234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0034 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0034  hydroxyglutarate oxidase  100 
 
 
408 aa  797  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3780  FAD dependent oxidoreductase  61.73 
 
 
403 aa  460  1e-128  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1660  dehydrogenase  54.36 
 
 
625 aa  420  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2220  hydroxyglutarate oxidase  53.74 
 
 
427 aa  417  1e-115  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.531505  normal  0.0413594 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21030  hydroxyglutarate oxidase  59.57 
 
 
398 aa  416  1e-115  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00231927  normal  0.19129 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1888  hydroxyglutarate oxidase  52.72 
 
 
427 aa  415  1e-115  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.452346 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3531  FAD dependent oxidoreductase  59.55 
 
 
406 aa  414  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3537  FAD dependent oxidoreductase  54.62 
 
 
401 aa  403  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.994551  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3277  FAD dependent oxidoreductase  54.15 
 
 
396 aa  392  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.289099  normal  0.220627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8880  hypothetical protein  55.41 
 
 
396 aa  389  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0769827  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2365  FAD dependent oxidoreductase  50.62 
 
 
409 aa  381  1e-105  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  6.83607e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1941  FAD dependent oxidoreductase  50.12 
 
 
412 aa  365  1e-100  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2624  FAD dependent oxidoreductase  53.25 
 
 
442 aa  367  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3046  FAD dependent oxidoreductase  55.15 
 
 
403 aa  366  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.095934  normal  0.609447 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0204  hydroxyglutarate oxidase  53.37 
 
 
402 aa  366  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.12826  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2156  FAD dependent oxidoreductase  50.91 
 
 
399 aa  358  7e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0724716  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1295  hydroxyglutarate oxidase  45.79 
 
 
409 aa  352  9e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4036  hydroxyglutarate oxidase  46.7 
 
 
403 aa  348  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.534482  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1005  hydroxyglutarate oxidase  46.05 
 
 
410 aa  345  6e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.127914  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1995  hydroxyglutarate oxidase  47.87 
 
 
425 aa  343  2e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2873  hydroxyglutarate oxidase  44.33 
 
 
416 aa  343  3e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1940  hydroxyglutarate oxidase  43.04 
 
 
402 aa  343  4e-93  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0947  hydroxyglutarate oxidase  45.79 
 
 
410 aa  341  2e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2781  hydroxyglutarate oxidase  44.39 
 
 
416 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.312002  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2910  hydroxyglutarate oxidase  44.39 
 
 
416 aa  338  8e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.5601 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2522  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  50.4 
 
 
399 aa  338  1e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0216497  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1914  hydroxyglutarate oxidase  42.53 
 
 
402 aa  337  2e-91  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0042  hydroxyglutarate oxidase  45.1 
 
 
398 aa  337  3e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.711418  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3133  FAD dependent oxidoreductase  42.67 
 
 
407 aa  335  7e-91  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5628  FAD dependent oxidoreductase  44.69 
 
 
398 aa  335  7e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00384749  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5186  hydroxyglutarate oxidase  45.36 
 
 
404 aa  335  9e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3598  FAD dependent oxidoreductase  44.51 
 
 
399 aa  333  3e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.283414 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4590  FAD dependent oxidoreductase  50.66 
 
 
394 aa  333  3e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0036  hydroxyglutarate oxidase  42.71 
 
 
397 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.925555  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1107  hydroxyglutarate oxidase  43.81 
 
 
404 aa  330  4e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0119  FAD dependent oxidoreductase  51.72 
 
 
395 aa  329  5e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2794  hydroxyglutarate oxidase  42.64 
 
 
407 aa  329  7e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.553483  normal  0.530212 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0798  hydroxyglutarate oxidase  40.92 
 
 
400 aa  325  9e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1130  hydroxyglutarate oxidase  42.6 
 
 
403 aa  322  9e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3902  hydroxyglutarate oxidase  42.93 
 
 
422 aa  319  5e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0469  hydroxyglutarate oxidase  46.39 
 
 
406 aa  319  7e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2390  hydroxyglutarate oxidase  46.13 
 
 
396 aa  318  9e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0316475  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2121  hydroxyglutarate oxidase  46.39 
 
 
396 aa  318  9e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.110879  normal  0.696604 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2780  hydroxyglutarate oxidase  42.67 
 
 
422 aa  318  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.582782 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2795  hydroxyglutarate oxidase  42.42 
 
 
422 aa  317  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3423  FAD dependent oxidoreductase  43.83 
 
 
400 aa  318  2e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.624324  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1187  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  50.66 
 
 
390 aa  317  2e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.837023  normal  0.120282 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1046  hydroxyglutarate oxidase  42.42 
 
 
422 aa  317  2e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02516  predicted enzyme  42.42 
 
 
422 aa  316  4e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02480  hypothetical protein  42.42 
 
 
422 aa  316  4e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1023  FAD dependent oxidoreductase  42.16 
 
 
422 aa  316  5e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2940  hydroxyglutarate oxidase  42.67 
 
 
422 aa  315  8e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2614  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  50.13 
 
 
396 aa  315  8e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1595  hydroxyglutarate oxidase  43.18 
 
 
397 aa  315  1e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  3.25765e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3221  hydroxyglutarate oxidase  41.9 
 
 
422 aa  313  5e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4660  hydroxyglutarate oxidase  39.95 
 
 
399 aa  312  8e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3234  FAD dependent oxidoreductase  46.84 
 
 
400 aa  311  2e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2934  hydroxyglutarate oxidase  42.59 
 
 
422 aa  307  2e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.23592  normal  0.213528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2987  hydroxyglutarate oxidase  42.86 
 
 
422 aa  307  2e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0612118  normal  0.154389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2970  hydroxyglutarate oxidase  43.12 
 
 
422 aa  306  4e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0184807 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3091  hydroxyglutarate oxidase  42.86 
 
 
422 aa  306  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.854212  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14181  dehydrogenase  37.14 
 
 
400 aa  304  1e-81  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2903  hydroxyglutarate oxidase  42.59 
 
 
422 aa  304  1e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06715  hydroxyglutarate oxidase  39.39 
 
 
410 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5741  hydroxyglutarate oxidase  45.27 
 
 
398 aa  300  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2738  hydroxyglutarate oxidase  38 
 
 
416 aa  300  3e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.368642  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000810  hypothetical protein YgaF  39.13 
 
 
408 aa  300  4e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2590  FAD dependent oxidoreductase  42.28 
 
 
400 aa  291  2e-77  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2040  FAD-dependent oxidoreductase  35.82 
 
 
408 aa  228  1e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.985814  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0069  aminobutyraldehyde dehydrogenase  36.68 
 
 
409 aa  228  2e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2197  FAD dependent oxidoreductase  36.94 
 
 
399 aa  212  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000547368 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2022  FAD dependent oxidoreductase  37.73 
 
 
399 aa  212  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.426745  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26830  hypothetical protein  43.15 
 
 
245 aa  197  4e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2542  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  35.11 
 
 
403 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2053  FAD dependent oxidoreductase  39.04 
 
 
406 aa  190  3e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0189  FAD dependent oxidoreductase  38.23 
 
 
405 aa  184  2e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3667  FAD dependent oxidoreductase  34.49 
 
 
405 aa  166  5e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3992  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  34.99 
 
 
366 aa  165  1e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.475329  normal  0.0131881 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2496  FAD dependent oxidoreductase  41.73 
 
 
369 aa  163  5e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_41947  predicted protein  31.11 
 
 
383 aa  158  1e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.856013  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2706  FAD dependent oxidoreductase  37.38 
 
 
364 aa  158  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0337061  normal  0.0586265 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1646  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  33.94 
 
 
371 aa  156  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515375  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2136  FAD dependent oxidoreductase  33.68 
 
 
371 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.471962  normal  0.0129365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2451  FAD dependent oxidoreductase  36.84 
 
 
367 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130562  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1090  FAD dependent oxidoreductase  29.58 
 
 
378 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.151516  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6841  NAD binding site FAD dependent oxidoreductase  31.17 
 
 
367 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0530  FAD dependent oxidoreductase  31.65 
 
 
375 aa  149  8e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1005  FAD dependent oxidoreductase  33 
 
 
368 aa  149  1e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.179288 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1552  FAD dependent oxidoreductase  31.51 
 
 
494 aa  148  1e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.374477  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3777  FAD dependent oxidoreductase  37.03 
 
 
371 aa  147  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.986155 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1259  FAD dependent oxidoreductase  33.83 
 
 
368 aa  146  7e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0697  FAD dependent oxidoreductase  31.01 
 
 
480 aa  146  7e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2518  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 
374 aa  145  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.355851  normal  0.0110864 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1640  FAD dependent oxidoreductase  31.14 
 
 
366 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1916  FAD dependent oxidoreductase  33.17 
 
 
371 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0872909 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2152  FAD dependent oxidoreductase  36.84 
 
 
367 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0620  FAD dependent oxidoreductase  28.43 
 
 
478 aa  142  9e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0683  FAD dependent oxidoreductase  31.67 
 
 
496 aa  142  1e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.302039  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1362  FAD dependent oxidoreductase  30.2 
 
 
479 aa  142  1e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0430  FAD dependent oxidoreductase  32.2 
 
 
370 aa  141  2e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>