155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_66642 on replicon NC_009068
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009068  PICST_66642  negative growth regulatory protein  100 
 
 
690 aa  1413    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09090  Putative RNA binding proteinPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ARJ0]  45 
 
 
393 aa  167  5e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.461764  normal  0.414423 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10164  nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein pub1 (AFU_orthologue; AFUA_1G12000)  26.01 
 
 
477 aa  112  2.0000000000000002e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62299  predicted protein  34.65 
 
 
446 aa  110  1e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42828  predicted protein  27.92 
 
 
499 aa  75.9  0.000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_23959  predicted protein  30 
 
 
605 aa  65.1  0.000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00917  RNA splicing factor (Pad-1), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G15810)  27.73 
 
 
552 aa  63.5  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.373895 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41266  predicted protein  37.23 
 
 
386 aa  62.8  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0574303  normal  0.0646612 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90501  Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear (Poly(A)-binding protein) (PABP) (ARS consensus binding protein ACBP-67) (Polyadenylate tail-binding protein)  31.87 
 
 
632 aa  61.6  0.00000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.528167  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38809  predicted protein  26.39 
 
 
319 aa  61.2  0.00000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000594517  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01160  polyadenylate-binding protein, putative  30.23 
 
 
673 aa  59.7  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_50098  predicted protein  37.59 
 
 
572 aa  59.3  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.442075  normal  0.11137 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55837  predicted protein  33.33 
 
 
453 aa  58.9  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.876442  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  34.38 
 
 
114 aa  59.3  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20857  predicted protein  24.77 
 
 
687 aa  58.5  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.821409  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
122 aa  58.2  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06501  splicing factor 3b subunit 4 (AFU_orthologue; AFUA_6G05180)  28.79 
 
 
352 aa  58.2  0.0000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.415075 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
125 aa  56.6  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04330  ribosome biogenesis (Nop4), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06250)  36.47 
 
 
724 aa  56.2  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  34.04 
 
 
97 aa  56.2  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_006686  CND04760  conserved hypothetical protein  23.86 
 
 
1221 aa  56.2  0.000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03953  RNP domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G08040)  34.57 
 
 
353 aa  55.5  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.748027  normal  0.180065 
 
 
-
 
NC_006686  CND05240  mRNA catabolism, nonsense-mediated-related protein, putative  32.88 
 
 
434 aa  55.5  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.115659  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  36.47 
 
 
94 aa  55.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  34.15 
 
 
104 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10574  pre-mRNA splicing factor (Prp24), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G01820)  27.2 
 
 
1290 aa  55.1  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.314247  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
83 aa  55.5  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_37626  nuclear localization sequence binding protein  25.71 
 
 
245 aa  55.5  0.000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
85 aa  55.1  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  30.65 
 
 
241 aa  55.1  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04000  Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear (Poly(A)-binding protein)(PABP)(Polyadenylate tail-binding protein) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B630]  34.67 
 
 
732 aa  54.7  0.000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.175791 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  35.8 
 
 
102 aa  54.7  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_13402  predicted protein  31.17 
 
 
117 aa  54.7  0.000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04600  single-stranded DNA binding protein, putative  26.88 
 
 
441 aa  53.9  0.000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  38.75 
 
 
91 aa  53.5  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  35.8 
 
 
114 aa  53.5  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4045  RNP-1 like RNA-binding protein  28.92 
 
 
196 aa  53.9  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.847138 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
102 aa  52.8  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  34.57 
 
 
90 aa  52.8  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  38.04 
 
 
92 aa  53.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56179  predicted protein  31.58 
 
 
336 aa  53.1  0.00002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0610631  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  38.04 
 
 
92 aa  53.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 
96 aa  51.6  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL04610  conserved hypothetical protein  24.38 
 
 
304 aa  52  0.00004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  37.04 
 
 
103 aa  51.6  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  34.67 
 
 
143 aa  51.6  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  34.57 
 
 
97 aa  52  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  36.36 
 
 
128 aa  51.6  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  34.52 
 
 
99 aa  51.6  0.00005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  37.04 
 
 
103 aa  51.2  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE04060  conserved hypothetical protein  21.13 
 
 
615 aa  50.8  0.00007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.639663  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_13471  RNA-binding protein  30.7 
 
 
165 aa  51.2  0.00007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0775963 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08276  RNA binding protein Nrd1, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G04240)  34.29 
 
 
720 aa  50.8  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  33.73 
 
 
116 aa  50.8  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  39.51 
 
 
146 aa  50.8  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04865  nucleolin protein Nsr1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07710)  36.26 
 
 
524 aa  50.4  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.046271 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0352  RNP-1 like RNA-binding protein  31.65 
 
 
109 aa  50.4  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0296626  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  35.37 
 
 
81 aa  50.4  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  31.71 
 
 
82 aa  50.4  0.0001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  30.86 
 
 
104 aa  50.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1324  RNA-binding protein  31.25 
 
 
107 aa  49.3  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  32.56 
 
 
119 aa  49.3  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0679  RNA-binding region RNP-1  38.27 
 
 
107 aa  49.7  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  35.8 
 
 
99 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
88 aa  49.7  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  35.8 
 
 
88 aa  49.3  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  28.75 
 
 
95 aa  48.9  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  37.04 
 
 
134 aa  48.9  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_10530  predicted protein  34.57 
 
 
103 aa  49.3  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  35 
 
 
157 aa  48.9  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  37.84 
 
 
103 aa  48.5  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03760  hypothetical protein  32.63 
 
 
1121 aa  48.5  0.0005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  34.29 
 
 
112 aa  48.5  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
111 aa  48.1  0.0005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  34.57 
 
 
88 aa  48.5  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  32.1 
 
 
90 aa  48.1  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  35 
 
 
182 aa  48.1  0.0006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  34.78 
 
 
94 aa  48.1  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84754  predicted protein  27.41 
 
 
246 aa  47.8  0.0006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.345333 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_8451  predicted protein  37.84 
 
 
76 aa  47.8  0.0007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0309329  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  37.5 
 
 
162 aa  47.8  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  33.33 
 
 
86 aa  47.8  0.0007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  26.09 
 
 
97 aa  47.8  0.0007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  32.18 
 
 
115 aa  47.8  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07145  Pre-mRNA-splicing factor slt11 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5AX35]  29.41 
 
 
377 aa  47.8  0.0008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  32.58 
 
 
98 aa  47.8  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  35.8 
 
 
82 aa  47.8  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  32.94 
 
 
85 aa  47.4  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  32.58 
 
 
98 aa  47.8  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  31.25 
 
 
90 aa  47  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0321  hypothetical protein  33.71 
 
 
91 aa  46.6  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  28.75 
 
 
95 aa  47  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  37.04 
 
 
87 aa  47  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  35.44 
 
 
102 aa  47  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3960  RNP-1 like RNA-binding protein  30.49 
 
 
195 aa  47  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000285938  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  35.44 
 
 
102 aa  47  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  35.8 
 
 
95 aa  46.2  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
88 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  35.8 
 
 
140 aa  46.6  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  32.56 
 
 
98 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>