More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1109 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1109  hypothetical protein  100 
 
 		 295 aa  550  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.12045 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1099  hypothetical protein  54.45 
 
 		 310 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.230747  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.58 
 
 		 310 aa  264  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.23 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2143  putative transmembrane protein  51.52 
 
 		 302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  50.7 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2507  hypothetical protein  54.04 
 
 		 310 aa  248  6e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0165619 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  50.35 
 
 		 335 aa  249  6e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2674  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.98 
 
 		 308 aa  245  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1522  hypothetical protein  50.17 
 
 		 324 aa  235  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.860733  normal  0.405706 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2825  hypothetical protein  51.93 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0965979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1445  DMT family permease  50.49 
 
 		 322 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.658793  normal  0.0652074 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1102  hypothetical protein  46.23 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.624335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1102  hypothetical protein  46.23 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3728  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.65 
 
 		 324 aa  225  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.952098  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1192  hypothetical protein  47.7 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.164294  normal  0.262505 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5524  hypothetical protein  44.79 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895083  normal  0.458924 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1194  hypothetical protein  46.62 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00865316  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0739  hypothetical protein  47.7 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1220  hypothetical protein  47.7 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.10196  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2847  hypothetical protein  44.41 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2562  hypothetical protein  48.94 
 
 		 298 aa  219  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2018  hypothetical protein  49.12 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.172167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1827  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.12 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297612  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1524  DMT family permease  46.05 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0477  hypothetical protein  46.05 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1763  hypothetical protein  46.05 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0675  hypothetical protein  46.05 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00975957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1398  hypothetical protein  46.05 
 
 		 310 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1392  multidrug ABC transporter permease  46.05 
 
 		 310 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3541  hypothetical protein  48.92 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2084  hypothetical protein  47 
 
 		 308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3877  hypothetical protein  42.32 
 
 		 300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421169  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03890  probable transmembrane protein  41.89 
 
 		 294 aa  211  7.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4328  hypothetical protein  46.08 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06582  hypothetical protein  42.27 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0184  integral membrane protein  40.07 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0996996  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1468  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.57 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1242  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.43 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.305657  normal  0.0923117 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1949  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.9 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5528  hypothetical protein  38.33 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0199  hypothetical protein  31.63 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5748  hypothetical protein  37.28 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0050  hypothetical protein  40 
 
 		 297 aa  149  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3867  hypothetical protein  36.04 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.45917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1099  hypothetical protein  39.79 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.241539 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6436  hypothetical protein  37.86 
 
 		 319 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0593  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.55 
 
 		 283 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4198  hypothetical protein  39.86 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00727451  normal  0.657749 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1578  hypothetical protein  35.79 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.664968  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1417  hypothetical protein  36.01 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1791  hypothetical protein  36.24 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.82082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3363  hypothetical protein  32.61 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.298579  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1323  hypothetical protein  35.29 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4566  hypothetical protein  34.93 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2341  hypothetical protein  28.19 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0925779 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2561  hypothetical protein  38.38 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.372127  normal  0.570077 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1843  hypothetical protein  36.08 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4078  hypothetical protein  33.82 
 
 		 317 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.958621  normal  0.522177 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0902  hypothetical protein  43.46 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.499598  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1638  hypothetical protein  39.19 
 
 		 321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.350443 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2091  hypothetical protein  34.97 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0008  drug/metabolite exporter (DME) family protein  38.46 
 
 		 321 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.59 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.133205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0398  hypothetical protein  39.63 
 
 		 319 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2044  ABC transporter membrane spanning protein  34.94 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2617  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.3 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0392  ABC transporter membrane spanning protein  32.18 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2114  hypothetical protein  35.36 
 
 		 314 aa  109  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.254514 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0065  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.47 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6523  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.22 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6765  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.91 
 
 		 320 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0325533  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3004  hypothetical protein  35.05 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.119499 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5146  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.68 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2203  hypothetical protein  35.53 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.129513  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2400  hypothetical protein  36.12 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59525 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6570  hypothetical protein  39.18 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0876  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.23 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1105  hypothetical protein  35.92 
 
 		 334 aa  103  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1591  hypothetical protein  34.19 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.12309 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0764  DMT family permease  51.33 
 
 		 119 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.18822 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2053  integral membrane protein DUF6  27.24 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5539  hypothetical protein  31.6 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5366  putative inner membrane transport protein of unknown function  35.96 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00165583 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1673  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.16 
 
 		 324 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0860474  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1744  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.74 
 
 		 324 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1731  hypothetical protein  36.43 
 
 		 379 aa  96.3  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0049  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.98 
 
 		 304 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0356674 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0913  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.9 
 
 		 326 aa  95.5  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0367  hypothetical protein  28.04 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.198495  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0594  hypothetical protein  35.02 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5126  hypothetical protein  37.61 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0428934  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3882  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.5 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.412481 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1070  hypothetical protein  31.6 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3995  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.5 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2912  hypothetical protein  33.07 
 
 		 301 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5928  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.36 
 
 		 326 aa  89.7  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.104603 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3091  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.71 
 
 		 309 aa  89.4  7e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2347  hypothetical protein  32.58 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.240301 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4793  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.63 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>