
 		 113 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0542077  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4208  hypothetical protein  51.52 
 
 		 112 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000158916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0008  branched-chain amino acid transport  47.06 
 
 		 107 aa  67.8  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2108  branched-chain amino acid transport  39.39 
 
 		 109 aa  65.5  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2539  branched-chain amino acid transport  40.78 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3298  hypothetical protein  39.42 
 
 		 104 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0476  branched-chain amino acid transport  39.22 
 
 		 107 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38170  hypothetical protein  38.24 
 
 		 104 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00099917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3249  hypothetical protein  37.25 
 
 		 103 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.131531  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0489  branched-chain amino acid transport  41.75 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0581449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0093  branched-chain amino acid transport  39.22 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0512  hypothetical protein  38.95 
 
 		 108 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.700284  normal  0.0494056 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2384  branched chain amino acid ABC transporter  42 
 
 		 104 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.316334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0388  branched-chain amino acid transport  41.24 
 
 		 108 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1990  branched-chain amino acid transport  41 
 
 		 104 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0403  branched-chain amino acid transport  41.24 
 
 		 108 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.661242 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0257  branched-chain amino acid transport  28.87 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.751249  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3311  branched-chain amino acid transport  41 
 
 		 104 aa  52  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.993943  normal  0.35173 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06281  hypothetical protein  41.58 
 
 		 103 aa  51.6  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0494  hypothetical protein  41.46 
 
 		 107 aa  50.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1416  branched-chain amino acid transport  37 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1566  branched-chain amino acid transport  34.65 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2569  branched-chain amino acid transport  40 
 
 		 95 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1896  branched-chain amino acid transport  39 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3607  branched-chain amino acid transport  35.29 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.459125  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1961  branched-chain amino acid transport  31.68 
 
 		 109 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3236  branched-chain amino acid transport  38.38 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0069593  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1759  hypothetical protein  34.65 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2783  branched-chain amino acid transport  34.65 
 
 		 100 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1560  branched-chain amino acid transport  34.65 
 
 		 100 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1597  branched-chain amino acid transport  34.65 
 
 		 100 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0354  branched-chain amino acid transport  36.36 
 
 		 109 aa  47.4  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0971347 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4093  hypothetical protein  32.04 
 
 		 108 aa  47  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2529  branched-chain amino acid transport  34.69 
 
 		 100 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2695  branched-chain amino acid transport  34.69 
 
 		 100 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4636  branched-chain amino acid transport  34 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1189  putative branched-chain amino acid transport protein  38.1 
 
 		 106 aa  46.2  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0159  hypothetical protein  33.33 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.258263  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0569  hypothetical protein  38.24 
 
 		 107 aa  45.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3972  branched-chain amino acid transport  38.2 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.573883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0234  hypothetical protein  39.6 
 
 		 105 aa  45.4  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2853  hypothetical protein  30.77 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.438366  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1563  hypothetical protein  30.48 
 
 		 103 aa  45.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.574296  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1552  hypothetical protein  30.48 
 
 		 103 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1773  hypothetical protein  30.48 
 
 		 103 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3534  branched-chain amino acid transport  34.62 
 
 		 108 aa  45.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.450335  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2596  branched-chain amino acid transport  33.67 
 
 		 100 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1851  hypothetical protein  32.14 
 
 		 103 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1458  branched-chain amino acid transport  33.66 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1723  hypothetical protein  30.48 
 
 		 103 aa  44.3  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1600  hypothetical protein  30.48 
 
 		 103 aa  44.3  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.532771  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2542  hypothetical protein  29.49 
 
 		 109 aa  44.3  0.0006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1380  branched-chain amino acid transport  34.29 
 
 		 119 aa  43.9  0.0007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.551237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001439  hypothetical protein  41.58 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2850  branched chain amino acid ABC transporter  45 
 
 		 101 aa  43.5  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1796  hypothetical protein  29.52 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1355  branched-chain amino acid transport  35.56 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2173  branched-chain amino acid transport  31 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3601  hypothetical protein  30.95 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3875  branched-chain amino acid transport  31.68 
 
 		 117 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3611  branched-chain amino acid transport  31.31 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.480929  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3799  branched-chain amino acid transport  31.31 
 
 		 103 aa  42  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1742  hypothetical protein  30.95 
 
 		 103 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01820  branched-chain amino acid transport  28.28 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.300489  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1599  branched-chain amino acid transport  28.57 
 
 		 103 aa  41.2  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.817749  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0829  branched-chain amino acid transport  29.81 
 
 		 111 aa  40.4  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0011  hypothetical protein  28.04 
 
 		 109 aa  40.4  0.008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0011  hypothetical protein  28.04 
 
 		 109 aa  40.4  0.008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>