More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2444 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 		 297 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  97.64 
 
 		 297 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  93.6 
 
 		 297 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  83.11 
 
 		 299 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  74.66 
 
 		 300 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  74.66 
 
 		 300 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  61.49 
 
 		 302 aa  379  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 298 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 298 aa  323  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  53.51 
 
 		 301 aa  321  9.999999999999999e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 313 aa  318  5e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 299 aa  318  6e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 299 aa  318  7e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 309 aa  316  3e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 309 aa  316  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  53.95 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 300 aa  299  4e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 298 aa  291  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  47.55 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  45.82 
 
 		 298 aa  275  5e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 300 aa  275  7e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 302 aa  255  5e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 296 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  40.14 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  40.4 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  39.8 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  40.14 
 
 		 317 aa  229  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  39.12 
 
 		 311 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  39.12 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  39.12 
 
 		 311 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  39.46 
 
 		 302 aa  227  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 298 aa  227  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  39.12 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  39.46 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  38.78 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  37.41 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  38.78 
 
 		 302 aa  225  9e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  38.78 
 
 		 302 aa  225  9e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  40.43 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  39.46 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  39.46 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  39.46 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  39.46 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  39.46 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  40.34 
 
 		 295 aa  222  7e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  36.15 
 
 		 313 aa  222  8e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  39.12 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  37.76 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  39.12 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  39.12 
 
 		 301 aa  218  7e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  37.97 
 
 		 296 aa  218  8.999999999999998e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  36.73 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  38.78 
 
 		 301 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 299 aa  216  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  38.78 
 
 		 301 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  38.78 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  38.78 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  38.78 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  38.78 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  36.73 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  38.21 
 
 		 297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  215  8e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  36.39 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  35.81 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  35.81 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  35.81 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004424  transcriptional activator NhaR  35.56 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00877643  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00975  transcriptional activator NhaR  35.92 
 
 		 283 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  35.27 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>