212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0172 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  500  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3146  PadR-like family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 185 aa  118  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280559 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1910  PadR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 174 aa  89  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1669  PadR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 179 aa  88.2  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.107785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1645  transcriptional regulator  30.06 
 
 		 179 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1946  transcriptional regulator, PadR family  29.24 
 
 		 179 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3512  transcriptional repressor PadR  30 
 
 		 179 aa  87  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  41.24 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  36.07 
 
 		 184 aa  76.3  0.0000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  36.43 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2019  transcriptional regulator, PadR-like family  28.38 
 
 		 160 aa  72  0.000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.41981 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  38 
 
 		 183 aa  70.1  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  30.71 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 204 aa  67  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  30.97 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  30 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05950  predicted transcriptional regulator  30.33 
 
 		 188 aa  64.7  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.836167 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  29.17 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  24.19 
 
 		 325 aa  63.5  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  32.79 
 
 		 179 aa  63.2  0.000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  34.07 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  34.38 
 
 		 185 aa  61.6  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0615  PadR-like family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 212 aa  61.6  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.169768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  43.28 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7926  transcriptional regulator, PadR-like family  31.93 
 
 		 178 aa  60.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  23.57 
 
 		 191 aa  58.5  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 112 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  29.37 
 
 		 168 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2179  PadR-like family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 174 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 112 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  40.26 
 
 		 125 aa  57  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1318  transcriptional regulator, PadR-like family  34.34 
 
 		 185 aa  57  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1887  transcriptional regulator PadR family protein  30.97 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 168 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  28.24 
 
 		 203 aa  54.7  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0184  PadR-like family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 179 aa  55.1  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2376  hypothetical protein  33.64 
 
 		 165 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.247862  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  37.66 
 
 		 110 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  32.67 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 110 aa  54.3  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2669  hypothetical protein  33.64 
 
 		 165 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.010535 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4136  transcriptional regulator, PadR family  41.56 
 
 		 110 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.345707  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1102  transcriptional regulator, PadR family  41.56 
 
 		 110 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2655  hypothetical protein  33.64 
 
 		 165 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10046  hypothetical protein  37.35 
 
 		 180 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 110 aa  53.1  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2658  hypothetical protein  32.73 
 
 		 165 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287076  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  27.15 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2451  hypothetical protein  32.73 
 
 		 165 aa  52.4  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.073124  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2413  hypothetical protein  32.73 
 
 		 165 aa  52.4  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000015361  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2631  hypothetical protein  32.73 
 
 		 165 aa  52.4  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  23.75 
 
 		 174 aa  52.4  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2649  hypothetical protein  32.73 
 
 		 165 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000115894 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2808  PadR-like family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 180 aa  52.4  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2509  PadR-like family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 165 aa  52.4  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0736667  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  28.66 
 
 		 179 aa  52.4  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  34.07 
 
 		 187 aa  52.4  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  27.88 
 
 		 174 aa  52.4  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8856  transcriptional regulator, PadR family  40.3 
 
 		 109 aa  52.4  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.679523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0876  PadR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 179 aa  52  0.000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.184962  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4083  PadR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 110 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  33.02 
 
 		 118 aa  51.6  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1031  transcriptional regulator, PadR-like family  33.77 
 
 		 116 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.83969  normal  0.0578877 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  36.67 
 
 		 128 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3510  transcriptional regulator, PadR-like family  27.38 
 
 		 198 aa  51.6  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2526  PadR-like family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 183 aa  51.6  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0713427  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1446  transcriptional regulator, PadR-like family  31.25 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  29.13 
 
 		 194 aa  51.2  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4651  PadR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 191 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0244523  normal  0.199079 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4747  transcriptional regulator PadR family protein  36.14 
 
 		 252 aa  51.2  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29180  predicted transcriptional regulator  32.58 
 
 		 151 aa  50.4  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 174 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2796  PadR-like family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 187 aa  50.4  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000783217 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3013  transcriptional regulator, PadR-like family  35.06 
 
 		 109 aa  50.1  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00626511 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  28.66 
 
 		 176 aa  49.7  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2137  PadR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 199 aa  49.7  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3940  PadR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 110 aa  49.3  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4248  PadR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 110 aa  49.3  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2361  PadR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 120 aa  49.3  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 154 aa  49.3  0.00005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4050  transcriptional regulator, PadR family  36.9 
 
 		 110 aa  48.9  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 119 aa  48.9  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7032  transcriptional regulator, PadR-like family  35.79 
 
 		 181 aa  48.9  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  47.69 
 
 		 371 aa  48.5  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  29.17 
 
 		 172 aa  48.5  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4876  transcriptional regulator, PadR-like family  26.54 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 176 aa  48.1  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6039  PadR-like family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 181 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.258534  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3285  PadR-like family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 180 aa  47.8  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.400255 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  29.87 
 
 		 189 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3772  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 110 aa  47.4  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4156  transcriptional regulator, PadR family  35.71 
 
 		 110 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.20651  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  27.72 
 
 		 177 aa  47.4  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 181 aa  47.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>