123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5134 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5134  hypothetical protein  100 
 
 		 384 aa  765    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0254476  normal  0.895353 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3495  putative receptor  32.35 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1100  putative receptor  31.05 
 
 		 352 aa  163  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0586  putative receptor  30.63 
 
 		 358 aa  156  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1057  putative periplasmic protein  32.96 
 
 		 361 aa  152  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00889034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1719  hypothetical protein  29.94 
 
 		 353 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023319 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2098  hypothetical protein  29.25 
 
 		 353 aa  145  9e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0059068  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01409  hypothetical protein  29.94 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.167472  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1634  hypothetical protein  29.94 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.679597  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2207  putative receptor  29.94 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0362062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1724  hypothetical protein  29.94 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01420  hypothetical protein  29.94 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.157147  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2058  hypothetical protein  29.94 
 
 		 353 aa  144  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.132417  hitchhiker  0.00041859 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2194  putative receptor  29.94 
 
 		 353 aa  143  6e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000873978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1539  hypothetical protein  29.65 
 
 		 353 aa  142  8e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1765  hypothetical protein  30.7 
 
 		 353 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1701  hypothetical protein  31 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.117434  normal  0.828136 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1704  hypothetical protein  31.31 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.188458  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1574  putative periplasmic protein  31 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000189121  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1755  hypothetical protein  30.09 
 
 		 353 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0322938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0114  hypothetical protein  24.69 
 
 		 424 aa  112  8.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.715385  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0381  hypothetical protein  29.7 
 
 		 381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.71003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1627  hypothetical protein  28.71 
 
 		 451 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  22.88 
 
 		 335 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.78 
 
 		 752 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  20.66 
 
 		 1667 aa  76.3  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.78 
 
 		 348 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1940  hypothetical protein  24.77 
 
 		 458 aa  70.5  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.728098  normal  0.191537 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.51 
 
 		 348 aa  70.1  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  22.96 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  23.56 
 
 		 1094 aa  63.5  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1880  hypothetical protein  24.53 
 
 		 453 aa  62.4  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.11 
 
 		 347 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0979  hypothetical protein  22.35 
 
 		 410 aa  61.6  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  20.95 
 
 		 353 aa  60.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20.73 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1967  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.63 
 
 		 370 aa  59.3  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235271  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.89 
 
 		 517 aa  57.8  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.39 
 
 		 457 aa  57.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.75 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  22.35 
 
 		 479 aa  57  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.81 
 
 		 320 aa  57  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4179  hypothetical protein  26.85 
 
 		 348 aa  57  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.21546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4245  hypothetical protein  26.85 
 
 		 348 aa  57  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.203557  normal  0.147788 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4401  hypothetical protein  26.85 
 
 		 348 aa  57  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.316626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  20.15 
 
 		 366 aa  55.8  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4699  hypothetical protein  28.19 
 
 		 363 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  21.62 
 
 		 819 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.39 
 
 		 354 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  22.64 
 
 		 556 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.12 
 
 		 313 aa  54.7  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  19.05 
 
 		 971 aa  53.9  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.73 
 
 		 943 aa  53.1  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25.32 
 
 		 354 aa  53.5  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3594  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.97 
 
 		 1056 aa  53.1  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207597  normal  0.593254 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.41 
 
 		 310 aa  53.1  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25 
 
 		 328 aa  53.1  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1302  hypothetical protein  22.73 
 
 		 364 aa  52.8  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.127226  normal  0.259109 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  19.94 
 
 		 387 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.32 
 
 		 328 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1470  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  20.35 
 
 		 479 aa  52.4  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00488394  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  20.21 
 
 		 810 aa  51.6  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  23.55 
 
 		 314 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.03 
 
 		 689 aa  51.6  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.95 
 
 		 327 aa  51.6  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.32 
 
 		 328 aa  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.58 
 
 		 327 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  21.43 
 
 		 328 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20.86 
 
 		 312 aa  50.4  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6217  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  21.46 
 
 		 829 aa  49.7  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.597655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1535  putative surface antigen protein  25.51 
 
 		 347 aa  49.7  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1990  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20.75 
 
 		 470 aa  49.3  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.96 
 
 		 345 aa  48.9  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1167  hypothetical protein  23.64 
 
 		 355 aa  49.7  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2955  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.83 
 
 		 818 aa  48.5  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0137484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  19.2 
 
 		 365 aa  48.5  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.5 
 
 		 479 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.08 
 
 		 334 aa  47.8  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  20.44 
 
 		 580 aa  47  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2846  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.35 
 
 		 333 aa  47  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.74 
 
 		 335 aa  47  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.18 
 
 		 328 aa  47  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  18.04 
 
 		 391 aa  46.6  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2907  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.7 
 
 		 601 aa  46.6  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3846  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.07 
 
 		 953 aa  46.6  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000882401  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.25 
 
 		 318 aa  46.6  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  24.37 
 
 		 1189 aa  46.6  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.73 
 
 		 332 aa  46.6  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2380  hypothetical protein  22.91 
 
 		 250 aa  46.2  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.48 
 
 		 415 aa  45.8  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2913  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.73 
 
 		 1067 aa  45.8  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.511883  normal  0.352036 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0625  hypothetical protein  20 
 
 		 376 aa  45.8  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.578108  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.13 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.5 
 
 		 491 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.38 
 
 		 338 aa  46.2  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.5 
 
 		 491 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.15 
 
 		 325 aa  45.8  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1622  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.06 
 
 		 974 aa  45.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4957  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.57 
 
 		 1349 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.149157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5007  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.51 
 
 		 410 aa  45.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>