More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2022 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 371 aa  771    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.01 
 
 		 351 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.9 
 
 		 346 aa  435  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.71 
 
 		 351 aa  437  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.59 
 
 		 360 aa  431  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.71 
 
 		 343 aa  434  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.43 
 
 		 351 aa  410  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.57 
 
 		 347 aa  401  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  51.94 
 
 		 342 aa  348  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  51.92 
 
 		 371 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  46.89 
 
 		 372 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  47.18 
 
 		 372 aa  323  2e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  46.89 
 
 		 372 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.58 
 
 		 358 aa  321  9.999999999999999e-87  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  46.76 
 
 		 390 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  47.67 
 
 		 428 aa  319  6e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  44.77 
 
 		 349 aa  318  1e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  45.81 
 
 		 358 aa  315  9.999999999999999e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.47 
 
 		 371 aa  314  9.999999999999999e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.99 
 
 		 381 aa  313  2.9999999999999996e-84  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  44.13 
 
 		 404 aa  313  3.9999999999999997e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  47.7 
 
 		 356 aa  308  8e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  46.57 
 
 		 391 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  44.57 
 
 		 382 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  44.51 
 
 		 369 aa  306  5.0000000000000004e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.74 
 
 		 358 aa  305  6e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  44.6 
 
 		 381 aa  305  7e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  44.29 
 
 		 375 aa  305  8.000000000000001e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  46.49 
 
 		 377 aa  304  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  43.34 
 
 		 429 aa  303  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.26 
 
 		 386 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  44.25 
 
 		 381 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  44.25 
 
 		 381 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  44.25 
 
 		 381 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  44.25 
 
 		 381 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  44.79 
 
 		 378 aa  301  1e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  43.59 
 
 		 382 aa  300  3e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  43.59 
 
 		 382 aa  300  3e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  45.74 
 
 		 404 aa  300  3e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  45.04 
 
 		 392 aa  299  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  44.76 
 
 		 377 aa  299  5e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  42.51 
 
 		 402 aa  299  6e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  42.36 
 
 		 382 aa  298  7e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.08 
 
 		 367 aa  298  9e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  45.96 
 
 		 339 aa  298  1e-79  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  44.02 
 
 		 430 aa  298  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  43.56 
 
 		 425 aa  297  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  44.25 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  42.36 
 
 		 382 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  45.35 
 
 		 364 aa  297  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  43.19 
 
 		 382 aa  297  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  43.84 
 
 		 382 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  43.52 
 
 		 379 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  45.76 
 
 		 402 aa  297  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.51 
 
 		 364 aa  297  2e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  44.48 
 
 		 392 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  43.52 
 
 		 378 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  44.48 
 
 		 392 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  44.57 
 
 		 399 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  43.04 
 
 		 376 aa  296  3e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.83 
 
 		 354 aa  296  4e-79  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  44.51 
 
 		 410 aa  296  5e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  44.35 
 
 		 397 aa  295  9e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.24 
 
 		 354 aa  295  1e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  43.52 
 
 		 371 aa  295  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  44.11 
 
 		 425 aa  294  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  42.51 
 
 		 431 aa  294  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  44.57 
 
 		 411 aa  293  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.31 
 
 		 356 aa  294  2e-78  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  44.09 
 
 		 427 aa  293  3e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  43.02 
 
 		 362 aa  293  5e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  43.84 
 
 		 425 aa  292  6e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  44.76 
 
 		 399 aa  292  7e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.14 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.71 
 
 		 373 aa  291  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.14 
 
 		 356 aa  290  2e-77  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.49 
 
 		 372 aa  290  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  44.66 
 
 		 399 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.33 
 
 		 373 aa  290  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.74 
 
 		 392 aa  290  3e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  45.27 
 
 		 398 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  45.59 
 
 		 406 aa  290  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  44.29 
 
 		 411 aa  289  5.0000000000000004e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.43 
 
 		 373 aa  289  6e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.43 
 
 		 373 aa  289  6e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  42.58 
 
 		 403 aa  289  6e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.71 
 
 		 398 aa  288  8e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.43 
 
 		 373 aa  288  9e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.86 
 
 		 356 aa  288  9e-77  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  46.97 
 
 		 362 aa  288  1e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.49 
 
 		 384 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  43.38 
 
 		 372 aa  288  1e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.64 
 
 		 342 aa  288  1e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  44.92 
 
 		 399 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  44.29 
 
 		 365 aa  288  1e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  42.25 
 
 		 431 aa  288  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  43.45 
 
 		 391 aa  288  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.14 
 
 		 373 aa  288  1e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.14 
 
 		 373 aa  288  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.14 
 
 		 373 aa  288  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>