More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0986 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  100 
 
 
185 aa  366  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1069  ribosome recycling factor  74.59 
 
 
185 aa  296  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00702897  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3432  ribosome recycling factor  74.59 
 
 
185 aa  296  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000874312  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  75.14 
 
 
185 aa  296  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1016  ribosome recycling factor  74.59 
 
 
185 aa  296  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000122168  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  72.97 
 
 
185 aa  290  6e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  73.51 
 
 
185 aa  290  7e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3357  ribosome recycling factor  73.51 
 
 
185 aa  288  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  73.51 
 
 
185 aa  287  6e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  73.51 
 
 
185 aa  286  1e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  71.89 
 
 
185 aa  282  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  70.27 
 
 
185 aa  281  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  69.73 
 
 
185 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  69.73 
 
 
185 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  69.73 
 
 
185 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  69.73 
 
 
185 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  69.73 
 
 
185 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.743934 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  68.11 
 
 
185 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  68.11 
 
 
185 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2424  ribosome recycling factor  68.65 
 
 
185 aa  271  4.0000000000000004e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00108894  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0710  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  268  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0332878  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01376  ribosome recycling factor  68.48 
 
 
185 aa  261  3e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0186665  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  65.41 
 
 
185 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  65.41 
 
 
185 aa  256  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2632  ribosome recycling factor  63.78 
 
 
185 aa  256  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000751677  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  64.32 
 
 
185 aa  256  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0530  ribosome recycling factor  63.78 
 
 
185 aa  255  3e-67  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  65.95 
 
 
185 aa  254  4e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1252  ribosome recycling factor  65.76 
 
 
185 aa  254  5e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.538826  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  60.54 
 
 
185 aa  253  8e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3278  ribosome recycling factor  63.78 
 
 
185 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000213543  hitchhiker  0.000283754 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  60 
 
 
185 aa  252  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2973  ribosome recycling factor  65.95 
 
 
185 aa  252  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  63.93 
 
 
185 aa  251  4.0000000000000004e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3158  ribosome recycling factor  62.7 
 
 
185 aa  250  9.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000691666  normal  0.144971 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38960  ribosome recycling factor  65.03 
 
 
185 aa  250  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  64.67 
 
 
185 aa  246  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  64.67 
 
 
185 aa  245  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000456907  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  64.67 
 
 
185 aa  245  3e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000841959  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1632  ribosome recycling factor  64.13 
 
 
185 aa  244  6e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  63.04 
 
 
185 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000709639  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  63.04 
 
 
185 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000717676  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  63.04 
 
 
185 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000214173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  62.5 
 
 
185 aa  241  3e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000049819  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2899  ribosome recycling factor  62.5 
 
 
185 aa  241  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000932331  normal  0.103531 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  59.78 
 
 
185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1557  ribosome recycling factor  60.54 
 
 
185 aa  238  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135969  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0566  ribosome recycling factor  62.3 
 
 
185 aa  238  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.395524  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17100  ribosome recycling factor  60.66 
 
 
185 aa  235  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  59.46 
 
 
185 aa  234  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1486  ribosome recycling factor  60.11 
 
 
185 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0107069  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  61.11 
 
 
186 aa  231  6e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1860  ribosome recycling factor  58.38 
 
 
185 aa  228  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.747676  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  59.44 
 
 
186 aa  227  8e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  56.22 
 
 
185 aa  226  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  55.49 
 
 
186 aa  225  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1594  ribosome recycling factor  60.66 
 
 
185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409738  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4183  ribosome recycling factor  60.66 
 
 
185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1149  ribosome recycling factor  61.2 
 
 
185 aa  224  6e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  56.04 
 
 
186 aa  224  7e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  56.22 
 
 
185 aa  223  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  55.49 
 
 
186 aa  223  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  55.49 
 
 
186 aa  222  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  56.28 
 
 
185 aa  222  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  55.49 
 
 
186 aa  221  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  54.95 
 
 
186 aa  222  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0811  ribosome recycling factor  55.68 
 
 
187 aa  222  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  56.83 
 
 
185 aa  222  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  55.14 
 
 
185 aa  221  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4079  ribosome recycling factor  60.66 
 
 
185 aa  220  8e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.330007 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0362  ribosome recycling factor  56.28 
 
 
190 aa  220  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0327  ribosome recycling factor  56.28 
 
 
190 aa  220  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2594  ribosome recycling factor  55.14 
 
 
187 aa  220  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00709219  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3050  ribosome recycling factor  59.56 
 
 
185 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.672962  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  54.05 
 
 
185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  55.74 
 
 
185 aa  218  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  54.95 
 
 
186 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
186 aa  217  6e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01128  ribosome recycling factor  55.74 
 
 
185 aa  217  8.999999999999998e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291437  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
186 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
186 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
186 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
186 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
186 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
186 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
186 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  53.55 
 
 
185 aa  215  4e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  53.85 
 
 
186 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  53.85 
 
 
186 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  52.75 
 
 
186 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  53.01 
 
 
185 aa  212  1.9999999999999998e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  52.75 
 
 
186 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0788  ribosome recycling factor  52.75 
 
 
189 aa  211  5.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.119602 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>