More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3609 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  87.1 
 
 		 466 aa  830    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  87.1 
 
 		 466 aa  830    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0413  isopropylmalate isomerase large subunit  71.43 
 
 		 468 aa  685    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0473  isopropylmalate isomerase large subunit  71.34 
 
 		 474 aa  686    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4210  isopropylmalate isomerase large subunit  65.87 
 
 		 471 aa  648    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  88.17 
 
 		 466 aa  837    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  71.21 
 
 		 474 aa  681    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  86.24 
 
 		 466 aa  821    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2067  isopropylmalate isomerase large subunit  79.91 
 
 		 467 aa  751    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  87.96 
 
 		 466 aa  835    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  88.17 
 
 		 466 aa  837    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  98.28 
 
 		 466 aa  956    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  65.38 
 
 		 477 aa  635    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  87.1 
 
 		 466 aa  830    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  89.91 
 
 		 466 aa  856    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  92.06 
 
 		 466 aa  881    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 466 aa  969    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  65.87 
 
 		 472 aa  645    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  87.1 
 
 		 466 aa  830    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  91.2 
 
 		 466 aa  872    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  89.87 
 
 		 476 aa  857    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4548  isopropylmalate isomerase large subunit  69.4 
 
 		 466 aa  664    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.182173  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  86.88 
 
 		 466 aa  830    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  87.96 
 
 		 466 aa  835    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  87.1 
 
 		 466 aa  830    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0336  isopropylmalate isomerase large subunit  71.21 
 
 		 482 aa  684    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03087  isopropylmalate isomerase large subunit  68.32 
 
 		 466 aa  656    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3826  isopropylmalate isomerase large subunit  69.4 
 
 		 466 aa  663    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  87.1 
 
 		 466 aa  830    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  89.87 
 
 		 476 aa  857    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  78.97 
 
 		 466 aa  761    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  86.88 
 
 		 466 aa  830    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  86.88 
 
 		 466 aa  826    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  89.87 
 
 		 476 aa  857    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3270  isopropylmalate isomerase large subunit  68.17 
 
 		 468 aa  643    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0395  isopropylmalate isomerase large subunit  70.69 
 
 		 466 aa  672    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243407 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0390  isopropylmalate isomerase large subunit  73.13 
 
 		 469 aa  706    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  71.43 
 
 		 474 aa  683    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0370  isopropylmalate isomerase large subunit  71.3 
 
 		 474 aa  679    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3818  isopropylmalate isomerase large subunit  71.71 
 
 		 470 aa  689    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  88.17 
 
 		 466 aa  837    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0388  isopropylmalate isomerase large subunit  71.65 
 
 		 468 aa  689    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0387  isopropylmalate isomerase large subunit  71.21 
 
 		 468 aa  684    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3470  isopropylmalate isomerase large subunit  70.69 
 
 		 466 aa  683    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  0.406012 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  71.43 
 
 		 474 aa  683    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  78.97 
 
 		 466 aa  761    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0337  isopropylmalate isomerase large subunit  71.49 
 
 		 470 aa  676    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.301995  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0375  isopropylmalate isomerase large subunit  77.54 
 
 		 471 aa  748    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0399  isopropylmalate isomerase large subunit  71.21 
 
 		 468 aa  684    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573464 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  65.59 
 
 		 469 aa  624  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  64.94 
 
 		 469 aa  618  1e-176  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  63.89 
 
 		 473 aa  618  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  64.94 
 
 		 469 aa  618  1e-176  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  64.58 
 
 		 469 aa  617  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  64.29 
 
 		 470 aa  615  1e-175  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  64.3 
 
 		 469 aa  614  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  64.58 
 
 		 469 aa  615  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  66.02 
 
 		 475 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  65.59 
 
 		 472 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  64.09 
 
 		 469 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  64.64 
 
 		 470 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  65.81 
 
 		 475 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  65.09 
 
 		 470 aa  608  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  65.29 
 
 		 468 aa  608  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  64.86 
 
 		 468 aa  610  1e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  63.64 
 
 		 469 aa  608  1e-173  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  65.08 
 
 		 470 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  64.87 
 
 		 468 aa  609  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2012  isopropylmalate isomerase large subunit  64.26 
 
 		 474 aa  610  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0300931  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23750  isopropylmalate isomerase large subunit  64.26 
 
 		 474 aa  610  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0168844 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.49 
 
 		 465 aa  609  1e-173  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2173  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.82 
 
 		 475 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  65.59 
 
 		 470 aa  606  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  64.58 
 
 		 469 aa  605  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34280  isopropylmalate isomerase large subunit  65.11 
 
 		 474 aa  607  9.999999999999999e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2723  isopropylmalate isomerase large subunit  64.26 
 
 		 475 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00243563  normal  0.0720472 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1983  isopropylmalate isomerase large subunit  64.18 
 
 		 474 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0478435 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  64.09 
 
 		 467 aa  601  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  63.93 
 
 		 469 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  64.86 
 
 		 473 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  63.71 
 
 		 469 aa  601  1.0000000000000001e-171  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2802  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  64.71 
 
 		 462 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal  0.228539 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1548  isopropylmalate isomerase large subunit  65.46 
 
 		 477 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.272021 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1149  isopropylmalate isomerase large subunit  62.16 
 
 		 481 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000597548 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02613  isopropylmalate isomerase large subunit  63.75 
 
 		 482 aa  601  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1985  isopropylmalate isomerase large subunit  65.25 
 
 		 477 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.682408  normal  0.0241842 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1258  isopropylmalate isomerase large subunit  62.61 
 
 		 481 aa  599  1e-170  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.55744  normal  0.382246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3774  isopropylmalate isomerase large subunit  65.25 
 
 		 477 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  62.8 
 
 		 466 aa  599  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  61.72 
 
 		 465 aa  598  1e-170  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1889  isopropylmalate isomerase large subunit  64.61 
 
 		 472 aa  600  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.169279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1485  isopropylmalate isomerase large subunit  64.04 
 
 		 474 aa  599  1e-170  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  64.36 
 
 		 468 aa  601  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  64.29 
 
 		 470 aa  599  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  64.1 
 
 		 472 aa  598  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0778  isopropylmalate isomerase large subunit  62.82 
 
 		 479 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000809283  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2732  isopropylmalate isomerase large subunit  62.8 
 
 		 477 aa  595  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0458261 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  62.55 
 
 		 480 aa  596  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4367  isopropylmalate isomerase large subunit  63.03 
 
 		 469 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  63.42 
 
 		 470 aa  597  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>