More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0116 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0116  ribosome recycling factor  100 
 
 		 187 aa  375  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0389  ribosome recycling factor  60.96 
 
 		 187 aa  233  9e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0303033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2387  ribosome recycling factor  60.34 
 
 		 186 aa  227  7e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.164667  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04050  ribosome recycling factor  55.61 
 
 		 185 aa  204  5e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.647484  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0575  ribosome recycling factor  54.01 
 
 		 187 aa  202  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0578  ribosome recycling factor (ribosome releasing factor)  53.63 
 
 		 186 aa  202  3e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 186 aa  202  3e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1351  hypothetical protein  51.89 
 
 		 186 aa  201  8e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2999  ribosome recycling factor  52.46 
 
 		 186 aa  198  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1901  ribosome recycling factor  54.35 
 
 		 186 aa  198  3.9999999999999996e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.782843 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 186 aa  198  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  48.66 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 184 aa  193  1e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  49.16 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 186 aa  192  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  51.06 
 
 		 185 aa  190  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  47.28 
 
 		 184 aa  188  2.9999999999999997e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  48.11 
 
 		 186 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 184 aa  188  5e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 186 aa  187  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 184 aa  186  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1898  ribosome recycling factor  50.27 
 
 		 184 aa  186  2e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0633541  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  185  4e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  185  4e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  185  4e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  184  5e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  52.02 
 
 		 186 aa  184  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  50 
 
 		 184 aa  184  6e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  184  6e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 186 aa  184  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0216  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  48.11 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0477  ribosome recycling factor  48.54 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0474478  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 187 aa  181  4.0000000000000006e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 185 aa  181  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07680  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  181  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029169  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  180  8.000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  48.59 
 
 		 186 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0010  ribosome recycling factor  48.13 
 
 		 192 aa  180  9.000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0696052  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 185 aa  179  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  50.87 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1200  ribosome recycling factor  48.63 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000906097  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2047  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.082584  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2345  ribosome recycling factor  46.45 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.082368  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  48.4 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1319  ribosome recycling factor  47.34 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.362878  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1345  ribosome recycling factor  47.34 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00867514  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  46.81 
 
 		 184 aa  179  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  44.32 
 
 		 185 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  45.41 
 
 		 185 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  46.45 
 
 		 185 aa  178  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  47.54 
 
 		 185 aa  178  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1046  ribosome recycling factor  50.83 
 
 		 183 aa  178  4.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.197511  normal  0.0713595 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  48.04 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  48.6 
 
 		 186 aa  177  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1016  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000122168  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1069  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00702897  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3432  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000874312  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0788  ribosome recycling factor  48.04 
 
 		 189 aa  176  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.119602 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  43.48 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  47.87 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  45.41 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  47.49 
 
 		 186 aa  175  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2472  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  45.36 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 186 aa  174  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  46.33 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 184 aa  174  6e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  45 
 
 		 185 aa  174  6e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 186 aa  174  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  46.89 
 
 		 185 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 184 aa  173  9.999999999999999e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.093506 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>