More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2999 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2999  ribosome recycling factor  100 
 
 		 186 aa  372  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2387  ribosome recycling factor  67.74 
 
 		 186 aa  274  6e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.164667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0578  ribosome recycling factor (ribosome releasing factor)  57.53 
 
 		 186 aa  227  8e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0575  ribosome recycling factor  54.05 
 
 		 187 aa  213  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1351  hypothetical protein  54.3 
 
 		 186 aa  211  7e-54  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1898  ribosome recycling factor  54.05 
 
 		 184 aa  207  5e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0633541  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04050  ribosome recycling factor  55.14 
 
 		 185 aa  207  1e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.647484  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0116  ribosome recycling factor  52.46 
 
 		 187 aa  198  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  52.17 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0389  ribosome recycling factor  51.91 
 
 		 187 aa  191  7e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0303033 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0010  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 192 aa  189  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0696052  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1901  ribosome recycling factor  48.11 
 
 		 186 aa  189  2.9999999999999997e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.782843 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  51.98 
 
 		 186 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  49.13 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 185 aa  178  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  48.37 
 
 		 184 aa  177  7e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 186 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  48.11 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  45.6 
 
 		 182 aa  174  6e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  45.76 
 
 		 186 aa  173  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 186 aa  173  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  46.11 
 
 		 184 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  49.13 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  49.13 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  45.56 
 
 		 192 aa  171  6.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  44.94 
 
 		 185 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 184 aa  170  9e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2111  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  43.48 
 
 		 184 aa  170  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  169  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  47.4 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 184 aa  169  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10920  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  169  3e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0728725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  50.31 
 
 		 186 aa  168  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  46.33 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  168  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  43.18 
 
 		 187 aa  168  4e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  46.11 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  45.2 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1441  ribosome recycling factor  45.76 
 
 		 186 aa  167  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  167  8e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  167  8e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  46.07 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  48.47 
 
 		 186 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  43.26 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  47.4 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  40.76 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  46.11 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  48.47 
 
 		 186 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 186 aa  166  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  46.33 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  46.33 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  48.47 
 
 		 186 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  43.26 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  44.07 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5326  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  166  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0105729  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1319  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.362878  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1046  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 183 aa  166  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.197511  normal  0.0713595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  44.51 
 
 		 186 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1345  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00867514  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  44.63 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  48.02 
 
 		 186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  43.5 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  43.5 
 
 		 185 aa  164  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  49.08 
 
 		 186 aa  164  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3514  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 185 aa  164  5e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.763665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  43.48 
 
 		 185 aa  164  8e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0445  ribosome recycling factor  47.53 
 
 		 185 aa  163  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00199228  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  42.93 
 
 		 185 aa  163  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2973  ribosome recycling factor  45.51 
 
 		 185 aa  163  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>