167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0625 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0625  hypothetical protein  100 
 
 
376 aa  751    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.578108  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.69 
 
 
752 aa  90.9  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.73 
 
 
353 aa  74.7  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.19 
 
 
365 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  27.96 
 
 
776 aa  73.6  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.94 
 
 
689 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.37 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.45 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.63 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  26.03 
 
 
1667 aa  69.7  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  29.28 
 
 
391 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.85 
 
 
314 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  26.13 
 
 
580 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.05 
 
 
325 aa  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0586  putative receptor  28.4 
 
 
358 aa  63.5  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1755  hypothetical protein  26.15 
 
 
353 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0322938  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1765  hypothetical protein  27.84 
 
 
353 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2907  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.5 
 
 
601 aa  60.5  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.32 
 
 
943 aa  60.5  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1574  putative periplasmic protein  27.84 
 
 
353 aa  60.1  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000189121  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1701  hypothetical protein  27.84 
 
 
353 aa  60.1  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.117434  normal  0.828136 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2380  hypothetical protein  23.36 
 
 
250 aa  59.3  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1704  hypothetical protein  27.84 
 
 
353 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.188458  normal  0.230507 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01409  hypothetical protein  33.65 
 
 
353 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.167472  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2194  putative receptor  33.65 
 
 
353 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000873978  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.63 
 
 
348 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2058  hypothetical protein  33.65 
 
 
353 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.132417  hitchhiker  0.00041859 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1724  hypothetical protein  33.65 
 
 
353 aa  58.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1634  hypothetical protein  33.65 
 
 
353 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.679597  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2207  putative receptor  33.65 
 
 
353 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0362062  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01420  hypothetical protein  33.65 
 
 
353 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.157147  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.91 
 
 
310 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2513  hypothetical protein  27.69 
 
 
329 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.69 
 
 
457 aa  57.4  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.97 
 
 
348 aa  56.6  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.23 
 
 
320 aa  56.6  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1539  hypothetical protein  32.69 
 
 
353 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1967  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.19 
 
 
370 aa  56.2  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235271  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  22.65 
 
 
1094 aa  55.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  29.22 
 
 
819 aa  55.8  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.39 
 
 
334 aa  55.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.14 
 
 
314 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2626  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.92 
 
 
659 aa  55.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.22 
 
 
366 aa  55.5  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12503  putative surface layer protein  33.55 
 
 
465 aa  55.5  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.33 
 
 
154 aa  55.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.86 
 
 
314 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.96 
 
 
366 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0647  hypothetical protein  52.27 
 
 
50 aa  54.3  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.237271  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2098  hypothetical protein  24 
 
 
353 aa  54.3  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0059068  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.09 
 
 
272 aa  54.3  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  22.3 
 
 
479 aa  53.9  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.68 
 
 
517 aa  53.9  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1719  hypothetical protein  31.73 
 
 
353 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0023319 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.14 
 
 
415 aa  53.9  0.000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.9 
 
 
327 aa  53.9  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.11 
 
 
340 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.11 
 
 
340 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.11 
 
 
340 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.49 
 
 
317 aa  53.1  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.73 
 
 
311 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.51 
 
 
377 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.27 
 
 
313 aa  52.8  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3441  hypothetical protein  23.11 
 
 
331 aa  52.4  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.597257 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.71 
 
 
347 aa  52.4  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.97 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  27.07 
 
 
556 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10998  PE-PGRS family protein  31.72 
 
 
457 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104383  normal  0.995085 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.53 
 
 
312 aa  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6217  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.21 
 
 
829 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.597655  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5321  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.77 
 
 
362 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4252  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.77 
 
 
344 aa  51.6  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5410  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.77 
 
 
362 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.186249 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1100  putative receptor  23.83 
 
 
352 aa  51.6  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 
328 aa  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.18 
 
 
366 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  28.15 
 
 
810 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6194  hypothetical protein  23.08 
 
 
348 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209099  hitchhiker  0.000235981 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.77 
 
 
362 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2282  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.14 
 
 
658 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.512242 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  23.73 
 
 
660 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6734  hypothetical protein  24.64 
 
 
338 aa  51.2  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.745861 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0690  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.12 
 
 
299 aa  51.2  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.408931 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  27.81 
 
 
335 aa  50.8  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2728  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.77 
 
 
318 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.171718  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.34 
 
 
328 aa  50.1  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2448  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.14 
 
 
658 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165811  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0895  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.67 
 
 
239 aa  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1880  hypothetical protein  27.22 
 
 
453 aa  49.7  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.66 
 
 
318 aa  49.7  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.04 
 
 
366 aa  49.3  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4179  hypothetical protein  23.93 
 
 
348 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.21546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4245  hypothetical protein  23.93 
 
 
348 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.203557  normal  0.147788 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4401  hypothetical protein  23.93 
 
 
348 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.316626  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0381  hypothetical protein  21.88 
 
 
381 aa  49.3  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.71003  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.17 
 
 
607 aa  48.9  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3495  putative receptor  22.84 
 
 
356 aa  49.3  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.66 
 
 
417 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.44 
 
 
335 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3374  hypothetical protein  30.58 
 
 
457 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.268739  normal  0.530699 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>