More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1453 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  100 
 
 		 293 aa  595  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  71.33 
 
 		 300 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  67.12 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  71.43 
 
 		 275 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  66.67 
 
 		 296 aa  381  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  65.96 
 
 		 313 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  65.61 
 
 		 297 aa  378  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  68.42 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  66.67 
 
 		 294 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  66.67 
 
 		 301 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  60.28 
 
 		 292 aa  327  1.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  53.95 
 
 		 307 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  53.98 
 
 		 303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  55.4 
 
 		 302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  53.17 
 
 		 302 aa  289  4e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  52.08 
 
 		 305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  51.96 
 
 		 303 aa  278  9e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  50.69 
 
 		 304 aa  278  9e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  49.48 
 
 		 314 aa  271  9e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  48.96 
 
 		 293 aa  263  3e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  49.13 
 
 		 293 aa  261  8e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  49.48 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  48.44 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 310 aa  246  4.9999999999999997e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  59.8 
 
 		 206 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  45.33 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 326 aa  238  6.999999999999999e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  44.8 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  42 
 
 		 312 aa  229  5e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  43.25 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  43.1 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 303 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  43.29 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  40.94 
 
 		 326 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 309 aa  216  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 308 aa  215  7e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  39.31 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 362 aa  207  1e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  39.41 
 
 		 348 aa  204  1e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 312 aa  199  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  45.22 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  43.15 
 
 		 286 aa  189  7e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  40.15 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  42.25 
 
 		 254 aa  181  1e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  39.93 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  39.85 
 
 		 285 aa  179  7e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 287 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  40.73 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  40.73 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  39.29 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.81 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.38 
 
 		 316 aa  138  8.999999999999999e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  32.24 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  32.59 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 		 306 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  30.28 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  31.56 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  28.67 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 		 300 aa  99.8  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  30.32 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.52 
 
 		 332 aa  96.7  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  32.52 
 
 		 217 aa  94  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  34.47 
 
 		 204 aa  92.8  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.84 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  30.84 
 
 		 369 aa  91.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  29.67 
 
 		 211 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  32.21 
 
 		 223 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  32.69 
 
 		 223 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  28.35 
 
 		 338 aa  90.1  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  33.03 
 
 		 350 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 219 aa  90.1  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  29.38 
 
 		 211 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  32.21 
 
 		 223 aa  89.7  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.06 
 
 		 218 aa  89.4  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.31 
 
 		 245 aa  88.6  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  30 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  32.57 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  29.86 
 
 		 211 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  33.49 
 
 		 561 aa  87.8  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  31.65 
 
 		 323 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  24.56 
 
 		 336 aa  86.7  4e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.22 
 
 		 212 aa  86.7  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  32.11 
 
 		 323 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  26.39 
 
 		 216 aa  86.3  6e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  31.71 
 
 		 238 aa  85.9  8e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 325 aa  85.9  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.64 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  34.5 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  31.13 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2969  pseudouridine synthase, RluA family  28.36 
 
 		 623 aa  84.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  30.28 
 
 		 570 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>