More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0168 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  100 
 
 		 347 aa  723    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  97.12 
 
 		 347 aa  706    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  76.54 
 
 		 342 aa  560  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  75.95 
 
 		 356 aa  533  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.85 
 
 		 342 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.85 
 
 		 342 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  73.82 
 
 		 356 aa  522  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  71.68 
 
 		 341 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  71.68 
 
 		 341 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  71.68 
 
 		 341 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.68 
 
 		 341 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.68 
 
 		 341 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.68 
 
 		 341 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.39 
 
 		 343 aa  512  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.39 
 
 		 343 aa  512  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.21 
 
 		 341 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.21 
 
 		 341 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.21 
 
 		 341 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.21 
 
 		 341 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.21 
 
 		 341 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.95 
 
 		 330 aa  501  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.09 
 
 		 341 aa  501  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  63.44 
 
 		 335 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  63.25 
 
 		 335 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  63.75 
 
 		 335 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  59.34 
 
 		 335 aa  446  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0115  transcriptional repressor  70.74 
 
 		 238 aa  356  3.9999999999999996e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.69 
 
 		 342 aa  282  7.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  42.2 
 
 		 337 aa  273  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  41.28 
 
 		 349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  41.21 
 
 		 335 aa  247  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  41.32 
 
 		 335 aa  246  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  38.84 
 
 		 334 aa  243  5e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  40.84 
 
 		 352 aa  242  7e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  39.76 
 
 		 334 aa  239  5.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  40.3 
 
 		 337 aa  239  6.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  37.13 
 
 		 335 aa  238  1e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  36.39 
 
 		 335 aa  237  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.92 
 
 		 339 aa  237  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 		 335 aa  236  4e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  38.84 
 
 		 332 aa  232  9e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.81 
 
 		 331 aa  231  1e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 344 aa  231  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  37 
 
 		 332 aa  229  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.53 
 
 		 339 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  37.16 
 
 		 335 aa  228  9e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  39.34 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  40.37 
 
 		 359 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  38.53 
 
 		 338 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.59 
 
 		 332 aa  225  8e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  36.59 
 
 		 332 aa  225  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  39.82 
 
 		 343 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  37.27 
 
 		 348 aa  224  2e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 343 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  36.59 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  36.89 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 		 342 aa  223  3e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  37.94 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  36.89 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  36.89 
 
 		 332 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  36.89 
 
 		 332 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 323 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  36.59 
 
 		 332 aa  222  7e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  36.59 
 
 		 332 aa  222  7e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  36.89 
 
 		 332 aa  222  9e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.89 
 
 		 332 aa  222  9e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  37.98 
 
 		 368 aa  219  3.9999999999999997e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  35.67 
 
 		 330 aa  219  5e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  36.93 
 
 		 335 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.81 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  34.53 
 
 		 348 aa  218  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  35.28 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  37.24 
 
 		 338 aa  218  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.03 
 
 		 330 aa  216  5e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.65 
 
 		 336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  36.8 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  37.16 
 
 		 333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.61 
 
 		 353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.1 
 
 		 346 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.81 
 
 		 346 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.89 
 
 		 347 aa  212  7e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.54 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  34.51 
 
 		 338 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  35.37 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  35.26 
 
 		 386 aa  209  4e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.05 
 
 		 337 aa  209  5e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  36.25 
 
 		 332 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  35.35 
 
 		 334 aa  208  9e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  35.95 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  35.95 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  35.95 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  35.82 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  35.95 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  35.31 
 
 		 343 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  34.25 
 
 		 343 aa  206  4e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 334 aa  206  5e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4264  alanine racemase  39.1 
 
 		 343 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.884026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 336 aa  206  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.86 
 
 		 334 aa  205  1e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>