More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4036 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4036  hydroxyglutarate oxidase  100 
 
 
403 aa  818    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.534482  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1295  hydroxyglutarate oxidase  70.15 
 
 
409 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1005  hydroxyglutarate oxidase  69.39 
 
 
410 aa  561  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.127914  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0947  hydroxyglutarate oxidase  68.88 
 
 
410 aa  555  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1595  hydroxyglutarate oxidase  62.28 
 
 
397 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000325765 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5741  hydroxyglutarate oxidase  63.64 
 
 
398 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0042  hydroxyglutarate oxidase  58.67 
 
 
398 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.711418  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0036  hydroxyglutarate oxidase  57.4 
 
 
397 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.925555  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4660  hydroxyglutarate oxidase  57.61 
 
 
399 aa  464  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3234  FAD dependent oxidoreductase  57.07 
 
 
400 aa  447  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2794  hydroxyglutarate oxidase  53.05 
 
 
407 aa  433  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.553483  normal  0.530212 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2390  hydroxyglutarate oxidase  54.48 
 
 
396 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0316475  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1130  hydroxyglutarate oxidase  53.63 
 
 
403 aa  427  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06715  hydroxyglutarate oxidase  52.72 
 
 
410 aa  423  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2873  hydroxyglutarate oxidase  54.82 
 
 
416 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2781  hydroxyglutarate oxidase  54.57 
 
 
416 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.312002  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0469  hydroxyglutarate oxidase  53.45 
 
 
406 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2121  hydroxyglutarate oxidase  53.45 
 
 
396 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.110879  normal  0.696604 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000810  hypothetical protein YgaF  52.51 
 
 
408 aa  418  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2910  hydroxyglutarate oxidase  54.31 
 
 
416 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.5601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2738  hydroxyglutarate oxidase  50.61 
 
 
416 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.368642  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1995  hydroxyglutarate oxidase  54.34 
 
 
425 aa  404  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1940  hydroxyglutarate oxidase  46.94 
 
 
402 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02516  predicted enzyme  52.42 
 
 
422 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1023  FAD dependent oxidoreductase  52.42 
 
 
422 aa  393  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1914  hydroxyglutarate oxidase  46.68 
 
 
402 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2940  hydroxyglutarate oxidase  52.93 
 
 
422 aa  394  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02480  hypothetical protein  52.42 
 
 
422 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2780  hydroxyglutarate oxidase  52.67 
 
 
422 aa  394  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.582782 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3902  hydroxyglutarate oxidase  52.42 
 
 
422 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1046  hydroxyglutarate oxidase  52.42 
 
 
422 aa  392  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2795  hydroxyglutarate oxidase  52.42 
 
 
422 aa  392  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3221  hydroxyglutarate oxidase  52.42 
 
 
422 aa  391  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2970  hydroxyglutarate oxidase  51.61 
 
 
422 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0184807 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2903  hydroxyglutarate oxidase  51.36 
 
 
422 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3133  FAD dependent oxidoreductase  46.17 
 
 
407 aa  385  1e-106  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3091  hydroxyglutarate oxidase  51.36 
 
 
422 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.854212  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2934  hydroxyglutarate oxidase  51.36 
 
 
422 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.23592  normal  0.213528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2987  hydroxyglutarate oxidase  52.16 
 
 
422 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0612118  normal  0.154389 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5186  hydroxyglutarate oxidase  46.94 
 
 
404 aa  383  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1107  hydroxyglutarate oxidase  46.91 
 
 
404 aa  380  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4590  FAD dependent oxidoreductase  49.23 
 
 
394 aa  374  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0798  hydroxyglutarate oxidase  46.17 
 
 
400 aa  359  6e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3423  FAD dependent oxidoreductase  44.62 
 
 
400 aa  357  2.9999999999999997e-97  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.624324  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2365  FAD dependent oxidoreductase  45.88 
 
 
409 aa  356  5e-97  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683607  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2522  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  47.23 
 
 
399 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0216497  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2220  hydroxyglutarate oxidase  45.3 
 
 
427 aa  351  1e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.531505  normal  0.0413594 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1660  dehydrogenase  45.08 
 
 
625 aa  350  3e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1888  hydroxyglutarate oxidase  44.15 
 
 
427 aa  345  8.999999999999999e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.452346 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21030  hydroxyglutarate oxidase  44.74 
 
 
398 aa  343  2.9999999999999997e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00231927  normal  0.19129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0119  FAD dependent oxidoreductase  47.18 
 
 
395 aa  342  5.999999999999999e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3780  FAD dependent oxidoreductase  46.1 
 
 
403 aa  342  7e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3598  FAD dependent oxidoreductase  44.19 
 
 
399 aa  338  7e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.283414 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0034  hydroxyglutarate oxidase  47.17 
 
 
408 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3277  FAD dependent oxidoreductase  47.4 
 
 
396 aa  335  9e-91  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.289099  normal  0.220627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8880  hypothetical protein  46.49 
 
 
396 aa  333  2e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0769827  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3537  FAD dependent oxidoreductase  43.65 
 
 
401 aa  333  2e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.994551  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2614  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  46.74 
 
 
396 aa  332  7.000000000000001e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2624  FAD dependent oxidoreductase  44.92 
 
 
442 aa  328  1.0000000000000001e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1941  FAD dependent oxidoreductase  46.06 
 
 
412 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1187  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  45.26 
 
 
390 aa  325  8.000000000000001e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.837023  normal  0.120282 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5628  FAD dependent oxidoreductase  40.84 
 
 
398 aa  324  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00384749  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2156  FAD dependent oxidoreductase  43.85 
 
 
399 aa  310  2e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0724716  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3531  FAD dependent oxidoreductase  44.3 
 
 
406 aa  310  4e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3046  FAD dependent oxidoreductase  44.02 
 
 
403 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.095934  normal  0.609447 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26830  hypothetical protein  61.16 
 
 
245 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0204  hydroxyglutarate oxidase  42.97 
 
 
402 aa  303  5.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.12826  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2590  FAD dependent oxidoreductase  39.09 
 
 
400 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14181  dehydrogenase  36.86 
 
 
400 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2053  FAD dependent oxidoreductase  35.98 
 
 
406 aa  219  7e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2542  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  33.33 
 
 
403 aa  211  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0189  FAD dependent oxidoreductase  34.45 
 
 
405 aa  206  7e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2022  FAD dependent oxidoreductase  33.86 
 
 
399 aa  193  5e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.426745  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3667  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 
405 aa  192  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2197  FAD dependent oxidoreductase  32.63 
 
 
399 aa  188  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000547368 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0069  aminobutyraldehyde dehydrogenase  31.09 
 
 
409 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2040  FAD-dependent oxidoreductase  31.09 
 
 
408 aa  169  7e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.985814  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0409  FAD dependent oxidoreductase  26.81 
 
 
437 aa  157  4e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.218758 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3777  FAD dependent oxidoreductase  31.02 
 
 
371 aa  150  4e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.986155 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1640  FAD dependent oxidoreductase  30.45 
 
 
366 aa  150  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2451  FAD dependent oxidoreductase  30.81 
 
 
367 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130562  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2706  FAD dependent oxidoreductase  29.95 
 
 
364 aa  145  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0337061  normal  0.0586265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6841  NAD binding site FAD dependent oxidoreductase  30.12 
 
 
367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0430  FAD dependent oxidoreductase  28.64 
 
 
370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0530  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 
375 aa  139  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2648  FAD dependent oxidoreductase  32.7 
 
 
376 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.142643  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0930  FAD dependent oxidoreductase  29.29 
 
 
479 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0776869  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1081  FAD dependent oxidoreductase  29.38 
 
 
367 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0868948  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1916  FAD dependent oxidoreductase  31.87 
 
 
371 aa  136  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0872909 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1259  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 
368 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2496  FAD dependent oxidoreductase  29.83 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3297  oxidoreductase, FAD-binding family protein  30.27 
 
 
373 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3382  oxidoreductase, FAD-binding family protein  30.27 
 
 
373 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0239  FAD-dependent oxidoreductase  30.27 
 
 
373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.202342  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2124  oxidoreductase, FAD-binding family protein  30.27 
 
 
373 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.646813  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_41947  predicted protein  27.03 
 
 
383 aa  134  1.9999999999999998e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.856013  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2964  oxidoreductase, FAD-binding family protein  30.27 
 
 
373 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0251  FAD-dependent oxidoreductase  30.27 
 
 
373 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0434  oxidoreductase, FAD-binding family protein  30.27 
 
 
373 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0953783  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2152  FAD dependent oxidoreductase  30.69 
 
 
367 aa  133  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>