239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1888 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2220  hydroxyglutarate oxidase  82.44 
 
 
427 aa  699    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.531505  normal  0.0413594 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1888  hydroxyglutarate oxidase  100 
 
 
427 aa  850    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.452346 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3780  FAD dependent oxidoreductase  56.03 
 
 
403 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3531  FAD dependent oxidoreductase  54.95 
 
 
406 aa  423  1e-117  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8880  hypothetical protein  54.35 
 
 
396 aa  410  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0769827  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1660  dehydrogenase  51.32 
 
 
625 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0034  hydroxyglutarate oxidase  53.15 
 
 
408 aa  400  9.999999999999999e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0204  hydroxyglutarate oxidase  53.43 
 
 
402 aa  398  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.12826  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3046  FAD dependent oxidoreductase  53.7 
 
 
403 aa  399  9.999999999999999e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.095934  normal  0.609447 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3277  FAD dependent oxidoreductase  52.66 
 
 
396 aa  391  1e-107  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.289099  normal  0.220627 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2365  FAD dependent oxidoreductase  48.19 
 
 
409 aa  385  1e-106  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683607  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3537  FAD dependent oxidoreductase  50.62 
 
 
401 aa  384  1e-105  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.994551  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1941  FAD dependent oxidoreductase  49.88 
 
 
412 aa  384  1e-105  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2624  FAD dependent oxidoreductase  51.09 
 
 
442 aa  378  1e-103  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21030  hydroxyglutarate oxidase  50.86 
 
 
398 aa  369  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00231927  normal  0.19129 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2156  FAD dependent oxidoreductase  46.98 
 
 
399 aa  357  1.9999999999999998e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0724716  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1295  hydroxyglutarate oxidase  44.12 
 
 
409 aa  350  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4036  hydroxyglutarate oxidase  44.15 
 
 
403 aa  345  8.999999999999999e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.534482  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1005  hydroxyglutarate oxidase  43.41 
 
 
410 aa  342  9e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.127914  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3423  FAD dependent oxidoreductase  42.82 
 
 
400 aa  342  1e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.624324  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2522  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  45.48 
 
 
399 aa  340  2e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0216497  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1940  hydroxyglutarate oxidase  42.45 
 
 
402 aa  341  2e-92  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0947  hydroxyglutarate oxidase  43.17 
 
 
410 aa  338  9.999999999999999e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1914  hydroxyglutarate oxidase  42.21 
 
 
402 aa  335  1e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0036  hydroxyglutarate oxidase  42.04 
 
 
397 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.925555  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5186  hydroxyglutarate oxidase  43.65 
 
 
404 aa  333  4e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3598  FAD dependent oxidoreductase  41.08 
 
 
399 aa  332  7.000000000000001e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.283414 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1595  hydroxyglutarate oxidase  42.55 
 
 
397 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000325765 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0042  hydroxyglutarate oxidase  41.47 
 
 
398 aa  329  6e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.711418  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2873  hydroxyglutarate oxidase  41.71 
 
 
416 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0469  hydroxyglutarate oxidase  42.82 
 
 
406 aa  325  7e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2121  hydroxyglutarate oxidase  42.82 
 
 
396 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.110879  normal  0.696604 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4590  FAD dependent oxidoreductase  45.8 
 
 
394 aa  325  1e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5628  FAD dependent oxidoreductase  41.56 
 
 
398 aa  325  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00384749  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2781  hydroxyglutarate oxidase  41.71 
 
 
416 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.312002  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2390  hydroxyglutarate oxidase  43.06 
 
 
396 aa  325  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0316475  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2910  hydroxyglutarate oxidase  41.71 
 
 
416 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.5601 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2794  hydroxyglutarate oxidase  40.33 
 
 
407 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.553483  normal  0.530212 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3234  FAD dependent oxidoreductase  43.36 
 
 
400 aa  321  1.9999999999999998e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3133  FAD dependent oxidoreductase  40.1 
 
 
407 aa  318  9e-86  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1107  hydroxyglutarate oxidase  39.57 
 
 
404 aa  318  1e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0798  hydroxyglutarate oxidase  39.66 
 
 
400 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1130  hydroxyglutarate oxidase  39.16 
 
 
403 aa  312  5.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14181  dehydrogenase  37.25 
 
 
400 aa  312  6.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1187  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  45.1 
 
 
390 aa  311  2e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.837023  normal  0.120282 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0119  FAD dependent oxidoreductase  45.68 
 
 
395 aa  311  2e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5741  hydroxyglutarate oxidase  41.71 
 
 
398 aa  309  8e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2614  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  45.75 
 
 
396 aa  308  9e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1023  FAD dependent oxidoreductase  40.29 
 
 
422 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1046  hydroxyglutarate oxidase  40.54 
 
 
422 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2795  hydroxyglutarate oxidase  40.54 
 
 
422 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3902  hydroxyglutarate oxidase  40.29 
 
 
422 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06715  hydroxyglutarate oxidase  37.68 
 
 
410 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02516  predicted enzyme  40.29 
 
 
422 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02480  hypothetical protein  40.29 
 
 
422 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000810  hypothetical protein YgaF  37.44 
 
 
408 aa  302  7.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2780  hydroxyglutarate oxidase  40.05 
 
 
422 aa  301  1e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.582782 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3221  hydroxyglutarate oxidase  39.56 
 
 
422 aa  300  2e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2940  hydroxyglutarate oxidase  40.05 
 
 
422 aa  300  4e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1995  hydroxyglutarate oxidase  40.59 
 
 
425 aa  298  9e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2934  hydroxyglutarate oxidase  39.95 
 
 
422 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.23592  normal  0.213528 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2738  hydroxyglutarate oxidase  36.74 
 
 
416 aa  293  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.368642  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4660  hydroxyglutarate oxidase  37.44 
 
 
399 aa  293  6e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2903  hydroxyglutarate oxidase  40.19 
 
 
422 aa  293  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3091  hydroxyglutarate oxidase  40.19 
 
 
422 aa  292  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.854212  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2970  hydroxyglutarate oxidase  40.19 
 
 
422 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0184807 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2987  hydroxyglutarate oxidase  39.95 
 
 
422 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0612118  normal  0.154389 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2590  FAD dependent oxidoreductase  38.06 
 
 
400 aa  278  2e-73  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2040  FAD-dependent oxidoreductase  34.49 
 
 
408 aa  214  2.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.985814  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0069  aminobutyraldehyde dehydrogenase  34.49 
 
 
409 aa  214  2.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0189  FAD dependent oxidoreductase  35.63 
 
 
405 aa  205  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2053  FAD dependent oxidoreductase  33.65 
 
 
406 aa  198  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2197  FAD dependent oxidoreductase  33.5 
 
 
399 aa  194  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000547368 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2022  FAD dependent oxidoreductase  34.01 
 
 
399 aa  195  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.426745  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2542  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  32.48 
 
 
403 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26830  hypothetical protein  44.22 
 
 
245 aa  175  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3667  FAD dependent oxidoreductase  31.7 
 
 
405 aa  174  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0409  FAD dependent oxidoreductase  26.96 
 
 
437 aa  162  1e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.218758 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1259  FAD dependent oxidoreductase  31.68 
 
 
368 aa  159  9e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1090  FAD dependent oxidoreductase  31.18 
 
 
378 aa  157  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.151516  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2518  FAD dependent oxidoreductase  33.02 
 
 
374 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.355851  normal  0.0110864 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2799  FAD dependent oxidoreductase  31.74 
 
 
380 aa  152  8.999999999999999e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.444037  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1005  FAD dependent oxidoreductase  31.83 
 
 
368 aa  151  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.179288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5882  hypothetical protein  32.79 
 
 
368 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3777  FAD dependent oxidoreductase  33.1 
 
 
371 aa  150  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.986155 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3992  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  33 
 
 
366 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.475329  normal  0.0131881 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1640  FAD dependent oxidoreductase  32.15 
 
 
366 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1140  FAD dependent oxidoreductase  30.95 
 
 
368 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0603157  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6841  NAD binding site FAD dependent oxidoreductase  29.76 
 
 
367 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2496  FAD dependent oxidoreductase  31.82 
 
 
369 aa  144  2e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0708  FAD dependent oxidoreductase  27.96 
 
 
362 aa  143  7e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.440314  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2706  FAD dependent oxidoreductase  30.31 
 
 
364 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0337061  normal  0.0586265 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2758  FAD dependent oxidoreductase  31.5 
 
 
370 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0530  FAD dependent oxidoreductase  30.47 
 
 
375 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1428  FAD dependent oxidoreductase  32.36 
 
 
368 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.085376  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1646  2-hydroxyglutarate dehydrogenase  29.18 
 
 
371 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515375  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1916  FAD dependent oxidoreductase  29.72 
 
 
371 aa  137  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0872909 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2136  FAD dependent oxidoreductase  29 
 
 
371 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.471962  normal  0.0129365 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0430  FAD dependent oxidoreductase  31 
 
 
370 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_41947  predicted protein  29.89 
 
 
383 aa  135  9.999999999999999e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.856013  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>